More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3619 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 158 aa  313  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4190  transcription elongation factor GreA  86.08 
 
 		 158 aa  275  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.164972  normal  0.859247 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4500  transcription elongation factor GreA  85.44 
 
 		 158 aa  274  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0768  transcription elongation factor GreA  86.08 
 
 		 158 aa  271  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0478497  normal  0.0969826 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  81.65 
 
 		 158 aa  265  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4722  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 160 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4588  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 160 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4723  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 160 aa  259  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0710  transcription elongation factor GreA  79.75 
 
 		 160 aa  258  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0264242 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 158 aa  257  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  80.38 
 
 		 158 aa  257  4e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  67.09 
 
 		 158 aa  217  7e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0997  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 		 158 aa  214  2.9999999999999998e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00368773  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  67.72 
 
 		 158 aa  213  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  67.09 
 
 		 160 aa  212  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  64.56 
 
 		 158 aa  208  2e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  63.92 
 
 		 158 aa  207  5e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  63.92 
 
 		 158 aa  206  1e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  63.92 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  63.29 
 
 		 158 aa  203  7e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 159 aa  203  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1115  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.179374  hitchhiker  0.000000000961411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3294  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00887513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3252  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0358868  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3430  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  202  2e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.910726  hitchhiker  0.000543609 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  60.76 
 
 		 158 aa  199  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  63.29 
 
 		 158 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  61.39 
 
 		 158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  62.58 
 
 		 158 aa  198  3e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  64.71 
 
 		 153 aa  197  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 		 158 aa  197  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 158 aa  197  6e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 158 aa  197  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  62.66 
 
 		 157 aa  196  7e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  59.24 
 
 		 158 aa  196  9e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  62.66 
 
 		 159 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 158 aa  196  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  62.03 
 
 		 157 aa  195  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 158 aa  194  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  194  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  59.12 
 
 		 159 aa  194  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  62.66 
 
 		 158 aa  194  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  63.4 
 
 		 153 aa  194  6e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  58.86 
 
 		 158 aa  193  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  59.49 
 
 		 159 aa  192  1e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  60.78 
 
 		 153 aa  192  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  60.65 
 
 		 158 aa  192  1e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  60.65 
 
 		 158 aa  191  3e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  60 
 
 		 158 aa  190  8e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  60.13 
 
 		 158 aa  189  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  60.51 
 
 		 158 aa  187  5.999999999999999e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 158 aa  186  8e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 		 160 aa  185  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  54.43 
 
 		 158 aa  185  2e-46  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0589  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 157 aa  184  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00434692  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 158 aa  184  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 158 aa  184  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 158 aa  184  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  183  7e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  61.69 
 
 		 158 aa  183  7e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  56.96 
 
 		 158 aa  183  9e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0163  transcription elongation factor GreA  61.39 
 
 		 158 aa  180  8.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000328888  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  56.33 
 
 		 158 aa  179  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 172 aa  177  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  177  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  54.43 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  53.8 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  53.21 
 
 		 158 aa  174  3e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>