More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2893 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  68.56 
 
 		 607 aa  823    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  69.2 
 
 		 590 aa  829    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  65.23 
 
 		 604 aa  811    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  71.55 
 
 		 598 aa  861    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  68.2 
 
 		 589 aa  795    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  67.17 
 
 		 592 aa  830    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  68.17 
 
 		 602 aa  832    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  68.54 
 
 		 591 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  68.24 
 
 		 594 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  68.03 
 
 		 591 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  69.72 
 
 		 601 aa  836    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  69.23 
 
 		 607 aa  831    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  55.39 
 
 		 602 aa  637    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1740  hypothetical protein  54.53 
 
 		 596 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.407057 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  68.51 
 
 		 597 aa  831    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  68.34 
 
 		 595 aa  827    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  68.37 
 
 		 591 aa  813    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  68.9 
 
 		 594 aa  835    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  68.87 
 
 		 604 aa  837    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  69.2 
 
 		 590 aa  832    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  69.2 
 
 		 590 aa  829    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  74.79 
 
 		 596 aa  896    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  68.65 
 
 		 602 aa  830    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  68.88 
 
 		 589 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  69.93 
 
 		 593 aa  843    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  76.12 
 
 		 599 aa  934    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  68.03 
 
 		 589 aa  808    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  69.57 
 
 		 596 aa  837    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  65.89 
 
 		 599 aa  813    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  66.28 
 
 		 611 aa  801    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  65.95 
 
 		 611 aa  800    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  68.24 
 
 		 592 aa  832    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1454  oxaloacetate decarboxylase  66.67 
 
 		 690 aa  801    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.583175  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  67.98 
 
 		 603 aa  824    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  68.54 
 
 		 589 aa  812    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  68.46 
 
 		 594 aa  815    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  65.79 
 
 		 611 aa  790    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  68.54 
 
 		 588 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  64.34 
 
 		 605 aa  787    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  68.37 
 
 		 589 aa  809    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2799  oxaloacetate decarboxylase  66.56 
 
 		 690 aa  801    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.29172 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  68.78 
 
 		 608 aa  829    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  68.71 
 
 		 589 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  68.45 
 
 		 599 aa  825    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  67.67 
 
 		 604 aa  814    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  68.9 
 
 		 607 aa  832    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  76.94 
 
 		 595 aa  933    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 		 592 aa  1202    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  69.18 
 
 		 606 aa  833    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  54.8 
 
 		 602 aa  628  1e-179  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  55.12 
 
 		 602 aa  628  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  53.44 
 
 		 602 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  54.06 
 
 		 602 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  53.9 
 
 		 602 aa  622  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  53.59 
 
 		 599 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  51.05 
 
 		 617 aa  624  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  53.36 
 
 		 607 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  53.44 
 
 		 602 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  53.44 
 
 		 602 aa  624  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  53.19 
 
 		 607 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  50.08 
 
 		 609 aa  615  9.999999999999999e-175  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  53.76 
 
 		 604 aa  613  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  52.85 
 
 		 602 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  50.32 
 
 		 615 aa  599  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  51.32 
 
 		 608 aa  598  1e-169  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  53.08 
 
 		 567 aa  595  1e-168  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  52.82 
 
 		 569 aa  592  1e-168  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  52.82 
 
 		 569 aa  593  1e-168  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  51.88 
 
 		 568 aa  591  1e-167  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  52.82 
 
 		 569 aa  590  1e-167  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  48.75 
 
 		 596 aa  568  1e-160  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  48.75 
 
 		 596 aa  568  1e-160  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  50.26 
 
 		 567 aa  557  1e-157  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  55.04 
 
 		 510 aa  546  1e-154  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  47.7 
 
 		 571 aa  543  1e-153  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  56 
 
 		 465 aa  543  1e-153  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  46.11 
 
 		 573 aa  539  9.999999999999999e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  45 
 
 		 616 aa  539  9.999999999999999e-153  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  55.8 
 
 		 465 aa  537  1e-151  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  43.93 
 
 		 634 aa  526  1e-148  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  46.77 
 
 		 577 aa  526  1e-148  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  48.41 
 
 		 582 aa  526  1e-148  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  45.38 
 
 		 584 aa  520  1e-146  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  44.98 
 
 		 587 aa  520  1e-146  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  44.95 
 
 		 582 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  41.88 
 
 		 633 aa  517  1.0000000000000001e-145  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3026  oxaloacetate decarboxylase  51.1 
 
 		 520 aa  515  1.0000000000000001e-145  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.444345 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  44.01 
 
 		 582 aa  513  1e-144  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  54.22 
 
 		 499 aa  514  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  54.22 
 
 		 499 aa  514  1e-144  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  53.57 
 
 		 463 aa  509  1e-143  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  45.07 
 
 		 614 aa  510  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  45.41 
 
 		 579 aa  511  1e-143  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  44.5 
 
 		 624 aa  507  9.999999999999999e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  46.52 
 
 		 577 aa  507  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  50.31 
 
 		 475 aa  504  1e-141  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2433  oxaloacetate decarboxylase  53.08 
 
 		 470 aa  499  1e-140  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  44.86 
 
 		 618 aa  496  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0558  pyruvate carboxylase subunit B  43.35 
 
 		 636 aa  494  9.999999999999999e-139  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0745803  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1247  oxaloacetate decarboxylase  52.86 
 
 		 517 aa  494  9.999999999999999e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.48272  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>