More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3510 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3510  scaffold protein  100 
 
 
128 aa  264  4e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.7882  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1238  scaffold protein  96.88 
 
 
128 aa  259  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0843  scaffold protein  96.09 
 
 
128 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1424  iron-binding protein IscU  96.88 
 
 
128 aa  258  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0873  scaffold protein  96.09 
 
 
128 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0886  scaffold protein  96.09 
 
 
128 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272267  hitchhiker  0.000151152 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4335  scaffold protein  95.31 
 
 
128 aa  257  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.258722  hitchhiker  0.00000000135167 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4611  scaffold protein  95.31 
 
 
128 aa  256  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0619086  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40390  scaffold protein  92.19 
 
 
128 aa  251  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.960049  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1300  scaffold protein  93.75 
 
 
128 aa  250  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.129436  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14740  scaffold protein  93.75 
 
 
128 aa  250  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1488  FeS cluster assembly scaffold IscU  85.71 
 
 
134 aa  229  1e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.000147326  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2058  FeS cluster assembly scaffold IscU  84.92 
 
 
135 aa  228  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.110723  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1105  FeS cluster assembly scaffold IscU  80.95 
 
 
128 aa  225  1e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0168211  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0434  scaffold protein  81.45 
 
 
128 aa  225  2e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00163571 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1277  scaffold protein  81.45 
 
 
128 aa  225  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0307655  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2750  FeS cluster assembly scaffold IscU  79.53 
 
 
128 aa  225  2e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101913  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1169  scaffold protein  81.45 
 
 
128 aa  225  2e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.310149  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1165  scaffold protein  83.46 
 
 
128 aa  223  6e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0089491  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3626  scaffold protein  82.26 
 
 
128 aa  223  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.284747  normal  0.811196 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1457  FeS cluster assembly scaffold IscU  83.33 
 
 
135 aa  222  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1059  scaffold protein  83.06 
 
 
133 aa  220  6e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.446364  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0823  FeS cluster assembly scaffold IscU  81.75 
 
 
143 aa  220  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0640926  normal  0.782754 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1554  scaffold protein  81.75 
 
 
137 aa  220  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115759  normal  0.0775897 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0674  FeS cluster assembly scaffold protein IscU  81.75 
 
 
143 aa  220  6e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.589513  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2578  scaffold protein  81.75 
 
 
138 aa  219  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.115419  hitchhiker  0.00110358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1951  scaffold protein  83.33 
 
 
127 aa  219  8e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000468917  normal  0.344726 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0831  FeS cluster assembly scaffold IscU  80.16 
 
 
133 aa  219  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.728943  normal  0.471167 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1020  scaffold protein  81.75 
 
 
133 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.154036  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1639  FeS cluster assembly scaffold IscU  82.68 
 
 
133 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  82.68 
 
 
133 aa  218  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760622 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1443  scaffold protein  77.95 
 
 
148 aa  218  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0899521  normal  0.0121231 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3030  scaffold protein  79.2 
 
 
128 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1245  scaffold protein  79.2 
 
 
128 aa  218  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969333  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1026  scaffold protein  82.26 
 
 
133 aa  217  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00834233  normal  0.269597 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3998  FeS cluster assembly scaffold IscU  80.16 
 
 
132 aa  216  6e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0455021  hitchhiker  0.00958668 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0282  scaffold protein  78.4 
 
 
127 aa  216  6e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0278  scaffold protein  80.65 
 
 
127 aa  217  6e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00334373  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2444  FeS cluster assembly scaffold IscU  79.84 
 
 
132 aa  216  8.999999999999998e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.463921  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1876  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  216  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.473661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01056  scaffold protein  79.84 
 
 
127 aa  215  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2143  FeS cluster assembly scaffold IscU  81.89 
 
 
139 aa  216  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26628  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0885  scaffold protein  80.16 
 
 
133 aa  215  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.541754  normal  0.110729 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0950  scaffold protein  80.16 
 
 
133 aa  215  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.850633  normal  0.0311736 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02421  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1139  FeS cluster assembly scaffold IscU  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2680  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.955816  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02385  hypothetical protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1361  FeS cluster assembly scaffold IscU  82.4 
 
 
142 aa  214  2e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1148  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0205414  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2682  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.490649  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5431  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  214  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.113721  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2035  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  215  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.710086  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3761  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000663009  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2142  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  214  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.615742 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5952  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  214  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2814  scaffold protein  78.4 
 
 
128 aa  215  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0170927  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2162  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  215  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.789596  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2125  scaffold protein  81.45 
 
 
135 aa  214  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0638  scaffold protein  78.74 
 
 
153 aa  214  2.9999999999999998e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.537627  normal  0.371482 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0248  scaffold protein  80.31 
 
 
139 aa  214  2.9999999999999998e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004359  iron-sulfur cluster assembly scaffold protein IscU  79.03 
 
 
127 aa  214  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.901074  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1568  scaffold protein  79.84 
 
 
150 aa  214  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.497766 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0807  scaffold protein  79.37 
 
 
133 aa  214  4e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00121678  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2179  scaffold protein  82.4 
 
 
128 aa  214  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000106692  normal  0.337771 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3104  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.653609  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1707  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2916  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.592762  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2732  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2289  scaffold protein  79.69 
 
 
133 aa  213  5e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0320081  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2697  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0698092  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2741  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.484705  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2178  scaffold protein  80 
 
 
132 aa  213  5e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00857387  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2654  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.978602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2216  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2804  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2782  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.427031  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2598  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0662204  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1488  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  5e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.719074  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1145  scaffold protein  80.65 
 
 
135 aa  213  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108874  normal  0.133708 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3026  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  213  9e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.050274  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0470  FeS cluster assembly scaffold IscU  81.45 
 
 
128 aa  213  9e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0220387  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2261  (Fe-S) cluster formation/repair protein  80.31 
 
 
138 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.516044 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1492  FeS cluster assembly scaffold IscU  81.45 
 
 
128 aa  213  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1294  scaffold protein  76.19 
 
 
127 aa  212  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.691863  normal  0.0125117 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2204  scaffold protein  81.45 
 
 
127 aa  213  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00285299  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2374  FeS cluster assembly scaffold IscU  78.57 
 
 
133 aa  212  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.161574  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1630  scaffold protein  75.78 
 
 
130 aa  212  9.999999999999999e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00319481  hitchhiker  0.000018396 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2904  scaffold protein  77.6 
 
 
128 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.146516  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0718  scaffold protein  78.23 
 
 
125 aa  211  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1133  scaffold protein  76 
 
 
127 aa  211  3.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1657  scaffold protein  78.23 
 
 
128 aa  211  3.9999999999999995e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.269786  hitchhiker  0.00054209 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2316  scaffold protein  77.42 
 
 
127 aa  210  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.624311  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1478  scaffold protein  78.23 
 
 
128 aa  210  5.999999999999999e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.671651  hitchhiker  0.00720513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2423  scaffold protein  75.4 
 
 
127 aa  209  7e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1777  scaffold protein  76.8 
 
 
127 aa  209  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000033 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0628  scaffold protein  76.98 
 
 
153 aa  209  1e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0619  scaffold protein  76.98 
 
 
153 aa  209  1e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0593  scaffold protein  76.19 
 
 
153 aa  208  2e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3061  scaffold protein  76 
 
 
130 aa  208  2e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.969828  unclonable  0.000000668017 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>