More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3648 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3648  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
1237 aa  2493  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.289797  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0647  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.23 
 
 
1137 aa  469  1e-130  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0587  ATP-binding region ATPase domain protein  37.77 
 
 
1161 aa  468  1e-130  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4696  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.62 
 
 
1917 aa  463  1e-129  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.257042  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0626  histidine kinase  40.09 
 
 
1137 aa  466  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.43 
 
 
1195 aa  459  1e-127  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3996  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.89 
 
 
1159 aa  457  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374046  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.15 
 
 
1168 aa  450  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2002  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
1155 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831305 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3761  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
1155 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.358181  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2142  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.07 
 
 
1149 aa  447  1e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.694825  hitchhiker  0.00121197 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2587  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.45 
 
 
1158 aa  449  1e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.67 
 
 
1143 aa  447  1e-124  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1135  GAF sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 
1142 aa  446  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0522922  normal  0.044499 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3786  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.43 
 
 
1155 aa  446  1e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1136  GAF sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1896 aa  440  1e-122  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.270239  normal  0.51439 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2106  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1155 aa  442  1e-122  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0022  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.98 
 
 
1356 aa  442  1e-122  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1073  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.63 
 
 
1158 aa  437  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00830683  normal  0.406928 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3768  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.02 
 
 
1954 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.8 
 
 
2107 aa  432  1e-119  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5566  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 
1203 aa  430  1e-119  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0247633 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2646  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.15 
 
 
1163 aa  429  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.898724 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1942  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 
1038 aa  428  1e-118  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9103  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.36 
 
 
1145 aa  429  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0393  histidine kinase  35.37 
 
 
1200 aa  428  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.564913 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4784  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.29 
 
 
1141 aa  428  1e-118  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5109  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 
2099 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0669819 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1671  histidine kinase  39.65 
 
 
1937 aa  425  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1989  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.65 
 
 
1937 aa  424  1e-117  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2642  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.74 
 
 
1216 aa  421  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.974276  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2712  sensor histidine kinase/response regulator  37.82 
 
 
1170 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5393  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 
2099 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0480029  normal  0.0859175 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  37.86 
 
 
1172 aa  422  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4210  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.91 
 
 
1165 aa  418  1e-115  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.985282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6441  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.03 
 
 
1937 aa  419  1e-115  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3210  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.45 
 
 
1936 aa  417  1e-115  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.596339  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  39.25 
 
 
1695 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1737  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.04 
 
 
1037 aa  410  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.476029  normal  0.227269 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3719  sensor histidine kinase  36.46 
 
 
1278 aa  407  1e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 
1713 aa  409  1e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.280335  normal  0.123564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0325  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.01 
 
 
2037 aa  408  1e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1035  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.99 
 
 
1201 aa  405  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5171  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.33 
 
 
1857 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.472035  normal  0.0675906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2257  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.51 
 
 
1162 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6353  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.05 
 
 
1839 aa  403  1e-110  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1000  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 
1161 aa  400  1e-110  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4248  ATP-binding region ATPase domain protein  34.74 
 
 
1196 aa  397  1e-109  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1031  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.88 
 
 
1131 aa  395  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.768055  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1216  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 
1194 aa  395  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.469894 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2080  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  34.05 
 
 
1158 aa  393  1e-107  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.264996 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1960  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.2 
 
 
1680 aa  393  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529564  normal  0.0344276 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3354  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 
1189 aa  381  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.426502  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3211  bacteriophytochrome-like protein  30.44 
 
 
842 aa  381  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.880007  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0287  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 
1160 aa  375  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5629  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.94 
 
 
2010 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.117507 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.78 
 
 
1271 aa  372  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.152151  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5390  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.85 
 
 
1195 aa  368  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.596605  hitchhiker  0.00757911 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2112  Cache sensor hybrid histidine kinase  34.17 
 
 
1361 aa  368  1e-100  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1555  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.46 
 
 
1172 aa  359  2e-97  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0698206 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2473  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.63 
 
 
1792 aa  352  2e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.443525 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0551  PAS  30.43 
 
 
1026 aa  350  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.425664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0484  multi-sensor histidine kinase  27.88 
 
 
1255 aa  328  5e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.908962 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1722  histidine kinase  34.04 
 
 
1361 aa  313  1e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.169999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2495  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 
1362 aa  308  3e-82  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2940  PAS  29.54 
 
 
1353 aa  292  3e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.32 
 
 
1374 aa  290  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3493  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.72 
 
 
1782 aa  289  2e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0298684  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3548  GAF sensor hybrid histidine kinase  40.82 
 
 
1942 aa  280  2e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2208  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.67 
 
 
823 aa  279  2e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.73393 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5091  GAF sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
1479 aa  277  7e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.493325  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 
970 aa  277  8e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0249  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.9 
 
 
484 aa  277  1e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4122  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.46 
 
 
1853 aa  276  2e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  30.71 
 
 
823 aa  275  3e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2644  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
1303 aa  275  4e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.229306  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02212  Signal transduction histidine kinase  30.35 
 
 
1054 aa  274  8e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.7 
 
 
1548 aa  273  1e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4276  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.21 
 
 
1847 aa  273  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4253  GAF sensor hybrid histidine kinase  42.21 
 
 
1843 aa  273  1e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0185  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 
1214 aa  273  1e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.467777  normal  0.706209 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2805  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.03 
 
 
927 aa  272  3e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3876  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 
1022 aa  272  4e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 
1363 aa  271  5e-71  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2159  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.59 
 
 
796 aa  269  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.758044 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00475  two-component system sensor histidine kinase-response regulator hybridprotein  26.8 
 
 
1364 aa  269  3e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.679058  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0144  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.45 
 
 
1119 aa  268  6e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3764  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.78 
 
 
917 aa  268  7e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.432635  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3446  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
791 aa  267  8e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.285515  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.99 
 
 
1158 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0401  sensor histidine kinase/response regulator  38.77 
 
 
1392 aa  265  5e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4165  sensory box histidine kinase/response regulator  26.41 
 
 
1683 aa  264  8e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.418603  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0286  GAF sensor hybrid histidine kinase  37.31 
 
 
1406 aa  264  1e-68  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1943  GAF sensor hybrid histidine kinase  43.31 
 
 
1468 aa  263  1e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6993  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.63 
 
 
1159 aa  263  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.922616  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
977 aa  262  3e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1267  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 
916 aa  262  4e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.09 
 
 
738 aa  261  5e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.78 
 
 
1313 aa  260  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2480  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
846 aa  260  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.21222e-08 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>