More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3021 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3021  peptidase M23B  100 
 
 
293 aa  585  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000191073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17470  hypothetical protein  64.63 
 
 
297 aa  347  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1564  lipoprotein NlpD, putative  62.24 
 
 
288 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1373  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  60.75 
 
 
288 aa  337  9.999999999999999e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.142196  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1176  peptidase M23B  58.84 
 
 
285 aa  325  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.534318  normal  0.430733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1516  hypothetical protein  64.44 
 
 
307 aa  321  8e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1622  peptidase M23B  62.45 
 
 
262 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.248121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4155  peptidase M23B  61.45 
 
 
262 aa  309  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647334  normal  0.0748574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4053  peptidase M23B  58.7 
 
 
285 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000777294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1131  peptidase M23B  56.38 
 
 
293 aa  301  6.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38690  lipoprotein NlpD  62.26 
 
 
284 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2522  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  42.77 
 
 
304 aa  215  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000138444  normal  0.0361265 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0792  peptidase M23B  45.49 
 
 
257 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.814248  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0929  peptidase M23B  47.88 
 
 
261 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3426  lipoprotein NlpD  42.37 
 
 
327 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0796777  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3294  lipoprotein NlpD  42.37 
 
 
327 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0959  lipoprotein NlpD  43.39 
 
 
327 aa  204  1e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3213  lipoprotein NlpD  44.7 
 
 
374 aa  204  1e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1252  lipoprotein NlpD  46.77 
 
 
260 aa  203  3e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18696  normal  0.0631891 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3234  lipoprotein NlpD  43.94 
 
 
377 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3131  lipoprotein NlpD  43.94 
 
 
377 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.143103 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3114  lipoprotein NlpD  43.94 
 
 
377 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.378129  normal  0.89385 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3050  lipoprotein NlpD  43.94 
 
 
377 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3075  lipoprotein NlpD  43.94 
 
 
377 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567477  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002515  membrane protein  39.27 
 
 
307 aa  202  6e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1502  lipoprotein B  43.83 
 
 
290 aa  200  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.176009  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1206  lipoprotein NLPD/LppB-like protein  49.4 
 
 
268 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.630097 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1836  Peptidase M23  45.75 
 
 
315 aa  198  9e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.117063  normal  0.29408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3059  peptidase M23B  44 
 
 
318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.430429  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1845  peptidase M23B  48.09 
 
 
296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.736133  normal  0.104174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0871  Peptidase M23  42.11 
 
 
401 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2577  peptidase M23B  46.58 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0480337  hitchhiker  0.00120984 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02592  predicted outer membrane lipoprotein  43.58 
 
 
379 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3132  lipoprotein NlpD  43.58 
 
 
363 aa  196  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2880  lipoprotein NlpD  43.58 
 
 
379 aa  196  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.704845  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02557  hypothetical protein  43.58 
 
 
379 aa  196  3e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0970  lipoprotein NlpD  43.58 
 
 
379 aa  196  3e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.957286  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3043  lipoprotein NlpD  43.58 
 
 
379 aa  196  3e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3120  peptidase M23B  37.13 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3272  peptidase M23B  37.13 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0831  lipoprotein NlpD  46.48 
 
 
328 aa  196  5.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0680895 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0497  peptidase M23B  43.73 
 
 
360 aa  195  7e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5027  peptidase M23B  42.81 
 
 
292 aa  195  7e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1244  Peptidase M23  37.13 
 
 
298 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000297961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03726  hypothetical lipoprotein NlpD  39.52 
 
 
289 aa  195  9e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03518  hypothetical protein  37.5 
 
 
307 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1212  peptidase M23B  42.06 
 
 
310 aa  194  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3129  peptidase M23B  37.13 
 
 
298 aa  195  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.365869  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1799  Peptidase M23  43 
 
 
298 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129139  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0676  peptidase M23B  37.84 
 
