More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3652 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  684    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  78.87 
 
 		 339 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  78.34 
 
 		 339 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 330 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  37.26 
 
 		 330 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 345 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 366 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 356 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 366 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  34.14 
 
 		 345 aa  176  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1113  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 339 aa  175  9e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1480  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 347 aa  172  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 345 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2886  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2183  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 345 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5894  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 345 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 359 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 369 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 369 aa  166  8e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 372 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  30.43 
 
 		 341 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 333 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 330 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 345 aa  162  9e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 369 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 339 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  35.67 
 
 		 339 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 360 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 357 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66530  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 357 aa  159  9e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 382 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 360 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0166  helix-turn-helix domain-containing protein  31.29 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 337 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  29.69 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  29.35 
 
 		 335 aa  152  8.999999999999999e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  30.46 
 
 		 345 aa  150  4e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 345 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37400  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 344 aa  149  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0307932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  32.62 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2784  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 398 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00366686  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  32 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0219  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0191  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.211144  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0996  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2578  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1365  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.884424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2722  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  28.92 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1560  AraC family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 350 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 347 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5769  putative transcriptional regulator  34.45 
 
 		 341 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0477  AraC family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 366 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  31.14 
 
 		 354 aa  141  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 337 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0596  helix-turn-helix domain-containing protein  30.14 
 
 		 356 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  29.02 
 
 		 360 aa  139  6e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3508  AraC family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 352 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.878691  normal  0.0398628 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2100  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 247 aa  138  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  34.16 
 
 		 337 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  32.6 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16430  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  32.23 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  29.27 
 
 		 343 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 359 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0246  AraC family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 336 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2512  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477717  normal  0.314099 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  32.72 
 
 		 352 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 353 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 334 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.34 
 
 		 353 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 331 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3046  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 356 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2159  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 340 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>