53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2488 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2488  hypothetical protein  100 
 
 		 237 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101842 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2687  hypothetical protein  44.64 
 
 		 230 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3005  hypothetical protein  45.92 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.660261  normal  0.0479294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3747  hypothetical protein  43.35 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.831367  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0162  hypothetical protein  42.21 
 
 		 245 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.88805  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5177  hypothetical protein  41.85 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0361  hypothetical protein  40.79 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3056  hypothetical protein  42.42 
 
 		 243 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3808  RNA polymerase sigma-70 family protein  40.85 
 
 		 248 aa  129  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178048  normal  0.362907 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1269  hypothetical protein  40.34 
 
 		 249 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000174467 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0972  hypothetical protein  34.18 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.221303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1718  hypothetical protein  39.08 
 
 		 242 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.202927 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0400  uncharacterized protein-like protein  30 
 
 		 238 aa  83.2  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7563  hypothetical protein  34.89 
 
 		 234 aa  78.6  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.434123  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3548  hypothetical protein  33.19 
 
 		 230 aa  76.3  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5507  uncharacterized protein-like protein  33.9 
 
 		 229 aa  72.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.250869 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1332  hypothetical protein  31.82 
 
 		 234 aa  72.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4360  hypothetical protein  28.76 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4493  hypothetical protein  28.76 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129044 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6587  hypothetical protein  26.89 
 
 		 244 aa  67  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0308609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4227  hypothetical protein  23.4 
 
 		 294 aa  64.3  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0088  hypothetical protein  27.07 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1295  hypothetical protein  26.97 
 
 		 237 aa  62.8  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.785718  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1695  hypothetical protein  25.99 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0461  hypothetical protein  28.39 
 
 		 240 aa  62  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4013  uncharacterized protein-like protein  31.06 
 
 		 234 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0859661 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2172  hypothetical protein  28.95 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.196397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1097  hypothetical protein  28.46 
 
 		 254 aa  59.3  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2576  putative transmembrane protein  28.95 
 
 		 239 aa  58.9  0.00000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.245443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4257  uncharacterized protein-like protein  28.91 
 
 		 259 aa  58.5  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2635  hypothetical protein  26.29 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.352315  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1647  hypothetical protein  26.75 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.042207  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1085  putative transmembrane protein  27.13 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0888  hypothetical protein  27.69 
 
 		 260 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3889  uncharacterized protein-like protein  27.84 
 
 		 259 aa  57.4  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.725868  normal  0.210735 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0073  hypothetical protein  26.64 
 
 		 239 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0271234 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3537  hypothetical protein  31.65 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.440642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3920  uncharacterized protein-like protein  32.44 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00106031  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2362  hypothetical protein  28.12 
 
 		 239 aa  55.8  0.0000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0649  hypothetical protein  29.74 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1137  hypothetical protein  26.91 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5200  hypothetical protein  34.48 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3590  hypothetical protein  27.43 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.080762  normal  0.394996 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3668  hypothetical protein  27.2 
 
 		 299 aa  53.5  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3908  hypothetical protein  27.97 
 
 		 302 aa  52.8  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0132845  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0696  transmembrane protein  28.39 
 
 		 240 aa  51.2  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.220237  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3783  hypothetical protein  27.8 
 
 		 228 aa  51.2  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.619325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4573  hypothetical protein  27.41 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1826  hypothetical protein  26.61 
 
 		 315 aa  48.5  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0616664  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01781  hypothetical protein  25.93 
 
 		 277 aa  48.5  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.270891  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6529  hypothetical protein  25.23 
 
 		 328 aa  47  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3981  hypothetical protein  31.4 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.822328 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0076  hypothetical protein  27.73 
 
 		 236 aa  46.6  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.499992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>