More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3099 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
309 aa  619  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  70.16 
 
 
306 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  69.84 
 
 
306 aa  415  1e-115  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  60.4 
 
 
302 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  59.4 
 
 
302 aa  362  6e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  59.4 
 
 
302 aa  362  6e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  59.4 
 
 
302 aa  361  8e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  358  7e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 
299 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 
299 aa  353  3e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 
299 aa  353  3e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 
299 aa  353  3e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  56.71 
 
 
299 aa  353  3e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  57 
 
 
302 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  57.38 
 
 
302 aa  348  6e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  56.38 
 
 
305 aa  346  3e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.48 
 
 
317 aa  345  4e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  56.38 
 
 
302 aa  345  5e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  57.88 
 
 
300 aa  344  9e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  56 
 
 
302 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  57.39 
 
 
300 aa  342  5e-93  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  59.59 
 
 
294 aa  341  8e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
301 aa  337  2e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 
302 aa  337  2e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  54 
 
 
302 aa  335  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  52.13 
 
 
320 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  54.33 
 
 
309 aa  322  5e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 
307 aa  318  5e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 
307 aa  318  7e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  49.84 
 
 
307 aa  318  9e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  48.85 
 
 
307 aa  313  2e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  50.17 
 
 
335 aa  313  3e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 
320 aa  313  3e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  48.87 
 
 
314 aa  312  4e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 
314 aa  312  4e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 
314 aa  312  5e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 
314 aa  312  6e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
296 aa  283  2e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
299 aa  259  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 
305 aa  258  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 
304 aa  255  5e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  41.75 
 
 
295 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
297 aa  244  2e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
299 aa  235  8e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
309 aa  223  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
303 aa  222  5e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 
306 aa  220  2e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 
335 aa  216  3e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.96 
 
 
295 aa  216  3e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
293 aa  214  1e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
307 aa  214  2e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
300 aa  213  3e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 
300 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
302 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  42.09 
 
 
306 aa  207  3e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
299 aa  206  3e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
296 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 
322 aa  206  4e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
313 aa  205  7e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.06 
 
 
305 aa  205  8e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  39.14 
 
 
306 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 
307 aa  203  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
303 aa  204  2e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  42.62 
 
 
305 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
298 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3843  transcriptional regulator, LysR family  41.44 
 
 
348 aa  203  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.49 
 
 
302 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
322 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.45 
 
 
304 aa  202  5e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
298 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
299 aa  201  1e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
302 aa  201  1e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 
304 aa  201  2e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.58 
 
 
307 aa  200  2e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
298 aa  201  2e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.57 
 
 
299 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
298 aa  199  4e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
313 aa  198  8e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 
299 aa  197  1e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
303 aa  198  1e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
297 aa  197  1e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  37.7 
 
 
309 aa  197  2e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
298 aa  197  2e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
301 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
304 aa  196  5e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3332  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
307 aa  196  6e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0789426  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 
308 aa  195  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
301 aa  195  7e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
310 aa  194  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6395  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
306 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.158228 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.86 
 
 
303 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 
327 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6020  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 
310 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.691555  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2745  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
310 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5886  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
306 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.437235  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
295 aa  193  3e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  38.3 
 
 
289 aa  193  3e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5522  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
306 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0758082  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>