285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3792 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3792  lipoate-protein ligase B  100 
 
 
205 aa  414  1e-115  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1112  lipoate-protein ligase B  67.98 
 
 
217 aa  280  9e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12120  lipoate-protein ligase B  67.98 
 
 
217 aa  280  9e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0620  lipoate-protein ligase B  68.32 
 
 
215 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3335  lipoate-protein ligase B  64.08 
 
 
216 aa  275  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000375701  normal  0.0176495 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2941  lipoate-protein ligase B  63.68 
 
 
218 aa  273  1e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188229  normal  0.0212336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4359  lipoate-protein ligase B  66.34 
 
 
218 aa  273  1e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100426  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4676  lipoate-protein ligase B  67.33 
 
 
215 aa  272  3e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.946401  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4801  lipoate-protein ligase B  67.33 
 
 
216 aa  272  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.255218 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2408  lipoate-protein ligase B  63.9 
 
 
212 aa  271  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4854  lipoate-protein ligase B  66.83 
 
 
215 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2594  lipoate-protein ligase B  62.69 
 
 
216 aa  268  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00491142  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4819  lipoate-protein ligase B  65.35 
 
 
218 aa  267  8e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08450  lipoate-protein ligase B  65 
 
 
218 aa  266  1e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.699386  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2842  lipoate-protein ligase B  64.85 
 
 
214 aa  265  3e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117951  hitchhiker  0.000142913 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4964  lipoate-protein ligase B  64.85 
 
 
215 aa  264  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0693  lipoate-protein ligase B  60.2 
 
 
216 aa  261  5e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3155  lipoate-protein ligase B  60.5 
 
 
219 aa  260  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  3.90793e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1710  lipoate-protein ligase B  66.29 
 
 
235 aa  259  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.905957  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0980  lipoate-protein ligase B  58.33 
 
 
228 aa  258  5e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.33716  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1165  lipoyltransferase  66.48 
 
 
213 aa  257  9e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.330887  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3714  lipoate-protein ligase B  58.21 
 
 
219 aa  256  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  9.23711e-06  hitchhiker  0.00434688 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0468  lipoate-protein ligase B  60.4 
 
 
219 aa  256  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.17999e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3491  lipoate-protein ligase B  58.71 
 
 
219 aa  255  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.05489e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01650  Lipoate-protein ligase B  68.02 
 
 
223 aa  255  4e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00106577  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1162  lipoate-protein ligase B  60.2 
 
 
219 aa  254  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0682  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.4187e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0655  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.62879e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0621  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00599  lipoyltransferase  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3015  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0323475  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2996  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.04863e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00588  hypothetical protein  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277284  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0718  lipoate-protein ligase B  60.71 
 
 
213 aa  254  5e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  1.05703e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3323  lipoate-protein ligase B  60.2 
 
 
217 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00233986  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3281  lipoate-protein ligase B  60.2 
 
 
217 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00157558  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3459  lipoate-protein ligase B  60.2 
 
 
217 aa  254  7e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.139271  normal  0.0252876 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0989  lipoate-protein ligase B  59.7 
 
 
217 aa  253  9e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000765019  normal  0.947526 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0650  lipoate-protein ligase B  61.22 
 
 
213 aa  254  9e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000116189  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1050  lipoate-protein ligase B  59.7 
 
 
217 aa  253  1e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000221543  hitchhiker  0.00513124 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0985  lipoate-protein ligase B  59.7 
 
 
217 aa  253  1e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.34389e-05  normal  0.0349218 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0316  lipoate-protein ligase B  57.49 
 
 
218 aa  252  2e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.152256  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1086  lipoate-protein ligase B  59.7 
 
 
217 aa  252  2e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  3.59181e-05  hitchhiker  8.77638e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2875  lipoate-protein ligase B  58.71 
 
 
219 aa  253  2e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00372643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3155  lipoate-protein ligase B  57.14 
 
 
227 aa  251  4e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000182986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004227  octanoate-[acyl-carrier-protein]-protein-N- octanoyltransferase  57.92 
 
 
220 aa  251  6e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  2.31315e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0868  lipoate-protein ligase B  58.71 
 
 
227 aa  249  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1176  lipoate-protein ligase B  56.16 
 
