More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4159 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4159  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 		 386 aa  787    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4974  coproporphyrinogen III oxidase  77.43 
 
 		 391 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0485  coproporphyrinogen III oxidase  78.85 
 
 		 384 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5327  coproporphyrinogen III oxidase  77.24 
 
 		 401 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.476935 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05040  coproporphyrinogen III oxidase  78.07 
 
 		 384 aa  597  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0471  coproporphyrinogen III oxidase  78.13 
 
 		 404 aa  588  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.804831 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0364  coproporphyrinogen III oxidase  78.13 
 
 		 395 aa  584  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.250524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5052  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  77.87 
 
 		 404 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5101  coproporphyrinogen III oxidase  77.69 
 
 		 391 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5151  coproporphyrinogen III oxidase  76.42 
 
 		 391 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.294445  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03000  coproporphyrinogen III oxidase  75.34 
 
 		 373 aa  549  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2963  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  58.95 
 
 		 387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000535992  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0528  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.38 
 
 		 382 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3288  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.81 
 
 		 396 aa  432  1e-120  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0537  coproporphyrinogen III oxidase  55.29 
 
 		 386 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0906426  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1468  oxygen-independent coproporphyrinogen-III oxidase  53.39 
 
 		 375 aa  427  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.245191  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0710  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.39 
 
 		 375 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.963013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3612  coproporphyrinogen III oxidase  56.8 
 
 		 379 aa  421  1e-117  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03584  coproporphyrinogen III oxidase  53.93 
 
 		 390 aa  424  1e-117  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4035  coproporphyrinogen III oxidase  57.33 
 
 		 379 aa  422  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.023291 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002450  coproporphyrinogen III oxidase, oxygen-independent  53.93 
 
 		 392 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3079  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  58.78 
 
 		 380 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.862444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0770  coproporphyrinogen III oxidase  56.53 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.261122  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2472  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56.8 
 
 		 400 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2687  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.53 
 
 		 400 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000667437  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1187  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.03 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.454386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1258  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.03 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0161407  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1188  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.03 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2483  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  56.99 
 
 		 379 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.274904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.87 
 
 		 380 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.482476  normal  0.758269 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02785  coproporphyrinogen III oxidase  55.47 
 
 		 378 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.179359  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02748  hypothetical protein  55.47 
 
 		 378 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.153415  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0755  coproporphyrinogen III oxidase  57.33 
 
 		 379 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3359  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  54.03 
 
 		 385 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0007  coproporphyrinogen III oxidase  54.19 
 
 		 391 aa  414  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.712639  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3455  coproporphyrinogen III oxidase  56.25 
 
 		 380 aa  412  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.766268  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2693  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  54.11 
 
 		 387 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1131  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  56 
 
 		 379 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00230562  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3308  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  60.86 
 
 		 390 aa  412  1e-114  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3447  coproporphyrinogen III oxidase  56 
 
 		 378 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.286445 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3387  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  411  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3343  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  411  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3278  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.026335 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0740  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  55.2 
 
 		 378 aa  408  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3273  coproporphyrinogen III oxidase  54.45 
 
 		 408 aa  409  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3046  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.79 
 
 		 388 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000324324  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0759  coproporphyrinogen III oxidase  55.47 
 
 		 378 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573813 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3031  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53 
 
 		 388 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.472525  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0825  coproporphyrinogen III oxidase  54.93 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.330416  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3115  coproporphyrinogen III oxidase  55.47 
 
 		 378 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0826  coproporphyrinogen III oxidase  54.93 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3267  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2866  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.32 
 
 		 379 aa  409  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00010545  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3351  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.315269 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4258  coproporphyrinogen III oxidase  55.73 
 
 		 378 aa  410  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0143  coproporphyrinogen III oxidase  54.93 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000483536 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3361  coproporphyrinogen III oxidase  55.47 
 
 		 380 aa  408  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679793 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1332  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.26 
 
 		 388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000575717  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3189  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53 
 
 		 388 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000939892  normal  0.198948 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3097  coproporphyrinogen III oxidase  55.2 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000345052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3299  coproporphyrinogen III oxidase  54.93 
 
 		 378 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3668  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.68 
 
 		 388 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.231493  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3853  coproporphyrinogen III oxidase  55.05 
 
 		 399 aa  404  1e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.800608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02372  coproporphyrinogen III oxidase  52.62 
 
 		 385 aa  402  1e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1121  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.66 
 
 		 378 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.002803  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1326  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.93 
 
 		 378 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0437214 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2276  hypothetical protein  52.14 
 
 		 375 aa  399  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2479  coproporphyrinogen III oxidase  53.81 
 
 		 413 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.226119  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0955  coproporphyrinogen III oxidase  55.03 
 
 		 404 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.337282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4103  coproporphyrinogen III oxidase  55.03 
 
 		 404 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.274585  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3651  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  53.65 
 
 		 400 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1226  coproporphyrinogen dehydrogenase  52.27 
 
 		 378 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000226864  normal  0.222132 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0516  coproporphyrinogen III oxidase  55.03 
 
 		 404 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0995  coproporphyrinogen III oxidase  55.03 
 
 		 404 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.369674  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2303  hypothetical protein  51.87 
 
 		 375 aa  398  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0850  coproporphyrinogen III oxidase  54.59 
 
 		 419 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.260825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2322  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  53.7 
 
 		 388 aa  397  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0665  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 		 404 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0912478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2405  coproporphyrinogen III oxidase  54.76 
 
 		 404 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3053  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2953  coproporphyrinogen III oxidase  55.41 
 
 		 405 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.640184  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0117  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  50.8 
 
 		 382 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1582  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229924  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0760  coproporphyrinogen III oxidase  53.58 
 
 		 383 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3089  coproporphyrinogen III oxidase  54.23 
 
 		 409 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.610477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  53.7 
 
 		 409 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3019  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.18574  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4335  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  59.01 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0811  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.12855  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2100  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  52.21 
 
 		 408 aa  390  1e-107  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0847  coproporphyrinogen III oxidase  53.32 
 
 		 383 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0867  coproporphyrinogen III oxidase  53.97 
 
 		 404 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0855  coproporphyrinogen III oxidase  54.07 
 
 		 404 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.286896  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2644  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1968  coproporphyrinogen III oxidase  55.15 
 
 		 405 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.137157  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0040  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  54.52 
 
 		 384 aa  385  1e-106  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2444  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  52.19 
 
 		 385 aa  382  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0124  coproporphyrinogen III oxidase  51.32 
 
 		 392 aa  384  1e-105  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2282  coproporphyrinogen III oxidase  52.89 
 
 		 422 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.485067  normal  0.946355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>