More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3903 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3903  30S ribosomal protein S3  100 
 
 
228 aa  461  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0436883  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0632  ribosomal protein S3  95.61 
 
 
228 aa  440  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00163492  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4542  30S ribosomal protein S3  95.61 
 
 
228 aa  440  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0688366 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5073  30S ribosomal protein S3  95.61 
 
 
228 aa  440  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216562  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06310  30S ribosomal protein S3  95.61 
 
 
228 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0460  30S ribosomal protein S3  93.86 
 
 
228 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521801  unclonable  0.00000018203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0493  30S ribosomal protein S3  93.86 
 
 
228 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000464846  normal  0.111354 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4743  30S ribosomal protein S3  93.86 
 
 
228 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0129797  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0490  30S ribosomal protein S3  93.86 
 
 
228 aa  431  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.208972  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08910  30S ribosomal protein S3  94.3 
 
 
228 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0843  30S ribosomal protein S3  94.3 
 
 
228 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.401464  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4270  ribosomal protein S3  77.97 
 
 
226 aa  364  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000216647  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0427  30S ribosomal protein S3  75.86 
 
 
232 aa  362  2e-99  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.159032  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0966  30S ribosomal protein S3  82.16 
 
 
224 aa  360  1e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0153824  hitchhiker  0.00000134918 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0725  30S ribosomal protein S3  78.1 
 
 
227 aa  341  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000305587  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0411  30S ribosomal protein S3  72.17 
 
 
233 aa  338  4e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0239377  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0329  30S ribosomal protein S3  72.17 
 
 
233 aa  338  5.9999999999999996e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000157005  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2168  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  337  7e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000068862  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3816  30S ribosomal protein S3  72.17 
 
 
233 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000890302  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3995  30S ribosomal protein S3  72.17 
 
 
233 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000204898  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03165  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00374176  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0399  ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000257024  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3797  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000046077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0399  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000141068  hitchhiker  0.0000729403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3801  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0443981  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03116  hypothetical protein  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00261004  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3699  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153229  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4637  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00278022  normal  0.0942567 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3703  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00180602  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3630  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000937087  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3630  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0724577  normal  0.691725 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3609  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000291269  normal  0.0112128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3738  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.0279522 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3745  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000025032  hitchhiker  0.00113301 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3508  30S ribosomal protein S3  71.74 
 
 
233 aa  334  5e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538349  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0289  30S ribosomal protein S3  71.62 
 
 
232 aa  332  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000655466  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3909  30S ribosomal protein S3  71.62 
 
 
232 aa  332  3e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0590  30S ribosomal protein S3  71.62 
 
 
232 aa  332  3e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336971  normal  0.465615 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3518  ribosomal protein S3  70.4 
 
 
230 aa  331  5e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000668296  hitchhiker  0.00000107065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4538  30S ribosomal protein S3  71.62 
 
 
232 aa  331  6e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  hitchhiker  0.0021179 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0475  30S ribosomal protein S3  76.67 
 
 
232 aa  330  8e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00134596  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0237  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  330  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0205  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000415064  unclonable  0.0000000000217557 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0200  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  330  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00835555  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0205  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  330  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000069447  hitchhiker  0.00000000149632 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0219  30S ribosomal protein S3  72.65 
 
 
230 aa  329  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000284252  unclonable  0.00000795871 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0065  30S ribosomal protein S3  69.36 
 
 
235 aa  328  4e-89  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0358705  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0326  30S ribosomal protein S3  71.24 
 
 
232 aa  328  5.0000000000000004e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0364603  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0176  30S ribosomal protein S3  71.49 
 
 
229 aa  327  7e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000179507  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2318  30S ribosomal protein S3  71.11 
 
 
223 aa  327  9e-89  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000695636  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3753  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  327  9e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000131663  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4050  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000595874  unclonable  0.00000000000714498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0164  30S ribosomal protein S3  70.09 
 
 
229 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000022982  decreased coverage  0.0000484078 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4164  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000278564  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0202  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000360171  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0206  30S ribosomal protein S3  73.09 
 
