More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3003 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 387 aa  781    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  78.29 
 
 		 387 aa  620  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0940  diguanylate phosphodiesterase  28.82 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1819  diguanylate phosphodiesterase  29.04 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 		 428 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 		 428 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 		 428 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 		 428 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  31.14 
 
 		 428 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  31.14 
 
 		 428 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  32.58 
 
 		 423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2691  diguanylate phosphodiesterase  24.8 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4039  EAL-domain-containing protein  23.79 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.508038  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4203  EAL-domain-containing protein  23.79 
 
 		 398 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.379621  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3899  EAL-domain-containing protein  23.79 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3731  EAL-domain-containing protein  23.79 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3747  EAL-domain-containing protein  23.79 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4006  EAL-domain protein  23.79 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4111  EAL-domain protein  23.79 
 
 		 405 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1146  EAL-domain protein  23.45 
 
 		 405 aa  126  7e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4094  EAL-domain protein  23.45 
 
 		 405 aa  126  7e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3818  diguanylate phosphodiesterase  23.5 
 
 		 405 aa  125  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.91 
 
 		 239 aa  125  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.01 
 
 		 464 aa  124  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  32.01 
 
 		 464 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  28.72 
 
 		 427 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  32.01 
 
 		 515 aa  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  26.84 
 
 		 428 aa  122  9e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  28.61 
 
 		 441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  31.53 
 
 		 429 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.74 
 
 		 413 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  28.46 
 
 		 411 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  28.9 
 
 		 426 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003067  hypothetical protein  35.04 
 
 		 818 aa  117  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000138455  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  32.38 
 
 		 425 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  29.44 
 
 		 424 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  32.09 
 
 		 422 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.51 
 
 		 581 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0731  diguanylate phosphodiesterase  31.33 
 
 		 263 aa  114  3e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  35.09 
 
 		 584 aa  114  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.17 
 
 		 773 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  33.77 
 
 		 584 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4505  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  33.48 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.660376  normal  0.902865 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.65 
 
 		 780 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.21 
 
 		 583 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  34.94 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  28.32 
 
 		 429 aa  110  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 584 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.53 
 
 		 590 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.77 
 
 		 583 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 585 aa  110  6e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.63 
 
 		 734 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 585 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 585 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  30.05 
 
 		 431 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.53 
 
 		 585 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 		 584 aa  109  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  29.09 
 
 		 396 aa  109  1e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 		 367 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.24 
 
 		 580 aa  108  1e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 777 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 379 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.4 
 
 		 584 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  30.57 
 
 		 246 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.51 
 
 		 800 aa  108  2e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 		 596 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  30.57 
 
 		 246 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02776  hypothetical protein  32 
 
 		 814 aa  108  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  37.44 
 
 		 582 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  27.85 
 
 		 424 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  28.13 
 
 		 422 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.91 
 
 		 753 aa  107  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.75 
 
 		 797 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  28.13 
 
 		 422 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  28.13 
 
 		 424 aa  107  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  27.91 
 
 		 414 aa  106  7e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  27.88 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 424 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  28.21 
 
 		 426 aa  106  7e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  35.56 
 
 		 306 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.31 
 
 		 883 aa  106  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  27.62 
 
 		 424 aa  106  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  28.8 
 
 		 428 aa  106  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 424 aa  106  8e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36 
 
 		 590 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  35.56 
 
 		 590 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.38 
 
 		 710 aa  105  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7611  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 671 aa  105  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.837679  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  27.11 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  35.81 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.84 
 
 		 601 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  28.93 
 
 		 446 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  27.88 
 
 		 424 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.04 
 
 		 340 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  27.88 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2766  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.81 
 
 		 782 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.793665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  27.3 
 
 		 436 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0228  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.25 
 
 		 653 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  27.53 
 
 		 426 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>