135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2454 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2454  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 373 aa  767    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.156444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  74.93 
 
 		 367 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  73.08 
 
 		 366 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43270  tRNA 2-selenouridine synthase  72.28 
 
 		 369 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.829954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  72.28 
 
 		 370 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10190  tRNA 2-selenouridine synthase  73.76 
 
 		 370 aa  551  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.320471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  72.28 
 
 		 370 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3629  tRNA 2-selenouridine synthase  71.74 
 
 		 369 aa  551  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.562243  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  71.74 
 
 		 370 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0794  hypothetical protein  72.25 
 
 		 366 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4364  tRNA 2-selenouridine synthase  71.43 
 
 		 365 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307655  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0301  tRNA 2-selenouridine synthase  60.44 
 
 		 366 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.812118  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1622  tRNA 2-selenouridine synthase  60 
 
 		 365 aa  439  9.999999999999999e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0160  tRNA 2-selenouridine synthase  52.81 
 
 		 365 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.334237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3619  tRNA 2-selenouridine synthase  52.07 
 
 		 367 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  53.82 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4183  tRNA 2-selenouridine synthase  53.54 
 
 		 368 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  53.26 
 
 		 368 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  53.26 
 
 		 369 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  53.26 
 
 		 368 aa  378  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0195  tRNA 2-selenouridine synthase  52.1 
 
 		 376 aa  368  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0189  tRNA 2-selenouridine synthase  49.58 
 
 		 367 aa  366  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0697371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2719  tRNA 2-selenouridine synthase  51.53 
 
 		 372 aa  364  1e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422567 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  49.16 
 
 		 366 aa  364  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0175  tRNA 2-selenouridine synthase  51.84 
 
 		 365 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  49.3 
 
 		 369 aa  362  5.0000000000000005e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0174  tRNA 2-selenouridine synthase  51.56 
 
 		 384 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0169  tRNA 2-selenouridine synthase  51.84 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4714  tRNA 2-selenouridine synthase  48.73 
 
 		 368 aa  360  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.728347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  49.72 
 
 		 367 aa  353  4e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0134  tRNA 2-selenouridine synthase  49.44 
 
 		 372 aa  350  2e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.404354 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  49.17 
 
 		 372 aa  343  2.9999999999999997e-93  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  43.92 
 
 		 364 aa  321  9.999999999999999e-87  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  46.81 
 
 		 364 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  46.81 
 
 		 364 aa  317  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  46.54 
 
 		 364 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  47.34 
 
 		 361 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  45.61 
 
 		 365 aa  317  3e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  46.81 
 
 		 364 aa  315  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  46.83 
 
 		 364 aa  313  2.9999999999999996e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  46.56 
 
 		 364 aa  312  6.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  46.56 
 
 		 364 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  46.56 
 
 		 364 aa  311  1e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  46.56 
 
 		 364 aa  311  1e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  46.54 
 
 		 364 aa  310  2e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  46.54 
 
 		 364 aa  311  2e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  46.54 
 
 		 364 aa  311  2e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  46.56 
 
 		 364 aa  309  5e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0975  tRNA 2-selenouridine synthase  45.76 
 
 		 356 aa  308  1.0000000000000001e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.432685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1023  tRNA 2-selenouridine synthase  43.25 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00249135  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2396  tRNA 2-selenouridine synthase  41.23 
 
 		 370 aa  286  5.999999999999999e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0512  tRNA 2-selenouridine synthase  41.78 
 
 		 361 aa  279  4e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  32.34 
 
 		 345 aa  166  8e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  36.31 
 
 		 347 aa  161  2e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  35.65 
 
 		 347 aa  159  5e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  34.88 
 
 		 338 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  35 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  31.6 
 
 		 358 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  31.42 
 
 		 347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  34.8 
 
 		 335 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  31.78 
 
 		 375 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  32.94 
 
 		 344 aa  149  7e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  32.46 
 
 		 346 aa  149  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  34.19 
 
 		 344 aa  149  9e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  32.84 
 
 		 339 aa  148  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  34.9 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  31.64 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  32.37 
 
 		 354 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  30.35 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  29.44 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  31.56 
 
 		 353 aa  143  6e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  33.74 
 
 		 346 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  28.28 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  28.36 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  37.4 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 344 aa  140  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  27.57 
 
 		 347 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0608  tRNA 2-selenouridine synthase  37.66 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  30.45 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1434  tRNA 2-selenouridine synthase  37.86 
 
 		 332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.719494  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  36.07 
 
 		 356 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  29.77 
 
 		 358 aa  132  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  36.03 
 
 		 353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0521  tRNA 2-selenouridine synthase  37.04 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 350 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  31.89 
 
 		 347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  37.55 
 
 		 350 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  31.34 
 
 		 359 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  31.15 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  31.15 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  31.15 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  29.01 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  34.85 
 
 		 346 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  32.79 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  34.73 
 
 		 356 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  33.2 
 
 		 373 aa  121  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0928  tRNA 2-selenouridine synthase  32.08 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  33.23 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1304  tRNA 2-selenouridine synthase  35.98 
 
 		 342 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  28.19 
 
 		 356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>