More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4090 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  63.52 
 
 		 246 aa  295  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  61.21 
 
 		 244 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  66.95 
 
 		 238 aa  280  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  62.34 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  61.9 
 
 		 241 aa  275  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  61.21 
 
 		 244 aa  275  5e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  53.98 
 
 		 245 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  56.7 
 
 		 243 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  54.91 
 
 		 243 aa  238  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  54.11 
 
 		 243 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  46.29 
 
 		 237 aa  166  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  38.21 
 
 		 296 aa  155  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  43.57 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  37.73 
 
 		 234 aa  152  7e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  37.73 
 
 		 234 aa  150  1e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  42.04 
 
 		 246 aa  145  6e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  40.36 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  39.29 
 
 		 242 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  37.22 
 
 		 239 aa  138  7e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  39.82 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  41.62 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  37.55 
 
 		 286 aa  132  5e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  40.53 
 
 		 237 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  40.53 
 
 		 263 aa  129  3e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  40.21 
 
 		 266 aa  129  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  38.77 
 
 		 233 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  37.89 
 
 		 233 aa  128  6e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  33.19 
 
 		 232 aa  128  7.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  35.42 
 
 		 266 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  30.73 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  38.5 
 
 		 230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  37.16 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  35.62 
 
 		 247 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  33.18 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  39.13 
 
 		 241 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  37.78 
 
 		 235 aa  122  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  38.22 
 
 		 262 aa  122  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  34.6 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  38.2 
 
 		 241 aa  120  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  38.49 
 
 		 240 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  37.18 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  37.61 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  37.61 
 
 		 242 aa  119  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  37.39 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  38.4 
 
 		 250 aa  119  3e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  37.1 
 
 		 227 aa  119  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  38.2 
 
 		 241 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  38.49 
 
 		 231 aa  119  6e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  38.94 
 
 		 238 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  38.1 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  36.73 
 
 		 228 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  36.68 
 
 		 268 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  38.86 
 
 		 255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  37.78 
 
 		 263 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  35.02 
 
 		 251 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  36.05 
 
 		 233 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  38.03 
 
 		 263 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  37.44 
 
 		 263 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  37.78 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  37.85 
 
 		 240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0964  competence protein F  41.74 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  37.33 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  34.14 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  37.5 
 
 		 252 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  34.59 
 
 		 204 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  35.91 
 
 		 185 aa  113  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  36.49 
 
 		 255 aa  113  3e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  32.73 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  35.81 
 
 		 274 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  29.66 
 
 		 245 aa  111  9e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  36.44 
 
 		 227 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  34.93 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  36.84 
 
 		 247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  35.78 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  35.37 
 
 		 261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  36 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  33.33 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  36.65 
 
 		 222 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  32.44 
 
 		 239 aa  108  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  34.81 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  38.03 
 
 		 246 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.03 
 
 		 250 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  31.39 
 
 		 229 aa  107  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  37.3 
 
 		 293 aa  106  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  35.32 
 
 		 279 aa  105  8e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  40 
 
 		 242 aa  104  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0359  putative competence protein F-related protein  38.5 
 
 		 240 aa  104  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.332104 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  36.28 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3415  ComF family protein  36.56 
 
 		 241 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  39.05 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  34.84 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  34.39 
 
 		 227 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  39.23 
 
 		 242 aa  102  7e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 227 aa  102  7e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  35.29 
 
 		 227 aa  101  9e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  35.29 
 
 		 227 aa  101  9e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>