161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4019 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01163  hypothetical protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.0000043482  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2460  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000222624  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1982  SpoVR family protein  69.75 
 
 
511 aa  751    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0148623  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0395  SpoVR family protein  85.52 
 
 
522 aa  925    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.466906  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2255  SpoVR family protein  65.86 
 
 
576 aa  723    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.895608  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02753  SpoVR family protein  69.2 
 
 
515 aa  734    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3487  SpoVR family protein  66.8 
 
 
512 aa  705    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241137  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2884  SpoVR family protein  70.26 
 
 
508 aa  748    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0545  SpoVR like family protein  88.22 
 
 
520 aa  987    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1675  SpoVR family protein  67.79 
 
 
510 aa  746    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000834062  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1514  SpoVR family protein  67.79 
 
 
510 aa  751    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2858  SpoVR family protein  67.86 
 
 
507 aa  753    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2727  SpoVR family protein  68.48 
 
 
507 aa  750    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4633  SpoVR family protein  88.03 
 
 
520 aa  987    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3555  SpoVR family protein  67.76 
 
 
517 aa  728    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1234  SpoVR family protein  71.05 
 
 
509 aa  769    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2027  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.89227  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46890  SpoVR family protein  89.64 
 
 
520 aa  998    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5141  SpoVR family protein  89.36 
 
 
523 aa  966    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4753  SpoVR family protein  67.29 
 
 
559 aa  719    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135349  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1530  SpoVR family protein  67.29 
 
 
559 aa  719    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.376164  normal  0.61215 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2004  SpoVR family protein  69.76 
 
 
511 aa  758    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000607664  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2206  SpoVR family protein  71.52 
 
 
505 aa  763    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.193374  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2467  SpoVR family protein  67.92 
 
 
560 aa  719    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.33279  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1946  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.43581  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2215  SpoVR family protein  66.67 
 
 
511 aa  724    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155219  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0731  SpoVR family protein  72.98 
 
 
515 aa  783    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2159  SpoVR family protein  69.83 
 
 
520 aa  739    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.223118  normal  0.683334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2007  SpoVR family protein  66.27 
 
 
552 aa  724    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1636  SpoVR family protein  70.6 
 
 
504 aa  744    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000747677  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0883  SpoVR family protein  68.3 
 
 
516 aa  759    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.800321  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3906  SpoVR family protein  68.38 
 
 
512 aa  726    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1135  SpoVR family protein  65.54 
 
 
507 aa  723    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1392  SpoVR family protein  64.57 
 
 
521 aa  723    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01173  hypothetical protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000266726  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1740  SpoVR family protein  68.69 
 
 
502 aa  732    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0137532  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2506  SpoVR family protein  70.65 
 
 
508 aa  754    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000176707  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1569  SpoVR family protein  70.26 
 
 
508 aa  750    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00678887  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1644  SpoVR family protein  70.67 
 
 
508 aa  753    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000992283  hitchhiker  0.0074183 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1744  SpoVR family protein  69.09 
 
 
513 aa  746    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1512  SpoVR family protein  67.29 
 
 
559 aa  721    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.854578  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07650  SpoVR family protein  87.38 
 
 
517 aa  946    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.127864 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1615  SpoVR family protein  67.49 
 
 
559 aa  723    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.244629  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1636  SpoVR family protein  70.06 
 
 
508 aa  749    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00115572  normal  0.0797641 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0201  SpoVR family protein  67.4 
 
 
532 aa  739    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262543 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1923  SpoVR family protein  71.14 
 
 
507 aa  762    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000604699  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2706  SpoVR family protein  71.06 
 
 
507 aa  783    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.538791 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3058  SpoVR family protein  72.76 
 
 
519 aa  799    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339025  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2385  SpoVR family protein  67.21 
 
 
522 aa  714    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1689  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.107262  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3777  SpoVR family protein  66.2 
 
 
538 aa  728    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130387 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0345  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.327698  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1779  SpoVR family protein  70.85 
 
 
508 aa  756    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000504423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1863  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1875  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0816  SpoVR family protein  67.71 
 
 
560 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.563977  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1831  SpoVR family protein  70.25 
 
 
510 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2002  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.582174  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2364  SpoVR family protein  69.14 
 
 
510 aa  749    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0656278  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1684  SpoVR family protein  70.28 
 
 
505 aa  751    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000208668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4019  SpoVR family protein  100 
 
 
521 aa  1092    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1465  SpoVR family protein  71.85 
 
 
516 aa  756    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1227  SpoVR family protein  68.68 
 
 
578 aa  726    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.215456 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0429  SpoVR family protein  85.71 
 
 
522 aa  927    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00886666  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1708  SpoVR family protein  67.14 
 
 
515 aa  735    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0816979  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1949  SpoVR family protein  69.12 
 
 
513 aa  764    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0479181  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0729  SpoVR family protein  87.57 
 
 
517 aa  948    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1772  SpoVR family protein  70.85 
 
 
508 aa  754    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599877  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1329  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  750    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000362879  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2245  SpoVR family protein  69.4 
 
 
519 aa  764    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0368477  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1998  SpoVR family protein  69.83 
 
 
511 aa  748    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.154757  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1346  SpoVR family protein  67.59 
 
 
510 aa  743    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00649322  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01539  SpoVR family protein  71.81 
 
 
519 aa  761    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1291  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000558794  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1333  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000395748  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2448  SpoVR family protein  72.35 
 
 
506 aa  755    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0619548  normal  0.114389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2747  SpoVR family protein  69.14 
 
 
511 aa  752    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00597319  decreased coverage  0.0000564649 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1960  SpoVR family protein  68.6 
 
 
504 aa  752    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1942  SpoVR family protein  67.79 
 
 
510 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.334996  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1816  SpoVR family protein  70.85 
 
 
508 aa  755    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00125161  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2329  SpoVR family protein  66.67 
 
 
542 aa  703    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.851956  normal  0.900002 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1623  SpoVR family protein  67.92 
 
 
557 aa  723    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.296087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2362  SpoVR family protein  69.63 
 
 
511 aa  745    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0105476  normal  0.544957 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003983  hypothetical protein  71.9 
 
 
519 aa  759    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2569  SpoVR family protein  70.16 
 
 
517 aa  769    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0246298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0426  SpoVR family protein  85.91 
 
 
522 aa  926    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.375889  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2048  SpoVR family protein  68.69 
 
 
502 aa  732    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0996469  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2108  SpoVR family protein  69.83 
 
 
511 aa  748    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.342881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2437  SpoVR family protein  67.99 
 
 
510 aa  747    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00512702  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1961  SpoVR family protein  67.79 
 
 
510 aa  746    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00693869  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4807  SpoVR family protein  87.45 
 
 
522 aa  935    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.091895  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2156  SpoVR family protein  70.44 
 
 
508 aa  765    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0915233  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1591  SpoVR family protein  67.49 
 
 
559 aa  723    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.762696  normal  0.699519 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0535  SpoVR family protein  55.45 
 
 
505 aa  562  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.468104  normal  0.689072 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1691  SpoVR family protein  56.07 
 
 
519 aa  546  1e-154  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2528  SpoVR family protein  55.11 
 
 
491 aa  543  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2913  SpoVR family protein  55.11 
 
 
491 aa  543  1e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6312  SpoVR family protein  56.11 
 
 
512 aa  543  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0974  SpoVR family protein  53.09 
 
 
512 aa  538  9.999999999999999e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1223  SpoVR family protein  54.73 
 
 
522 aa  536  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.297925  normal  0.137117 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>