More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2827 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
470 aa  937    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  75 
 
 
451 aa  682    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  76.37 
 
 
471 aa  708    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3459  helix-turn-helix, Fis-type  75.37 
 
 
471 aa  707    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  74.57 
 
 
451 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  79.36 
 
 
463 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  74.57 
 
 
451 aa  679    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  80.38 
 
 
470 aa  737    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  75.85 
 
 
458 aa  690    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  80.21 
 
 
473 aa  739    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1999  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  62.42 
 
 
481 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  55.39 
 
 
497 aa  514  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.93 
 
 
447 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  57.08 
 
 
469 aa  512  1e-144  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02891  flagellar regulatory protein C  57.02 
 
 
445 aa  509  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  56.09 
 
 
479 aa  500  1e-140  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.31 
 
 
448 aa  500  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  54.72 
 
 
478 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  56.69 
 
 
469 aa  497  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1435  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  58.35 
 
 
447 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.45 
 
 
446 aa  488  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2938  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.35 
 
 
447 aa  488  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3070  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.1 
 
 
447 aa  487  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.6792 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2928  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  58.13 
 
 
447 aa  486  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  57.02 
 
 
446 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  57.02 
 
 
446 aa  488  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1616  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.82 
 
 
452 aa  487  1e-136  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.9 
 
 
446 aa  485  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  55.82 
 
 
447 aa  479  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.885668  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.37 
 
 
446 aa  481  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1444  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.02 
 
 
459 aa  476  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  56.25 
 
 
452 aa  477  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1500  flagellar regulatory protein C  52.81 
 
 
446 aa  474  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  55.39 
 
 
446 aa  474  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1322  sigma-54 factor, interaction region  55.39 
 
 
446 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  56.18 
 
 
473 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  55.31 
 
 
457 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  56.08 
 
 
449 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1359  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.66 
 
 
450 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.594792  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  53.03 
 
 
437 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  52.15 
 
 
437 aa  463  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  54.98 
 
 
455 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  53.03 
 
 
449 aa  427  1e-118  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  47.2 
 
 
444 aa  376  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  46.24 
 
 
443 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  53.79 
 
 
469 aa  359  5e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4419  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.83 
 
 
469 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.475055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0079  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 
433 aa  352  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.819278  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3478  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.5 
 
 
436 aa  348  9e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.37 
 
 
433 aa  348  1e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3222  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.24 
 
 
447 aa  345  8.999999999999999e-94  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0905113 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  51.18 
 
 
434 aa  345  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0085  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
435 aa  344  2e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0500  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
476 aa  342  9e-93  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.72 
 
 
478 aa  342  1e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  49.57 
 
 
342 aa  339  5.9999999999999996e-92  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.57 
 
 
342 aa  339  5.9999999999999996e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0629  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.28 
 
 
342 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3076  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.52 
 
 
454 aa  336  3.9999999999999995e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.92 
 
 
473 aa  336  3.9999999999999995e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0437  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.36 
 
 
490 aa  336  5e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
473 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.3 
 
 
473 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.46 
 
 
451 aa  336  5.999999999999999e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2678  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.61 
 
 
457 aa  335  9e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.94 
 
 
476 aa  333  5e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0753  sigma-54 dependent response regulator  44.09 
 
 
387 aa  332  6e-90  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.15 
 
 
486 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.7 
 
 
447 aa  330  3e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1397  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
458 aa  330  3e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.17 
 
 
470 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.47 
 
 
461 aa  330  4e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.83 
 
 
477 aa  329  7e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0027  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  40.89 
 
 
455 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0797  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.41 
 
 
472 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.241811  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0029  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.89 
 
 
455 aa  328  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.59486  normal  0.125276 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  40.26 
 
 
461 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.26 
 
 
461 aa  327  3e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  40.26 
 
 
461 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.26 
 
 
461 aa  327  3e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  40.69 
 
 
461 aa  326  4.0000000000000003e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1698  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.83 
 
 
457 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000740904 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2521  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.15 
 
 
457 aa  326  5e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.1 
 
 
495 aa  326  5e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0320  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.71 
 
 
385 aa  326  6e-88  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0085  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
452 aa  325  7e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1179  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.34 
 
 
457 aa  325  9e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.655382  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.21 
 
 
472 aa  324  2e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.46 
 
 
453 aa  324  2e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.86 
 
 
451 aa  324  2e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.7 
 
 
456 aa  323  3e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0827  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  43.82 
 
 
460 aa  323  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.158461 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3296  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
486 aa  324  3e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.533211  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.49 
 
 
466 aa  323  4e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.21 
 
 
485 aa  323  4e-87  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0790  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 
466 aa  323  5e-87  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.47 
 
 
463 aa  323  5e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.08 
 
 
457 aa  323  5e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.6 
 
 
455 aa  322  6e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1655  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.92 
 
 
462 aa  322  8e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000025661  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>