140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3972 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  100 
 
 		 411 aa  849    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  39.43 
 
 		 428 aa  237  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  37.66 
 
 		 414 aa  236  4e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  37.66 
 
 		 414 aa  236  5.0000000000000005e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  37.37 
 
 		 440 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  36.17 
 
 		 420 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  35.62 
 
 		 444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  36.43 
 
 		 424 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  34.87 
 
 		 434 aa  212  9e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  35.22 
 
 		 407 aa  210  4e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  34.3 
 
 		 421 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  33.69 
 
 		 412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  33.79 
 
 		 416 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  35.47 
 
 		 434 aa  182  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  30.75 
 
 		 544 aa  181  2e-44  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  31.51 
 
 		 413 aa  181  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  32.63 
 
 		 434 aa  179  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  35.22 
 
 		 416 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  30.99 
 
 		 413 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  30.99 
 
 		 413 aa  178  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  35.91 
 
 		 416 aa  178  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  33.24 
 
 		 473 aa  173  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  30.91 
 
 		 407 aa  166  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  33.33 
 
 		 384 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  31.22 
 
 		 408 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  30.92 
 
 		 431 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1632  HK97 family phage portal protein  31.25 
 
 		 429 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.543468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  30.6 
 
 		 444 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  29.48 
 
 		 417 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  30.38 
 
 		 416 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  32.69 
 
 		 434 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  30.83 
 
 		 395 aa  159  6e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  31.59 
 
 		 432 aa  159  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  29.92 
 
 		 417 aa  157  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  30.99 
 
 		 524 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  31.05 
 
 		 409 aa  154  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  31.44 
 
 		 445 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  30.79 
 
 		 404 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  29.68 
 
 		 401 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  31.52 
 
 		 423 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  31.27 
 
 		 420 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  26.68 
 
 		 419 aa  149  8e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  29.21 
 
 		 398 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  29.89 
 
 		 390 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  31.82 
 
 		 412 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  30.94 
 
 		 425 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  30.94 
 
 		 425 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  30.94 
 
 		 425 aa  145  1e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  28.65 
 
 		 408 aa  144  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2502  phage portal protein, HK97 family  31.15 
 
 		 420 aa  143  6e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.160981  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  28.61 
 
 		 426 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  29.4 
 
 		 411 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  30.28 
 
 		 393 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  29.72 
 
 		 445 aa  133  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  27.59 
 
 		 389 aa  133  6.999999999999999e-30  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  29.72 
 
 		 445 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  29.81 
 
 		 414 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1045  head portal protein  28.3 
 
 		 460 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.326172  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  29.46 
 
 		 428 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  29.5 
 
 		 404 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  26.05 
 
 		 436 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  28.21 
 
 		 392 aa  127  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  29.52 
 
 		 397 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3865  HK97 family phage portal protein  28.3 
 
 		 429 aa  125  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00272242 
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  24.73 
 
 		 409 aa  122  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  28.87 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  28.31 
 
 		 436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  28.31 
 
 		 436 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5506  phage portal protein, HK97 family  26.61 
 
 		 408 aa  113  6e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.709326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2199  HK97 family portal protein , putative  34.21 
 
 		 225 aa  113  8.000000000000001e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  26.55 
 
 		 406 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1968  hypothetical protein  26.56 
 
 		 435 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1648  hypothetical protein  29.44 
 
 		 422 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.117092  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2997  putative head portal protein  30.16 
 
 		 408 aa  108  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.429219  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  24.11 
 
 		 415 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  25.97 
 
 		 441 aa  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  26.77 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  27.11 
 
 		 407 aa  102  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  26.84 
 
 		 406 aa  100  3e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  25.28 
 
 		 413 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2472  phage portal protein, HK97 family  25.43 
 
 		 542 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  26.16 
 
 		 447 aa  96.3  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  23.61 
 
 		 413 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.46 
 
 		 455 aa  93.2  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  25.54 
 
 		 457 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  24.86 
 
 		 372 aa  90.1  7e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  25.52 
 
 		 417 aa  89  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0013  HK97 family phage portal protein  24.86 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  26.4 
 
 		 859 aa  87  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  26.4 
 
 		 833 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  26.4 
 
 		 833 aa  86.7  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1303  phage portal protein, HK97 family  27.67 
 
 		 437 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0033  HK97 family phage portal protein  25.14 
 
 		 393 aa  84.3  0.000000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.13061  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  25.61 
 
 		 448 aa  80.5  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  26.74 
 
 		 391 aa  77.4  0.0000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  21.62 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_002978  WD1012  HK97 family phage portal protein  24.38 
 
 		 397 aa  77  0.0000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.982443  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  24.59 
 
 		 454 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  24.59 
 
 		 454 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4384  phage portal protein, HK97 family  27.2 
 
 		 264 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>