225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3378 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3378  LamB/YcsF family protein  100 
 
 		 249 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.544199  normal  0.571628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1405  LamB/YcsF family protein  73.2 
 
 		 250 aa  387  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3877  LamB/YcsF family protein  72.06 
 
 		 259 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.441072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4098  LamB/YcsF family protein  72.06 
 
 		 259 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.152851  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4577  LamB/YcsF family protein  72.47 
 
 		 258 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.701806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1312  LamB/YcsF family protein  72.47 
 
 		 258 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37270  LamB/YcsF family protein  74.8 
 
 		 247 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000305457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1029  LamB/YcsF family protein  71.6 
 
 		 250 aa  359  2e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3199  LamB/YcsF family protein  74.8 
 
 		 247 aa  359  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5125  hypothetical protein  61.07 
 
 		 251 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.702011  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58540  hypothetical protein  60.82 
 
 		 251 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.27032  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12450  hypothetical protein  60.16 
 
 		 250 aa  301  7.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.858403  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0807  hypothetical protein  58.7 
 
 		 247 aa  296  2e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1829  LamB/YcsF family protein  52.7 
 
 		 242 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.548363  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0361  LamB/YcsF family protein  53.69 
 
 		 256 aa  278  5e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.135278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0716  LamB/YcsF family protein  54.81 
 
 		 246 aa  273  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0495612  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1983  LamB/YcsF family protein  55.23 
 
 		 241 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05795  LamB/YcsF family protein  50.2 
 
 		 251 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1497  LamB/YcsF family protein  56.49 
 
 		 246 aa  263  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.910801  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000162  lactam utilization protein LAMB  48.97 
 
 		 251 aa  255  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.078695  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1436  LamB/YcsF family protein  48.55 
 
 		 246 aa  250  2e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3547  LamB/YcsF family protein  48.76 
 
 		 243 aa  239  4e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01080  LamB/YcsF family protein  49.18 
 
 		 245 aa  234  7e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1736  LamB/YcsF family protein  44.54 
 
 		 242 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.220202 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5851  LamB/YcsF family protein  48.35 
 
 		 254 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0177  LamB/YcsF family protein  45.08 
 
 		 252 aa  215  5.9999999999999996e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0592  LamB/YcsF family protein  48.37 
 
 		 264 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0413581  normal  0.62944 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0708  LamB/YcsF family protein  45.31 
 
 		 258 aa  211  5.999999999999999e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00425486  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0497  LamB/YcsF family protein  48.09 
 
 		 254 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1269  LamB/YcsF family protein  41.39 
 
 		 255 aa  212  5.999999999999999e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7092  hypothetical protein  49.79 
 
 		 251 aa  211  7.999999999999999e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.105335  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3294  LamB/YcsF family protein  46.94 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1526  LamB/YcsF family protein  40.24 
 
 		 255 aa  210  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1712  LamB/YcsF family protein  40.24 
 
 		 255 aa  209  3e-53  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  decreased coverage  0.00394761  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3392  LamB/YcsF family protein  46.72 
 
 		 253 aa  209  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0612122 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0320  LamB/YcsF family protein  49.59 
 
 		 257 aa  209  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1899  LamB/YcsF family protein  39.43 
 
 		 255 aa  207  9e-53  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5378  LamB/YcsF family protein  43.78 
 
 		 256 aa  206  3e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05397  hypothetical protein  44.21 
 
 		 260 aa  204  8e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.491165 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0608  LamB/YcsF family protein  44.67 
 
 		 253 aa  204  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.329744  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3119  LamB/YcsF family protein  40 
 
 		 253 aa  202  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19260  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  46.52 
 
 		 255 aa  202  4e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1143  LamB/YcsF family protein  43.09 
 
 		 257 aa  202  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.395519  normal  0.256013 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0541  LamB/YcsF family protein  46.06 
 
 		 249 aa  202  4e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2198  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 		 250 aa  202  5e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.929247  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3118  LamB/YcsF family protein  39.59 
 
 		 253 aa  201  6e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000358938  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2847  LamB/YcsF family protein  40.42 
 
 		 253 aa  201  9e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2808  LamB/YcsF family protein  39.02 
 
