More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3363 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3363  OmpA/MotB domain-containing protein  100 
 
 
261 aa  531  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4115  OmpA/MotB domain-containing protein  89.11 
 
 
262 aa  473  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4220  OmpA/MotB domain-containing protein  87.94 
 
 
263 aa  468  1e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.956448  normal  0.667838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1502  OmpA/MotB domain protein  87.55 
 
 
263 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0641332  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1107  OmpA/MotB domain-containing protein  85.6 
 
 
263 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1506  ompA family protein  73.64 
 
 
260 aa  391  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1316  OmpA/MotB  72.48 
 
 
260 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1066  OmpA/MotB  74.33 
 
 
264 aa  370  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.207381 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1446  outer membrane protein  67.83 
 
 
261 aa  345  4e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16630  putative outer membrane protein, OmpA  67.83 
 
 
261 aa  345  6e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0638477  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48650  OmpA/MotB family protein  60.82 
 
 
261 aa  301  5e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4592  OmpA/MotB domain-containing protein  40.7 
 
 
296 aa  194  1e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2042  OmpA/MotB  41.7 
 
 
286 aa  166  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1782  OmpA/MotB domain-containing protein  39.15 
 
 
288 aa  155  5e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.33592e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26560  putative outer membrane protein precursor  39 
 
 
269 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.304401  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2254  outer membrane protein  39 
 
 
269 aa  153  3e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.374257  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2702  OmpA/MotB domain-containing protein  38.31 
 
 
270 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.248823  normal  0.0593962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2189  ompA family protein  37.35 
 
 
271 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1999  OmpA/MotB  35.41 
 
 
271 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.411511  normal  0.0868919 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0244  outer membrane protein  49.08 
 
 
331 aa  140  2e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.930623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4198  OmpA/MotB domain protein  35.06 
 
 
270 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1655  OmpA/MotB domain-containing protein  35.06 
 
 
270 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4113  OmpA/MotB  35.46 
 
 
270 aa  138  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.264738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3770  OmpA/MotB domain-containing protein  35.08 
 
 
270 aa  137  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578444  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15220  outer membrane protein, OmpA/MotB family  36.58 
 
 
270 aa  134  2e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3522  OmpA/MotB domain-containing protein  34.27 
 
 
270 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1973  OmpA/MotB domain-containing protein  32.97 
 
 
311 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1422  OmpA/MotB domain-containing protein  51.43 
 
 
210 aa  112  7e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0642505  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2092  OmpF family protein  52.38 
 
 
327 aa  110  2e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0207533  normal  0.0999951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2299  outer membrane porin OprF  49.52 
 
 
344 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  unclonable  3.00566e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4193  OmpA/MotB family outer membrane protein  44.78 
 
 
248 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23330  major outer membrane porin OprF  49.52 
 
 
351 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0169824  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  48.62 
 
 
218 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4325  OmpA/MotB domain protein  44.03 
 
 
206 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4347  OmpA/MotB domain protein  43.28 
 
 
206 aa  106  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0546  OmpA/MotB domain-containing protein  43.08 
 
 
205 aa  106  4e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.42623 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3949  OmpA/MotB family outer membrane protein  46.22 
 
 
407 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.243665  normal  0.26275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1221  OmpA/MotB  48.72 
 
 
240 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2821  OmpA/MotB domain-containing protein  40.44 
 
 
236 aa  105  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1607  OmpF family protein  48.57 
 
 
345 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  2.81488e-06  decreased coverage  1.76342e-11 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2097  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  48.57 
 
 
344 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  1.82424e-07  decreased coverage  0.00163672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3529  outer membrane protein OprF precursor  49.52 
 
 
350 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0341835  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41570  major porin and structural outer membrane porin OprF precursor  49.52 
 
 
350 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  4.84221e-11  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2089  OmpF family protein  47.62 
 
 
344 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437855  normal  0.0407434 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3651  OmpF family protein  47.62 
 
 
344 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  3.49757e-05  normal  0.525566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1600  OmpF family protein  47.62 
 
 
344 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  5.17848e-08  decreased coverage  0.00289016 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0217  outer membrane protein, porin F precursor  38.69 
 
 
669 aa  102  5e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3975  OmpA/MotB domain protein  41.96 
 
