More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3150 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  100 
 
 
249 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  84.68 
 
 
236 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  80.58 
 
 
240 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  84.32 
 
 
236 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000474992  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  74.37 
 
 
247 aa  357  8e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  74.68 
 
 
244 aa  354  7.999999999999999e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  73.11 
 
 
247 aa  350  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  72.88 
 
 
232 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  72.46 
 
 
232 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  72.46 
 
 
232 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  74.78 
 
 
239 aa  339  2.9999999999999998e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  71.61 
 
 
232 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  72.17 
 
 
238 aa  327  7e-89  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  72.17 
 
 
238 aa  326  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  69.66 
 
 
239 aa  324  6e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  70.21 
 
 
238 aa  324  8.000000000000001e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000815382  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  61.95 
 
 
234 aa  268  7e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  51.29 
 
 
232 aa  236  3e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 
244 aa  235  6e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  52.4 
 
 
234 aa  234  8e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000299191  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  51.72 
 
 
237 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  51.09 
 
 
237 aa  232  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 
235 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  51.42 
 
 
246 aa  229  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  53.28 
 
 
237 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 
235 aa  229  4e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  50 
 
 
238 aa  226  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  52.16 
 
 
235 aa  227  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 
236 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000459632 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
236 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
236 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  51.3 
 
 
229 aa  223  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  53.54 
 
 
235 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
242 aa  223  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  0.0000173858 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  50.64 
 
 
236 aa  222  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
242 aa  222  4e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  48.09 
 
 
237 aa  221  9e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000189871  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  47.66 
 
 
237 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  50.85 
 
 
252 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.84 
 
 
229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  52.65 
 
 
235 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
237 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
245 aa  219  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000542446  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  50.64 
 
 
236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.49 
 
 
248 aa  218  5e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  47.11 
 
 
236 aa  218  5e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  0.0000582863 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 
262 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
231 aa  218  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  45.73 
 
 
234 aa  218  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
237 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000676378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.86 
 
 
237 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000200523  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
237 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  47.86 
 
 
237 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000471824  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.41 
 
 
234 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 
234 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 
234 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  47.41 
 
 
234 aa  216  2e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
237 aa  216  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000199702  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.27 
 
 
247 aa  216  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  47.86 
 
 
236 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  47.44 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000324706  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000126315  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 
237 aa  215  5e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 
236 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  46.32 
 
 
234 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45.89 
 
 
234 aa  214  8e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  47.92 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  47.33 
 
 
245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  49.59 
 
 
245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2275  DNA-binding transcriptional regulator RstA  47.33 
 
 
245 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2590  DNA-binding transcriptional regulator RstA  47.46 
 
 
253 aa  212  4.9999999999999996e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1032  response regulator  47.41 
 
 
232 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0894814  normal  0.523068 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  48.02 
 
 
228 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000001291  hitchhiker  0.0000698043 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4408  two component transcriptional regulator  48.46 
 
 
242 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0763742 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  210  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.42 
 
 
251 aa  209  3e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  53.54 
 
 
233 aa  209  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  49.57 
 
 
243 aa  208  6e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  53.3 
 
 
233 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3065  DNA-binding response regulator  45.49 
 
 
237 aa  206  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00140102  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 
245 aa  206  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 
241 aa  205  6e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  48.94 
 
 
241 aa  205  6e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0934  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 
240 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.273948  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2259  response regulator protein  49.79 
 
 
288 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.625515  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
234 aa  205  7e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1019  DNA-binding response regulator  49.79 
 
 
240 aa  205  7e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.79357  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  50 
 
 
234 aa  204  8e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1739  DNA-binding response regulator  49.14 
 
 
240 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.203383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  51.98 
 
 
233 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  51.54 
 
 
279 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_003296  RS01694  two component response regulator transcription regulator protein  49.78 
 
 
259 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>