 
285 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208838  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1452  peptidase M23B  44.48 
 
 
292 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.212696 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2351  putative lipoprotein/metalloendopeptidase  45.49 
 
 
311 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0718469  normal  0.0896324 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0946  Peptidase M23  40.54 
 
 
379 aa  192  4e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0564272  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2867  lipoprotein NlpD  40.54 
 
 
379 aa  192  4e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3993  lipoprotein NlpD  40.54 
 
 
363 aa  192  5e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1050  Peptidase M23  47.83 
 
 
275 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.515696  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1142  Peptidase M23  44.62 
 
 
274 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.405042 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0330  peptidoglycan-specific endopeptidase, M23 family  41.88 
 
 
230 aa  190  2e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3506  lipoprotein NlpD  44.14 
 
 
345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1732  peptidase M23  44.36 
 
 
295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0850817  normal  0.0853785 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1862  putative lipoprotein NlpD  41.88 
 
 
230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0061  lipoprotein NlpD  39.13 
 
 
311 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1254  peptidase  44.4 
 
 
317 aa  189  5.999999999999999e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.174583 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3863  peptidase M23B  39.68 
 
 
272 aa  189  7e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.826682  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6258  peptidase M23B  45.59 
 
 
296 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271245  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1416  peptidase M23B  46.81 
 
 
299 aa  188  8e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1821  peptidase M23B  45.59 
 
 
296 aa  188  8e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.361225  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1355  lipoprotein NlpD, putative  42.46 
 
 
298 aa  188  9e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.209854  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2366  peptidase  42.46 
 
 
292 aa  187  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.417341  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1845  putative lipoprotein NlpD  42.46 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.362158  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1117  putative lipoprotein NlpD  42.46 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0052  putative lipoprotein NlpD  42.46 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1826  peptidase M23B  42.24 
 
 
333 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0261154  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2237  M23 family peptidase  42.46 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2199  M23 family peptidase  42.46 
 
 
296 aa  188  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.577669  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65030  hypothetical protein  48.42 
 
 
231 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.195389  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1162  peptidase M23B  42.31 
 
 
303 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.465665  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3343  peptidase M23B  41.25 
 
 
298 aa  187  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0875471  unclonable  0.00000001454 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1078  putative lipoprotein NlpD  37.19 
 
 
283 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2780  peptidase M23B  40.34 
 
 
292 aa  186  3e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.139555  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1307  peptidase M23B  44.49 
 
 
265 aa  186  5e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.654603 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2096  peptidoglycan-binding LysM:peptidase M23B  43.17 
 
 
287 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5650  hypothetical protein  44.92 
 
 
231 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0961  peptidase M23B  45.42 
 
 
312 aa  185  6e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1435  Peptidase M23  47.48 
 
 
265 aa  185  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0922892  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1759  peptidase M23B  43.73 
 
 
295 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.125432  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1297  peptidase M23B  41.4 
 
 
270 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0650361  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1082  Peptidase M23  42.63 
 
 
303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.103445  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5122  peptidase M23B  41.67 
 
 
294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00948111  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0299  peptidase M23B  40.22 
 
 
249 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000319427 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2116  peptidase M23B  42.37 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.046362  normal  0.381161 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1461  Peptidase M23  47.6 
 
 
261 aa  183  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3349  lipoprotein NlpD  43.92 
 
 
344 aa  183  3e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0164165  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1203  peptidase M23B  36.28 
 
 
311 aa  182  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000304892  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0837  peptidoglycan-binding protein LysM  39.32 
 
 
309 aa  181  2e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.239144  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1122  peptidase M23B  40.15 
 
 
298 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1193  peptidase M23B  40.15 
 
 
298 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.8562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00162  lipoprotein  47.6 
 
 
263 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.989449  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1228  peptidase M23  46.61 
 
 
230 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2225  lipoprotein NlpD, putative  47.21 
 
 
292 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.483803  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>