 
230 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000455667  unclonable  0.00000997439 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001736  SSU ribosomal protein S3p (S3e)  68.56 
 
 
232 aa  325  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000123717  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0190  30S ribosomal protein S3  69.74 
 
 
229 aa  325  3e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000304143  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0154  30S ribosomal protein S3  71.49 
 
 
229 aa  324  5e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000551432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00736  30S ribosomal protein S3  68.12 
 
 
232 aa  323  9e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0464  30S ribosomal protein S3  73.08 
 
 
226 aa  323  1e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0852  30S ribosomal protein S3  69.51 
 
 
228 aa  322  2e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4311  30S ribosomal protein S3  73.81 
 
 
229 aa  322  3e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000643505  unclonable  0.0000000000545426 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4684  30S ribosomal protein S3  73.33 
 
 
229 aa  322  3e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000205507  unclonable  0.0000000169741 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0301  ribosomal protein S3  72.33 
 
 
228 aa  320  1.9999999999999998e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00276484  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0867  ribosomal protein S3  67.41 
 
 
231 aa  317  9e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.808876  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1848  SSU ribosomal protein S3P  70 
 
 
227 aa  317  1e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00165537  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0343  ribosomal protein S3  70 
 
 
227 aa  317  1e-85  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000438385  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2366  30S ribosomal protein S3  72.12 
 
 
223 aa  315  3e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.77058  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2163  ribosomal protein S3  71.23 
 
 
226 aa  315  3e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0196191  normal  0.200155 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0432  30S ribosomal protein S3  66.52 
 
 
247 aa  315  3e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392005  hitchhiker  0.0000319768 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0495  30S ribosomal protein S3  66.52 
 
 
242 aa  315  4e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000115275  hitchhiker  0.00400345 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0285  30S ribosomal protein S3  64.91 
 
 
236 aa  315  4e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000103964  hitchhiker  0.0000018675 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0334  ribosomal protein S3  70 
 
 
233 aa  314  6e-85  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.385043  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0773  30S ribosomal protein S3  66.37 
 
 
286 aa  314  7e-85  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000686898  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0490  30S ribosomal protein S3  66.52 
 
 
242 aa  314  9e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000127993  normal  0.0282319 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04515  30S ribosomal protein S3  67.41 
 
 
244 aa  313  9.999999999999999e-85  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471597  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0762  30S ribosomal protein S3  70.67 
 
 
244 aa  312  2.9999999999999996e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00068895  normal  0.0518908 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0059  ribosomal protein S3  67.94 
 
 
275 aa  312  2.9999999999999996e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000192317  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0329  ribosomal protein S3  71.23 
 
 
224 aa  312  2.9999999999999996e-84  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000625588  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3332  30S ribosomal protein S3  66.22 
 
 
256 aa  310  1e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000390716  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2318  ribosomal protein S3  70.14 
 
 
228 aa  310  1e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00326782  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4907  30S ribosomal protein S3  67.94 
 
 
308 aa  309  2e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0459562  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0056  ribosomal protein S3  67.46 
 
 
271 aa  310  2e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000000180668  hitchhiker  1.0517300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3638  30S ribosomal protein S3  67.94 
 
 
268 aa  309  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000231617  hitchhiker  0.0000000000213568 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0325  30S ribosomal protein S3  64.25 
 
 
261 aa  308  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  3.85995e-16  unclonable  0.0000000469297 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0320  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
268 aa  308  2.9999999999999997e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000941491  decreased coverage  0.00272793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3453  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000212964  decreased coverage  0.00445176 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2753  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000356119  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0333  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000255455  normal  0.0226177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0273  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00291944  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0282  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000274054  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0354  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  308  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000020511  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2834  30S ribosomal protein S3  67.94 
 
 
264 aa  308  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000988121  normal  0.306449 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3062  30S ribosomal protein S3  67.94 
 
 
266 aa  307  6.999999999999999e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000122398  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3789  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
298 aa  307  9e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.461405  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2626  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0741143  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3770  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000624926  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3740  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000268518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3163  30S ribosomal protein S3  67.46 
 
 
266 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000161585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>