More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3209 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  625  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  48.62 
 
 		 298 aa  249  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 297 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.78 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  46.76 
 
 		 321 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  46.91 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 297 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 297 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  46.5 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  45.99 
 
 		 297 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 297 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 297 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  46.9 
 
 		 298 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 297 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  44.16 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 292 aa  212  5.999999999999999e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  192  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  36.46 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  170  2e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 345 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  33.11 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  37.33 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.72 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.88 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.88 
 
 		 304 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 330 aa  155  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.33 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 300 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 329 aa  154  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.74 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.55 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 333 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 316 aa  152  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>