More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3928 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0435  M24/M37 family peptidase  70.35 
 
 		 475 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal  0.0460462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0607  peptidase, M23/M37 family  70.23 
 
 		 474 aa  653    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0513451  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4566  peptidase M23B  69.38 
 
 		 475 aa  643    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00491492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0465  peptidase M23B  70.27 
 
 		 473 aa  660    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000494323  normal  0.161916 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5099  peptidase M23B  69.81 
 
 		 503 aa  641    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000186305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0468  peptidase M23B  70.35 
 
 		 473 aa  657    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000910103  hitchhiker  0.00126388 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4768  peptidase M23B  70.56 
 
 		 472 aa  661    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000000282967  normal  0.90661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3928  peptidase M23B  100 
 
 		 475 aa  979    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000103245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0808  hypothetical protein  62.58 
 
 		 468 aa  598  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111068  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08540  hypothetical protein  62.08 
 
 		 447 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000156584  decreased coverage  0.00000000118926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46000  metallopeptidase  62.58 
 
 		 480 aa  565  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.064748  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1070  peptidase M23B  40.6 
 
 		 470 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000663159  hitchhiker  0.00472125 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0696  peptidase M23B  42.74 
 
 		 459 aa  379  1e-104  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000424266  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0910  peptidase M23B  46.61 
 
 		 479 aa  359  7e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.217217  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2406  Peptidase M23  44.39 
 
 		 517 aa  356  6.999999999999999e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.00000297595  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0437  peptidase M23B  42.06 
 
 		 513 aa  326  7e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000637591  normal  0.0934933 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2139  Peptidase M23  40.05 
 
 		 490 aa  323  5e-87  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00671131  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1087  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  44.35 
 
 		 460 aa  323  5e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00818194  normal  0.118313 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0063  peptidase M23B  43.58 
 
 		 448 aa  311  1e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000736446  normal  0.441172 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0994  peptidase M23B  37.71 
 
 		 470 aa  311  2e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000818534  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1021  peptidase M23B  44.29 
 
 		 491 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000137565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1127  peptidase M23B  38.03 
 
 		 468 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000608337  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1213  peptidase M23B  37.87 
 
 		 468 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0214324  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1169  peptidase M23B  37.66 
 
 		 468 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000504545  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1246  peptidase M23B  37.66 
 
 		 468 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00321659  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2811  peptidase M23B  37.92 
 
 		 472 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000654378  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0513  peptidase M23B  37.2 
 
 		 439 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.842896  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2881  peptidase M23B  37.87 
 
 		 466 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000532238  hitchhiker  0.00000791404 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3059  peptidase M23B  37.87 
 
 		 466 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000244164  normal  0.0231551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1211  peptidase M23B  37.27 
 
 		 475 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0168861  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3144  Peptidase M23  37.66 
 
 		 468 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0015226  normal  0.847017 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2963  peptidase M23B  38.25 
 
 		 491 aa  301  1e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00002101  normal  0.0112469 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0627  hypothetical protein  35.03 
 
 		 477 aa  301  2e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4726  M24/M37 family peptidase  37.4 
 
 		 498 aa  300  5e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1314  M24/M37 family peptidase  37.1 
 
 		 482 aa  300  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0610  hypothetical protein  34.78 
 
 		 477 aa  298  1e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3506  peptidase M23B  40.61 
 
 		 741 aa  298  1e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000124744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1103  peptidase M23B  40.46 
 
 		 475 aa  297  2e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.123313 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0159  hypothetical protein  42.5 
 
 		 433 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000424474  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2972  peptidase M23B  36.01 
 
 		 512 aa  296  4e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000246824  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01618  Peptidase, M23/M37 family protein  36.13 
 
 		 441 aa  293  4e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0849  M24/M37 family peptidase  38.5 
 
 		 462 aa  293  6e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0168749  normal  0.445111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0299  Peptidase M23  44.32 
 
 		 490 aa  291  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0751276  normal  0.0202035 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002595  membrane protein  42 
 
 		 353 aa  288  1e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000185495  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0124  peptidase M23  40.95 
 