 
227 aa  248  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  9.26852e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0737  lipoate-protein ligase B  65.14 
 
 
213 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00974636  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0677  lipoate-protein ligase B  65.14 
 
 
213 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  8.35576e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0751  lipoate-protein ligase B  65.14 
 
 
213 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.184656  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0691  lipoate-protein ligase B  65.14 
 
 
213 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0223479  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01212  lipoate-protein ligase B  57.43 
 
 
220 aa  246  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0795  lipoate-protein ligase B  65.14 
 
 
213 aa  247  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0561601  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2969  lipoate-protein ligase B  59.78 
 
 
244 aa  245  3e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0168211  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3029  lipoate-protein ligase B  61.93 
 
 
216 aa  243  1e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.572663  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1554  lipoate-protein ligase B  62.15 
 
 
217 aa  240  8e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00660992  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2954  lipoate-protein ligase B  55.45 
 
 
233 aa  239  2e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.57866e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1196  lipoate-protein ligase B  57.43 
 
 
222 aa  239  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3026  lipoate-protein ligase B  55.45 
 
 
233 aa  238  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0519842  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1087  lipoate-protein ligase B  54.73 
 
 
229 aa  238  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.183357  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1854  lipoate-protein ligase B  55.45 
 
 
232 aa  238  5e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  6.29456e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0269  lipoate-protein ligase B  60.89 
 
 
218 aa  237  8e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0288  lipoate-protein ligase B  61.36 
 
 
205 aa  236  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1551  lipoate-protein ligase B  55.67 
 
 
220 aa  234  6e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04288  lipoate-protein ligase B  57.58 
 
 
224 aa  232  2e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0179  lipoate-protein ligase B  57.84 
 
 
215 aa  230  1e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.799971  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0244  lipoate-protein ligase B  60.5 
 
 
222 aa  228  7e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2704  lipoate-protein ligase B  55.22 
 
 
203 aa  226  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2630  lipoate-protein ligase B  54.95 
 
 
224 aa  226  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1015  lipoate-protein ligase B  60 
 
 
217 aa  225  4e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1514  lipoyltransferase  50.75 
 
 
199 aa  224  8e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1469  lipoyltransferase  49.75 
 
 
199 aa  223  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1988  lipoate-protein ligase B  53.27 
 
 
215 aa  222  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0237  lipoate-protein ligase B  52.22 
 
 
227 aa  221  6e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.543697  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1962  lipoyltransferase  50.95 
 
 
214 aa  214  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3443  lipoate-protein ligase B  53.27 
 
 
236 aa  213  1e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.822951  normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2500  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
218 aa  210  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1638  lipoate-protein ligase B  52.41 
 
 
209 aa  209  3e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00770043  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0555  lipoate-protein ligase B  52.5 
 
 
226 aa  209  3e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.668487  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0600  lipoate-protein ligase B  52 
 
 
226 aa  208  5e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.180969  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2569  lipoate-protein ligase B  51.47 
 
 
212 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2199  lipoate-protein ligase B  51.47 
 
 
212 aa  207  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0165634 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0109  lipoate-protein ligase B  52.43 
 
 
207 aa  206  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.20872  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1669  lipoyltransferase  50.24 
 
 
214 aa  205  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0219  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
249 aa  204  7e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1374  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
249 aa  204  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0463  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
246 aa  204  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3187  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
249 aa  204  7e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.498526  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0443  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
252 aa  204  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0053  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
257 aa  204  8e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0626  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
254 aa  204  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0385  lipoate-protein ligase B  50.73 
 
 
255 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.915915  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0216  lipoate-protein ligase B  52.86 
 
 
255 aa  202  3e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0503  lipoate-protein ligase B  53.11 
 
 
241 aa  200  2e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0060  lipoate-protein ligase B  59.2 
 
 
264 aa  199  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1350  lipoate-protein ligase B  50.24 
 
 
242 aa  197  1e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0666448  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4213  lipoate-protein ligase B  52.15 
 
 
241 aa  197  1e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1413  lipoate-protein ligase B  50.24 
 
 
242 aa  196  1e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000174244  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0243  lipoate-protein ligase B  45.21 
 
 
224 aa  196  2e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>