70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2606 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 64 aa  131  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  65.62 
 
 		 64 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  65.62 
 
 		 61 aa  91.7  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  62.5 
 
 		 61 aa  89.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  62.5 
 
 		 61 aa  89  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  53.12 
 
 		 65 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1821  Cbb3-type cytochrome oxidase component  59.38 
 
 		 61 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.780429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3415  Cbb3-type cytochrome oxidase component  58.73 
 
 		 63 aa  77  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.98935  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3822  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 65 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337063  normal  0.946608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  64.58 
 
 		 63 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  62.5 
 
 		 59 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  64.58 
 
 		 63 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2002  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  57.14 
 
 		 63 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  60.38 
 
 		 54 aa  71.2  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.56 
 
 		 55 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.14 
 
 		 55 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1616  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  50 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0826042  normal  0.0408065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4252  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  50 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  55.17 
 
 		 57 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  52.73 
 
 		 58 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.6 
 
 		 58 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.6 
 
 		 58 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.6 
 
 		 58 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  56.6 
 
 		 58 aa  65.5  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3818  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  50 
 
 		 64 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.849382  normal  0.922881 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  61.7 
 
 		 58 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.1 
 
 		 58 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  58.18 
 
 		 53 aa  64.7  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.1 
 
 		 58 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02301  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  52.83 
 
 		 57 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.1 
 
 		 58 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1825  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  46.67 
 
 		 65 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  55.1 
 
 		 58 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.1 
 
 		 58 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  52.83 
 
 		 57 aa  64.3  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.77 
 
 		 58 aa  63.9  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.14 
 
 		 58 aa  62.8  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2423  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.56 
 
 		 55 aa  62.4  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000524605  hitchhiker  0.0000560228 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3571  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  51.56 
 
 		 63 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  60 
 
 		 61 aa  62  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  53.33 
 
 		 47 aa  59.7  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48.94 
 
 		 60 aa  59.3  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  54.72 
 
 		 57 aa  58.2  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  42.19 
 
 		 75 aa  58.2  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1880  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.27 
 
 		 63 aa  57.8  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.38 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  53.33 
 
 		 48 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  51.11 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.86 
 
 		 58 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0776  cytochrome C, oxidase component  45 
 
 		 59 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.91259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.14 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010068 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0782  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.83 
 
 		 59 aa  50.8  0.000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.288371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2476  hypothetical protein  41.07 
 
 		 56 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.232324  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  44.44 
 
 		 54 aa  50.4  0.000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 45 aa  50.1  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1086  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.529543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1002  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  48.5  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2820  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 46 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.110643  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 45 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48.89 
 
 		 45 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0937  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.67 
 
 		 63 aa  47  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.965722 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0633  Cbb3-type cytochrome oxidase component  64.29 
 
 		 60 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1278  putative signal peptide protein  37.7 
 
 		 60 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.687203 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1993  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  48.89 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0455  hypothetical protein  48.65 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1106  conserved hypothetical signal peptide protein  32.79 
 
 		 60 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0675956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2042  cytochrome c oxidase subunit  35.19 
 
 		 55 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0208839  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1199  putative signal peptide protein  32.79 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1746  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 60 aa  40.4  0.007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477761 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1361  hypothetical protein  45.95 
 
 		 55 aa  40.4  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.281945 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>