More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2953 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 357 aa  720    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 345 aa  501  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  72.78 
 
 		 340 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  71.47 
 
 		 341 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  68.5 
 
 		 346 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1538  AraC family transcriptional regulator  71.01 
 
 		 346 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.38751 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  69.36 
 
 		 346 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  69.19 
 
 		 361 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  67.05 
 
 		 346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3757  helix-turn-helix domain-containing protein  70.06 
 
 		 352 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  41.74 
 
 		 360 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  40.24 
 
 		 348 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  31.61 
 
 		 339 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  31.61 
 
 		 339 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 344 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 341 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 353 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 337 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 341 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 338 aa  127  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2972  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 364 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.183535 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5539  AraC family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 364 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 334 aa  126  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 353 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  30.9 
 
 		 346 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3011  AraC family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.476287  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  28.4 
 
 		 345 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  31.12 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1277  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 		 366 aa  123  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4237  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 331 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.339126  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 337 aa  122  8e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0034  helix-turn-helix domain-containing protein  32.52 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.131953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 336 aa  122  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 353 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 345 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 358 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49150  transcriptional regulator  32.25 
 
 		 333 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000236586 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 345 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 333 aa  119  7.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 340 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.73 
 
 		 335 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 330 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2680  AraC family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0847825  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 360 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1372  transcriptional regulator, AraC family  24.78 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0658306  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 355 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 356 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1593  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 		 335 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1196  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 336 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  29 
 
 		 345 aa  113  5e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  24.56 
 
 		 335 aa  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 347 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7549  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 389 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.532052 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 347 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31480  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 361 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.263324  hitchhiker  0.0000037216 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3897  transcriptional regulator, AraC family  29.69 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70290  putative transcriptional regulator  26.71 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3760  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 356 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0904423  normal  0.271559 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 360 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6100  putative transcriptional regulator  25.75 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.177134  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1917  AraC family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 343 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 357 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  27 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  24.26 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.7 
 
 		 347 aa  110  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 352 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  29.52 
 
 		 330 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  24.68 
 
 		 359 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5500  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 343 aa  108  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.57 
 
 		 348 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  29.76 
 
 		 354 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 366 aa  107  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 343 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5670  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.661826  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  26.61 
 
 		 343 aa  106  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 344 aa  106  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  27.24 
 
 		 345 aa  105  8e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1224  AraC family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.517703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 344 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 339 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 330 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2200  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 347 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1344  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1336  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  103  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2222  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 345 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844007  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>