More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3213 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3213  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  587  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.772963  normal  0.565798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2937  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 318 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1979  LysR family transcriptional regulator  67.24 
 
 		 318 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00673932 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 309 aa  232  4.0000000000000004e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1988  LysR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3202  transcriptional regulator, LysR family  44.01 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3528  transcriptional regulator, LysR family  43.15 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0086237 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2577  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 315 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0997  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 315 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2721  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 322 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3334  transcription regulator protein  43.66 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5666  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.381574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5492  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 300 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.28545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4790  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 328 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2989  transcriptional regulator, LysR family  41.4 
 
 		 299 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0878749 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3810  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 299 aa  205  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.418833  hitchhiker  0.00695796 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4581  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4697  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 299 aa  202  6e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.990453 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2728  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4175  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 299 aa  199  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.825344  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0649  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  198  7.999999999999999e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.550389  normal  0.33789 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0921  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1459  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.761246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1637  transcriptional regulator, LysR family  44.6 
 
 		 298 aa  194  2e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0972264 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5772  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 299 aa  193  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.189164  normal  0.699702 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3145  transcriptional regulator LysR family  38.49 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.813565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0511  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 293 aa  181  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02817  transcriptional regulator LysR family  38.06 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 325 aa  159  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0127  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1559  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 152 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1363  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 152 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.290883  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0798  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.748427  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1512  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.607249  normal  0.542943 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.31 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  32.63 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  29.86 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 290 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0412  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.744171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 292 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4767  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 291 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  25.09 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5632  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.090076  normal  0.419487 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1517  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000000321062  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  29.58 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4478  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.515823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 315 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3661  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0821537  normal  0.180517 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3855  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0669759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6115  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.48 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1119  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2175  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.823288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>