 		 471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000771684  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0141  metallopeptidase  40.39 
 
 		 471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000148736  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03413  hypothetical protein  40.44 
 
 		 429 aa  284  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0270  M23 peptidase domain-containing protein  40.05 
 
 		 423 aa  278  2e-73  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00486213  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0877  peptidase M23B  40.05 
 
 		 503 aa  277  3e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0472829  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2568  putative membrane associated peptidase  41.31 
 
 		 436 aa  277  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102631  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2030  Peptidase M23  39.95 
 
 		 470 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1920  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  39.78 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0283385  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02939  membrane-bound metalloendopeptidase  40.4 
 
 		 472 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2080  Peptidase M23  36.02 
 
 		 441 aa  268  2e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0352  peptidase M23B  38.08 
 
 		 430 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0458  peptidase family protein  37.88 
 
 		 438 aa  266  5.999999999999999e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0151813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0554  peptidase M23B  38.1 
 
 		 457 aa  259  7e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0864407  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0172  Peptidase M23  37.32 
 
 		 465 aa  257  3e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0593266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0008  peptidase M23B  37.94 
 
 		 417 aa  257  4e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2472  metalloendopeptidase-like membrane protein  38.68 
 
 		 441 aa  256  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000271454  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1754  peptidase M23B  38.15 
 
 		 569 aa  246  8e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598264 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0770  peptidase M23B  38.75 
 
 		 533 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0002  Peptidase M23  37.57 
 
 		 523 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3784  M24/M37 family peptidase  36.47 
 
 		 439 aa  234  3e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1236  Peptidase M23  36.09 
 
 		 441 aa  229  6e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.747064  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0656  peptidase M23B  35.02 
 
 		 490 aa  229  1e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.45264  normal  0.700073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0727  peptidase M23B  34.13 
 
 		 465 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0416  peptidase M23B  34.32 
 
 		 464 aa  226  5.0000000000000005e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.749321  normal  0.0708981 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0610  Peptidase M23  34.7 
 
 		 454 aa  224  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0631  peptidase M23B  33.76 
 
 		 454 aa  224  4e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0823  Peptidase M23  33.97 
 
 		 429 aa  223  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000176405  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4673  Peptidase M23  36 
 
 		 446 aa  223  7e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1358  hypothetical protein  33.58 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370523 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2104  hypothetical protein  33.58 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.391602  normal  0.665324 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1234  hypothetical protein  33.58 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00307381  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2049  hypothetical protein  33.58 
 
 		 439 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245619  normal  0.249878 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2136  Peptidase M23  33.71 
 
 		 437 aa  221  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2044  hypothetical protein  33.58 
 
 		 439 aa  221  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.713076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1597  Peptidase M23  35.03 
 
 		 435 aa  220  5e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2540  peptidase M23B  35.23 
 
 		 429 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.169428  normal  0.74545 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4107  peptidase M23B  35.16 
 
 		 457 aa  218  2e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06306  peptidase  36.36 
 
 		 439 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2644  peptidase M23B  34.2 
 
 		 462 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.107778  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1784  Peptidase M23  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000497391  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01815  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1949  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0407362  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0952  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000381632  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1330  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0147983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1776  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000317074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2086  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000391864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2592  hypothetical protein  33.17 
 
 		 440 aa  217  2.9999999999999998e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000737786  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01827  predicted peptidase  33.17 
 
 		 419 aa  217  4e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000774309  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2732  Peptidase M23  33.52 
 
 		 440 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169167  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2638  Peptidase M23  33.52 
 
 		 440 aa  217  4e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.388995  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4046  peptidase M23B  35.76 
 
 		 453 aa  217  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42477 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1227  peptidase M23B  33.52 
 
 		 437 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6410  peptidase M23B  32.52 
 
 		 491 aa  216  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.101162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2425  hypothetical protein  32.1 
 
 		 439 aa  215  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000232327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1533  peptidase M23B  34.04 
 
 		 431 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00239746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0475  peptidase M23B  32.69 
 
 		 464 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0764227  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>