207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4168 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4168  thiamine biosynthesis protein ThiS  100 
 
 
66 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.852753  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5105  sulfur carrier protein ThiS  84.85 
 
 
92 aa  114  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.205609  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0360  sulfur carrier protein ThiS  84.85 
 
 
66 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18682  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04970  sulfur carrier protein ThiS  84.85 
 
 
66 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4978  sulfur carrier protein ThiS  84.85 
 
 
66 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4741  sulfur carrier protein ThiS  83.33 
 
 
66 aa  111  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.243463 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0479  sulfur carrier protein ThiS  83.33 
 
 
66 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.738565  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5155  sulfur carrier protein ThiS  83.33 
 
 
66 aa  110  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404683  normal  0.862246 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02970  thiamine biosynthesis protein ThiS  81.82 
 
 
66 aa  109  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0433  thiamine biosynthesis protein ThiS  83.33 
 
 
66 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5331  sulfur carrier protein ThiS  81.82 
 
 
71 aa  108  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.883696  normal  0.241111 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3504  thiamine biosynthesis protein ThiS  63.64 
 
 
66 aa  85.5  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.169395  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3147  thiamine biosynthesis protein ThiS  62.12 
 
 
66 aa  82.4  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.054012  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2465  thiamine biosynthesis protein ThiS  55.88 
 
 
68 aa  73.6  0.0000000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2062  sulfur carrier protein ThiS  54.55 
 
 
98 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3189  sulfur carrier protein ThiS  59.09 
 
 
66 aa  72.4  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.580772  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1984  sulfur carrier protein ThiS  54.55 
 
 
93 aa  72  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1077  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  53.03 
 
 
326 aa  71.6  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.129832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0612  sulfur carrier protein ThiS  44.78 
 
 
67 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2567  thiamine biosynthesis protein ThiS  53.03 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.823918  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1633  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  48.48 
 
 
347 aa  67.8  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3235  thiamine biosynthesis protein ThiS  51.52 
 
 
66 aa  68.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.320513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3862  ThiS, thiamine-biosynthesis  45.45 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818304  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0035  thiamine biosynthesis protein ThiS  53.03 
 
 
73 aa  66.6  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3474  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
66 aa  66.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0252712  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01842  sulfur carrier protein ThiS  56.06 
 
 
66 aa  66.6  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0792  thiamine biosynthesis protein ThiS  48.48 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.464856  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0642  thiamine biosynthesis protein ThiS  48.48 
 
 
66 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2400  thiamine biosynthesis protein ThiS  52.24 
 
 
74 aa  65.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1268  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
67 aa  65.5  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0448831  hitchhiker  0.00213488 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2432  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  50 
 
 
329 aa  64.7  0.0000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129281  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1317  thiamine biosynthesis protein ThiS  43.94 
 
 
66 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2127  thiamine-biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0589  hypothetical protein  45.45 
 
 
65 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.519327  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0035  thiamine biosynthesis protein ThiS  43.94 
 
 
66 aa  63.5  0.0000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.91579  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3658  thiamine biosynthesis protein ThiS  45.45 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0654  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
75 aa  61.6  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0130451  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2136  thiamine biosynthesis protein ThiS  50 
 
 
73 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0667  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
75 aa  61.2  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.20728e-26 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2098  thiamine biosynthesis protein ThiS  49.28 
 
 
76 aa  61.2  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.219145  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2933  ThiS, thiamine-biosynthesis  48.48 
 
 
98 aa  60.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0004662  hitchhiker  3.85019e-16 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4065  thiamine biosynthesis protein ThiS  45.45 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.58887  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1345  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.42 
 
 
66 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4103  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.88 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.189024  decreased coverage  0.00486776 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1416  sulfur carrier protein ThiS  40.3 
 
 
67 aa  59.7  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0801  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0697  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0641  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0731  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0808  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.47601e-48 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4543  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.528402 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0885  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000164722  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0641  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0647  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0788  sulfur carrier protein ThiS  41.79 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.450844  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0093  thiamine biosynthesis protein ThiS  46.97 
 
 
66 aa  56.6  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.704796  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1915  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.39 
 
 
66 aa  56.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0774  thiamine biosynthesis protein ThiS  48.53 
 
 
68 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.176558 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0913  thiamine biosynthesis protein ThiS  45.45 
 
 
64 aa  55.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.817144  normal  0.282947 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0071  thiamine biosynthesis protein ThiS  52 
 
 
162 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.290426  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1262  thiamine biosynthesis protein ThiS  34.33 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0618  sulfur carrier protein ThiS  38.81 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3290  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  45.45 
 
 
331 aa  54.3  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0670  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  43.94 
 
 
326 aa  54.7  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3289  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.91 
 
 
66 aa  54.3  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.425824  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0329  sulfur carrier protein ThiS  45.59 
 
 
65 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1339  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.91 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4491  sulfur carrier protein ThiS  40.91 
 
 
66 aa  53.9  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0124059 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2729  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3709  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3225  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1774  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3680  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3738  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2779  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2782  putative thiamine biosynthesis protein ThiS  42.42 
 
 
66 aa  53.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.408989  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0390  sulfur carrier protein ThiS  45.59 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3509  sulfur carrier protein ThiS  45.59 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.20038  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2482  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.91 
 
 
66 aa  53.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.116747  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2696  sulfur carrier protein ThiS  45.59 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0411  sulfur carrier protein ThiS  45.59 
 
 
65 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0338  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.518448  normal  0.375148 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1554  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.39 
 
 
211 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.636206  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1957  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.19 
 
 
63 aa  52  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27356  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4404  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.39 
 
 
66 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4093  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.42 
 
 
65 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00467775  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1823  thiamine biosynthesis protein ThiS  40.91 
 
 
66 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.100624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0709  sulfur carrier protein ThiS  42.42 
 
 
65 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.367637  normal  0.0347852 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0894  thiamine biosynthesis protein ThiS  37.88 
 
 
65 aa  52.4  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0249295  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6223  thiamine biosynthesis protein ThiS  39.39 
 
 
65 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.392752  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4701  bifunctional sulfur carrier protein/thiazole synthase protein  40.91 
 
 
374 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.468322  normal  0.837099 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0314  sulfur carrier protein ThiS  44.12 
 
 
65 aa  52  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.388373  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4493  sulfur carrier protein ThiS  39.39 
 
 
66 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.439278  hitchhiker  0.00000334012 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5998  thiamine biosynthesis protein ThiS  38.03 
 
 
81 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.786244 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1185  thiamine biosynthesis protein ThiS  34.33 
 
 
69 aa  51.6  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.029771  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3429  thiamine biosynthesis protein ThiS  42.19 
 
 
63 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2773  sulfur carrier protein ThiS  42.65 
 
 
65 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.374712  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2072  thiamine biosynthesis protein ThiS  33.33 
 
 
66 aa  51.2  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.113816  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2638  thiamine biosynthesis protein ThiS  38.81 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1142  thiamine biosynthesis protein ThiS  36.76 
 
 
68 aa  51.2  0.000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>