More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2357 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2357  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 325 aa  657    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.486705  decreased coverage  0.000279789 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3105  short chain dehydrogenase  63.19 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0188574  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4176  short chain dehydrogenase  54.89 
 
 		 331 aa  331  9e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.333846  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3685  short chain dehydrogenase  54.67 
 
 		 346 aa  330  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 		 332 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4439  short chain dehydrogenase  54.04 
 
 		 336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0197504  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0472  short chain dehydrogenase  54.7 
 
 		 328 aa  308  9e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6285  short chain dehydrogenase  57.34 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306501  hitchhiker  0.00902289 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6571  short chain dehydrogenase  57.34 
 
 		 327 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5503  short chain dehydrogenase  56.08 
 
 		 327 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.148603  normal  0.0783647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5733  short chain dehydrogenase  51.54 
 
 		 333 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.329288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2083  short chain dehydrogenase  53.87 
 
 		 332 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.244735  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1184  short chain dehydrogenase  50.46 
 
 		 337 aa  302  6.000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.88 
 
 		 334 aa  301  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.774727  normal  0.848233 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0273  short chain dehydrogenase  51.34 
 
 		 334 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.698832 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0291  short chain dehydrogenase  50.67 
 
 		 334 aa  299  4e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3688  short chain dehydrogenase  50.71 
 
 		 335 aa  293  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000592094  normal  0.0665627 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0420  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 		 331 aa  293  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64097  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2751  short chain dehydrogenase  54.72 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1077  short chain dehydrogenase  48.62 
 
 		 337 aa  290  2e-77  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00107266 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2310  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 		 371 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.604961  normal  0.538846 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3554  short chain dehydrogenase  51.04 
 
 		 336 aa  283  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1984  short chain dehydrogenase  49.83 
 
 		 346 aa  281  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1657  short chain dehydrogenase  52.85 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0430692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7903  short chain dehydrogenase  49.5 
 
 		 331 aa  278  7e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.943386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2751  short chain dehydrogenase  49.21 
 
 		 336 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.186259  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0028  short chain dehydrogenase  53.44 
 
 		 332 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2660  short chain dehydrogenase  49.37 
 
 		 336 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4566  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.68 
 
 		 350 aa  266  5e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2182  short chain dehydrogenase  51.51 
 
 		 332 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.02 
 
 		 336 aa  265  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.136897 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2845  short chain dehydrogenase  50.37 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.484563  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3900  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 		 327 aa  256  5e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.155231 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.55 
 
 		 355 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4173  short chain dehydrogenase  52.73 
 
 		 335 aa  249  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4970  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.91 
 
 		 344 aa  247  2e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0855906 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.67 
 
 		 323 aa  240  2e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0208567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4417  short chain dehydrogenase  44.89 
 
 		 350 aa  225  6e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.496663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.22 
 
 		 328 aa  212  5.999999999999999e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  36.27 
 
 		 336 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  35.15 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 		 341 aa  169  8e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5078  short chain dehydrogenase  32.73 
 
 		 337 aa  159  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.42 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20190  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3155  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 343 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1374  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.271507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3026  short chain dehydrogenase  35.25 
 
 		 343 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.327343  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.297651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2427  short chain dehydrogenase  34.6 
 
 		 442 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.15313  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1371  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.103888  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2986  short chain dehydrogenase  33.65 
 
 		 441 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889744  normal  0.40482 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6458  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.859122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6386  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 		 342 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.875817  normal  0.430331 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1975  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.509548  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2259  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5638  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.731163  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0996  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.663659  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1284  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.524856  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6050  short chain dehydrogenase  33.9 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.057993 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 		 332 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.843879 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5454  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 342 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00420602 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.66 
 
 		 355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 		 369 aa  145  9e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1331  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261589  normal  0.281891 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 336 aa  144  3e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.753592 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1489  short chain dehydrogenase  32.86 
 
 		 296 aa  143  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6955  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0416972 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.617433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3972  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 		 441 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2604  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 		 441 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.155527 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.151565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4204  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 326 aa  136  5e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 		 336 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.945072  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1014  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.75 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 		 337 aa  132  9e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.460239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.68 
 
 		 326 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.171589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.264514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 404 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.326194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 334 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3170  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  34.78 
 
 		 544 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0745281 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6867  short chain dehydrogenase  29.23 
 
 		 333 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0134131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 332 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.939722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0021  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.867274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 		 279 aa  118  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 		 257 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.51 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.08 
 
 		 356 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.824493 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.223195 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 334 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.496064  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 264 aa  116  6.9999999999999995e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 328 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.78 
 
 		 243 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>