 
1026 aa  102  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0116692  normal  0.107099 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1777  OmpF  47.62 
 
 
344 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000465517  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000499  outer membrane protein A precursor  48.11 
 
 
330 aa  101  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  4.10155e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  38.62 
 
 
223 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  45.83 
 
 
218 aa  99  6e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3482  OmpA/MotB family outer membrane protein  49.51 
 
 
217 aa  99  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  1.10424e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1338  OmpA family protein  41.01 
 
 
229 aa  99  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1901  OmpA/MotB domain protein  44 
 
 
335 aa  99  7e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  2.8398e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1016  OmpA/MotB domain protein  49.51 
 
 
217 aa  99  8e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.64743e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003729  outer membrane protein  47.52 
 
 
222 aa  98.6  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113552  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1423  OmpA/MotB domain-containing protein  49.14 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0509995  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0763  OmpA/MotB domain-containing protein  44.64 
 
 
189 aa  97.8  1e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  6.7511e-10  unclonable  1.30394e-19 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2190  OmpA/MotB domain-containing protein  48.51 
 
 
217 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000129773  normal  0.4125 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06262  hypothetical protein  47.17 
 
 
334 aa  97.8  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3309  OmpA/MotB  39.42 
 
 
226 aa  96.7  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3025  OmpA/MotB domain protein  41.35 
 
 
208 aa  96.7  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.970815  normal  0.30495 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0934  OmpA/MotB domain-containing protein  43.24 
 
 
217 aa  97.1  3e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  7.29955e-07  hitchhiker  1.73865e-07 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  42.11 
 
 
224 aa  96.3  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.06819e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0858  OmpA/MotB domain-containing protein  48.08 
 
 
214 aa  96.3  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  6.45517e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1157  OmpA/MotB domain-containing protein  47.12 
 
 
506 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.729214 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4333  OmpA/MotB domain-containing protein  44.12 
 
 
454 aa  95.9  5e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.20866e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0181  OmpA/MotB domain protein  38.41 
 
 
263 aa  96.3  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.833655  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0439  OmpA/MotB domain protein  42.11 
 
 
225 aa  95.9  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02060  hypothetical protein  54.22 
 
 
219 aa  95.9  6e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0282  OmpA/MotB domain protein  38.24 
 
 
230 aa  95.9  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000802819  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1570  OmpA/MotB domain-containing protein  48.15 
 
 
498 aa  95.5  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00583575 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0127  OmpA/MotB domain protein  42.86 
 
 
364 aa  95.9  7e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4718  OmpA/MotB domain-containing protein  44.95 
 
 
219 aa  95.1  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.790715 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0360  OmpA domain-containing protein  41.32 
 
 
429 aa  95.1  9e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00108723  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0857  ompA family protein  47.52 
 
 
261 aa  95.1  9e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1167  OmpA family protein  38.69 
 
 
243 aa  95.1  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146962  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0342  thrombospondin type 3 repeat-containing OmpA/MotB protein  45.19 
 
 
447 aa  94.7  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.85785e-13  hitchhiker  3.89536e-20 
 
 
-
 
NC_004310  BR1204  OmpA family protein  38.69 
 
 
220 aa  94.7  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4115  OmpA/MotB domain protein  40 
 
 
525 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0753  outer membrane protein, OmpA family  42.65 
 
 
222 aa  94.4  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1731  OmpA/MotB domain protein  40.68 
 
 
623 aa  94  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.134193  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3974  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0164  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1671  OmpA/MotB domain-containing protein  38.85 
 
 
229 aa  94.4  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03353  hypothetical protein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4033  OmpA/MotB domain protein  45.63 
 
 
374 aa  94  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.659004  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004183  outer membrane protein A precursor  44.86 
 
 
320 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4928  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2067  OmpA/MotB domain protein  50.49 
 
 
216 aa  94.4  2e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.697357  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03402  predicted outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0160  OmpA/MotB domain protein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1713  outer membrane protein  41.44 
 
 
631 aa  94.4  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0180372  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4047  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3753  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1240  OmpA/MotB domain protein  42.73 
 
 
434 aa  94  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000641372  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3873  putative outer membrane lipoprotein  40.15 
 
 
219 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0711  ompA family protein  46.08 
 
 
215 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0433789  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1059  ompA family protein  46.08 
 
 
215 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>