More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2970 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 546 aa  1121    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  44.87 
 
 		 551 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  44.51 
 
 		 547 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  44.22 
 
 		 554 aa  512  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  43.41 
 
 		 551 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 554 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 554 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  43.88 
 
 		 555 aa  511  1e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  43.88 
 
 		 551 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  44.95 
 
 		 554 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  44.77 
 
 		 554 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  44.59 
 
 		 554 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 555 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  44.77 
 
 		 554 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  45.2 
 
 		 546 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  44.4 
 
 		 554 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  43.3 
 
 		 555 aa  507  9.999999999999999e-143  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  43.49 
 
 		 575 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  43.53 
 
 		 551 aa  498  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  42.51 
 
 		 559 aa  496  1e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  44.77 
 
 		 554 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  47.18 
 
 		 555 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  46.81 
 
 		 555 aa  490  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  46.73 
 
 		 555 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  46.84 
 
 		 563 aa  483  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  44.97 
 
 		 551 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.3 
 
 		 563 aa  466  9.999999999999999e-131  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  42.44 
 
 		 547 aa  464  1e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  41.79 
 
 		 558 aa  449  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.21 
 
 		 563 aa  443  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.05 
 
 		 563 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  40.49 
 
 		 547 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  45.81 
 
 		 559 aa  433  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  44.19 
 
 		 566 aa  431  1e-119  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  42.78 
 
 		 560 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  42.83 
 
 		 598 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  42.83 
 
 		 598 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  37.64 
 
 		 555 aa  407  1.0000000000000001e-112  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  42.5 
 
 		 553 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  42.65 
 
 		 553 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  37.27 
 
 		 555 aa  404  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 607 aa  318  2e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  33 
 
 		 610 aa  313  3.9999999999999997e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 609 aa  312  1e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 610 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 610 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 596 aa  305  1.0000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  31.58 
 
 		 607 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 610 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.96 
 
 		 610 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.71 
 
 		 626 aa  292  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 602 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 592 aa  281  1e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  30.4 
 
 		 590 aa  281  2e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 623 aa  281  2e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  31.29 
 
 		 590 aa  279  8e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  32.15 
 
 		 588 aa  278  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 602 aa  277  3e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  32.11 
 
 		 601 aa  277  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  32.11 
 
 		 601 aa  277  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 604 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 605 aa  276  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 		 604 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 605 aa  276  9e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 633 aa  276  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.12 
 
 		 633 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  31.36 
 
 		 649 aa  274  3e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3509  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 599 aa  273  6e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.889293  normal  0.0246515 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 620 aa  273  8.000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 612 aa  272  1e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 617 aa  272  1e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3277  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 599 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  30.88 
 
 		 592 aa  270  5e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 604 aa  270  5e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 603 aa  270  5e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 597 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 601 aa  270  5.9999999999999995e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.249968 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3549  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 602 aa  270  7e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.821705  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.49 
 
 		 618 aa  269  1e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 601 aa  268  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  29.68 
 
 		 596 aa  267  4e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 610 aa  266  8e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 592 aa  266  8e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.43 
 
 		 597 aa  266  8e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0779  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 614 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.546194  hitchhiker  0.00265448 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1305  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 593 aa  264  3e-69  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0273141  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.28 
 
 		 602 aa  263  4.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 		 599 aa  263  8.999999999999999e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0220  AMP-binding protein  34.27 
 
 		 580 aa  261  2e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 601 aa  262  2e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 613 aa  261  2e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.5 
 
 		 602 aa  261  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3623  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 596 aa  260  4e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 609 aa  260  4e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0397  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 580 aa  260  5.0000000000000005e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0363657  normal  0.232299 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 		 592 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  31.68 
 
 		 611 aa  259  7e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  30 
 
 		 602 aa  259  9e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  29.26 
 
 		 610 aa  259  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 603 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>