 		 253 aa  201  9e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1970  LamB/YcsF family protein  43.9 
 
 		 254 aa  201  9e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.149579  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2872  LamB/YcsF family protein  39.58 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3513  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 		 251 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.655915 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0173  LamB/YcsF family protein  43.37 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1948  LamB/YcsF family protein  41.39 
 
 		 251 aa  199  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000410312  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3100  LamB/YcsF family protein  39.58 
 
 		 253 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0099  LamB/YcsF family protein  44 
 
 		 254 aa  199  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0180068 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3086  LamB/YcsF family protein  39.59 
 
 		 253 aa  198  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.621895  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2074  LamB/YcsF family protein  40.16 
 
 		 250 aa  198  7e-50  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.910264  normal  0.628028 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2880  LamB/YcsF family protein  39.17 
 
 		 253 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.178795  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3095  LamB/YcsF family protein  39.17 
 
 		 253 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0519  LamB/YcsF family protein  45.64 
 
 		 256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2060  LamB/YcsF family protein  41.67 
 
 		 252 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.284201  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2338  LamB/YcsF family protein  44.94 
 
 		 256 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0093  LamB/YcsF family protein  43.91 
 
 		 252 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4134  LamB/YcsF family protein  41.87 
 
 		 257 aa  196  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.607272 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0313  LamB/YcsF family protein  44.4 
 
 		 249 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1503  LamB/YcsF family protein  45.23 
 
 		 255 aa  195  5.000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0456158 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2150  LamB/YcsF family protein  39.58 
 
 		 253 aa  195  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1828  LamB/YcsF family protein  43.44 
 
 		 250 aa  195  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.365387  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2401  LamB/YcsF family protein  45.71 
 
 		 258 aa  195  6e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2272  LamB/YcsF family protein  43.57 
 
 		 255 aa  195  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1168  LamB/YcsF family protein  38.84 
 
 		 252 aa  194  2e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.810933  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1696  LamB/YcsF family protein  39.26 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00400  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  44.08 
 
 		 252 aa  193  2e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.736442 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1662  LamB/YcsF family protein  39.26 
 
 		 250 aa  193  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2042  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 		 255 aa  192  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1594  LamB/YcsF family protein  39.34 
 
 		 256 aa  192  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1958  LamB/YcsF family protein  46.75 
 
 		 252 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.289074  hitchhiker  0.00226482 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3454  LamB/YcsF family protein  41.53 
 
 		 256 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2973  LamB/YcsF family protein  45.23 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0191185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5728  LamB/YcsF family protein  42.04 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.536045  normal  0.717107 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3426  LamB/YcsF family protein  41.06 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.864417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3099  LamB/YcsF family protein  41.13 
 
 		 256 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.489969 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01950  uncharacterized lactam utilization protein B-like protein  42.26 
 
 		 255 aa  189  5e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.581711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0545  LamB/YcsF family protein  41.32 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000543397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0089  LamB/YcsF family protein  42.74 
 
 		 246 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0380957  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2622  LamB/YcsF family protein  43.32 
 
 		 255 aa  185  7e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.180431 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0476  LamB/YcsF family protein  45.53 
 
 		 260 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.26266  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2169  LamB/YcsF family protein  42.28 
 
 		 247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.514078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0083  LamB/YcsF family protein  45.93 
 
 		 304 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2956  LamB/YcsF family protein  40.65 
 
 		 254 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0374  LamB/YcsF family protein  42.8 
 
 		 274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.336565 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1972  LamB/YcsF family protein  41.87 
 
 		 256 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2043  LamB/YcsF family protein  40.24 
 
 		 256 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.815905 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0021  hypothetical protein  43.72 
 
 		 241 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312119 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2372  LamB/YcsF family protein  41.06 
 
 		 247 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.839401 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0064  LamB/YcsF family protein  41.42 
 
 		 246 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2834  LamB/YcsF family protein  41.22 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886287  normal  0.829022 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4727  LamB/YcsF family protein  42.5 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.812327  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5112  LamB/YcsF family protein  42.5 
 
 		 254 aa  180  2e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.267702 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0096  LamB/YcsF family protein  43.62 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000523388 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>