More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3612 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3612  triosephosphate isomerase  100 
 
 
251 aa  492  1e-138  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4494  triosephosphate isomerase  71.71 
 
 
251 aa  364  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.321001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5468  triosephosphate isomerase  74.9 
 
 
251 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.50496  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62830  triosephosphate isomerase  74.9 
 
 
251 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4716  triosephosphate isomerase  71.31 
 
 
251 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4715  triosephosphate isomerase  70.92 
 
 
251 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151784  hitchhiker  0.00871946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4581  triosephosphate isomerase  70.92 
 
 
251 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.299699  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4184  triosephosphate isomerase  72.11 
 
 
251 aa  361  5e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0717  triosephosphate isomerase  69.72 
 
 
251 aa  361  6e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.119458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0775  triosephosphate isomerase  71.31 
 
 
251 aa  358  4e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354266  normal  0.0202698 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0984  Triose-phosphate isomerase  58 
 
 
253 aa  269  3e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.356329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2566  triosephosphate isomerase  54.58 
 
 
250 aa  259  3e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.566971  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0706  triosephosphate isomerase  57.74 
 
 
255 aa  256  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.423457  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0947  triosephosphate isomerase  59.04 
 
 
249 aa  256  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144972  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0815  triosephosphate isomerase  51 
 
 
253 aa  249  4e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  2.44559e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2199  triosephosphate isomerase  52 
 
 
250 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468925  normal  0.243836 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0103  triosephosphate isomerase  51.6 
 
 
256 aa  244  9e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1089  triosephosphate isomerase  54.37 
 
 
253 aa  243  2e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1124  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.21721e-05  unclonable  5.28037e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3421  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  8.76569e-08  decreased coverage  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3284  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  3.71764e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2838  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  243  3e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  8.4878e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0674  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 
250 aa  243  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.260735  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3243  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  243  3e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  2.57421e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0986  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  242  3e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  1.92621e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1003  triosephosphate isomerase  47.66 
 
 
260 aa  241  7e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0343606  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1026  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  241  8e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.72651e-05  hitchhiker  5.21404e-05 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0169  triosephosphate isomerase  50.79 
 
 
255 aa  241  8e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.543601  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1087  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  241  8e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00059681  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1200  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  241  8e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1022  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  241  8e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  1.78614e-07  hitchhiker  0.000431545 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1966  triosephosphate isomerase  51.59 
 
 
256 aa  241  9e-63  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  8.20066e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0154  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
255 aa  241  9e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2831  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  241  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  4.2953e-06  hitchhiker  0.00389109 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0957  triosephosphate isomerase  47.27 
 
 
260 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0345759  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3064  triosephosphate isomerase  46.88 
 
 
260 aa  239  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.37173e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3808  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 
255 aa  239  3e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.102844  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01285  triosephosphate isomerase  53.09 
 
 
251 aa  239  3e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.300976  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2833  triosephosphate isomerase  54.73 
 
 
251 aa  238  6e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.091999  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3565  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 
260 aa  238  6e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147919  hitchhiker  4.96067e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3393  triosephosphate isomerase  46.09 
 
 
260 aa  238  6e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.64415e-05  hitchhiker  0.0003141 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1023  Triose-phosphate isomerase  48.4 
 
 
249 aa  237  1e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00613564  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0925  triosephosphate isomerase  54.03 
 
 
245 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0737109  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1621  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 
255 aa  234  1e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0703383  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4412  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 
255 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0292909  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4297  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 
255 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4327  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 
255 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4480  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 
255 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.975487  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4410  triosephosphate isomerase  48.8 
 
 
255 aa  233  2e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.909919  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0542  triosephosphate isomerase  50.81 
 
 
271 aa  233  2e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0959  triosephosphate isomerase  54.29 
 
 
245 aa  233  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138148  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1520  triosephosphate isomerase  52.03 
 
 
272 aa  232  5e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0128427  decreased coverage  8.34169e-05 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1401  triosephosphate isomerase  54.55 
 
 
251 aa  231  8e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0615206  normal  0.829458 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4118  triosephosphate isomerase  49.19 
 
 
255 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0096  triosephosphate isomerase  49.19 
 
 
255 aa  231  1e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0095  triosephosphate isomerase  49.19 
 
 
255 aa  231  1e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4359  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.626096 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4150  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4099  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4399  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4066  Triose-phosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03753  hypothetical protein  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4453  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03804  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5374  triosephosphate isomerase  48 
 
 
255 aa  229  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1767  triosephosphate isomerase  51.2 
 
 
249 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.91306  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1140  triosephosphate isomerase  57.6 
 
 
248 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.766646  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1893  triosephosphate isomerase  53.82 
 
 
248 aa  226  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0274896  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1591  triosephosphate isomerase  48.16 
 
 
255 aa  225  5e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4052  triosephosphate isomerase  48.4 
 
 
255 aa  225  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2216  triosephosphate isomerase  53.6 
 
 
248 aa  224  7e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.596842 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2064  triosephosphate isomerase  53.17 
 
 
248 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0168982  normal  0.648241 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4805  triosephosphate isomerase  48.37 
 
 
255 aa  223  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000667098 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0169  triosephosphate isomerase  43.82 
 
 
256 aa  223  2e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1499  Triose-phosphate isomerase  53.01 
 
 
248 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0165539 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1574  triosephosphate isomerase  45.97 
 
 
249 aa  222  5e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0183532  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2059  triosephosphate isomerase  46.25 
 
 
251 aa  219  3e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  1.60979e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001760  triosephosphate isomerase  48.56 
 
 
256 aa  218  8e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2717  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 
246 aa  216  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0490631  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3448  triosephosphate isomerase  44.84 
 
 
256 aa  215  5e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49910  triosephosphate isomerase  51.2 
 
 
246 aa  214  1e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.258147  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2707  triosephosphate isomerase  46.99 
 
 
249 aa  213  3e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1972  triosephosphate isomerase  50.6 
 
 
250 aa  213  3e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0120273 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2838  triosephosphate isomerase  47.41 
 
 
249 aa  213  3e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2064  triosephosphate isomerase  46.8 
 
 
250 aa  212  6e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2243  triosephosphate isomerase  49.17 
 
 
265 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0238  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 
249 aa  210  2e-53  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00709  triosephosphate isomerase  47.92 
 
 
250 aa  210  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0283  triosephosphate isomerase  47.3 
 
 
256 aa  209  4e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0267  triosephosphate isomerase  45.78 
 
 
249 aa  208  6e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1341  triosephosphate isomerase  51.6 
 
 
259 aa  208  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000463974  normal  0.0307092 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1026  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 
251 aa  208  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00133267  normal  0.306303 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_54738  isomerase triosephosphate isomerase  44.98 
 
 
268 aa  208  7e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0597298  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3216  triosephosphate isomerase  51.6 
 
 
258 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00012954  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3352  Triose-phosphate isomerase  47.2 
 
 
252 aa  208  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1333  triosephosphate isomerase  46.18 
 
 
252 aa  207  1e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.54673e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5579  triosephosphate isomerase  49.8 
 
 
251 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000123744  normal  0.0751441 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2280  triosephosphate isomerase  49.2 
 
 
253 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815023  normal  0.394565 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2049  triosephosphate isomerase  48.02 
 
 
257 aa  205  5e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1287  triosephosphate isomerase  50.4 
 
 
266 aa  205  5e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>