221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2190 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  100 
 
 
417 aa  849  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  55.58 
 
 
425 aa  454  1e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  55.35 
 
 
425 aa  452  1e-126  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  52.42 
 
 
428 aa  429  1e-119  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  50.79 
 
 
439 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  50.79 
 
 
439 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  50.79 
 
 
439 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  51.13 
 
 
439 aa  416  1e-115  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  1.84372e-07 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  51.63 
 
 
418 aa  412  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  53.16 
 
 
424 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  51.61 
 
 
424 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  50.23 
 
 
425 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  7.49415e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  48.82 
 
 
431 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  48.24 
 
 
422 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  47.31 
 
 
427 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  48.11 
 
 
421 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  48.11 
 
 
421 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  45.01 
 
 
443 aa  338  8e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  44.77 
 
 
441 aa  338  1e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  41.92 
 
 
446 aa  298  1e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.58939e-06  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  42.75 
 
 
414 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  40.35 
 
 
447 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  40.35 
 
 
447 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.82651e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  40.35 
 
 
447 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  40.35 
 
 
447 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  41.88 
 
 
448 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  39.38 
 
 
441 aa  272  8e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  40.26 
 
 
448 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  38.9 
 
 
441 aa  266  6e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  38.63 
 
 
446 aa  264  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  39.49 
 
 
447 aa  262  7e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  40.77 
 
 
447 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  38.02 
 
 
441 aa  259  6e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  40.13 
 
 
447 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  40.13 
 
 
447 aa  255  9e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  39.33 
 
 
437 aa  254  2e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  37.77 
 
 
440 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  36.26 
 
 
441 aa  250  3e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  36.82 
 
 
423 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  38.32 
 
 
421 aa  247  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.14 
 
 
418 aa  246  7e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  37.35 
 
 
421 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  38.79 
 
 
421 aa  245  1e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  38.16 
 
 
445 aa  244  2e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  37.5 
 
 
416 aa  243  4e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  37.8 
 
 
455 aa  243  6e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  37.59 
 
 
421 aa  242  7e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  37.15 
 
 
418 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  37.27 
 
 
421 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  37.03 
 
 
422 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  37.38 
 
 
418 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.12 
 
 
419 aa  241  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  36.92 
 
 
418 aa  240  3e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  36.34 
 
 
422 aa  239  6e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.12 
 
 
439 aa  239  9e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  37.39 
 
 
431 aa  239  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  36.95 
 
 
395 aa  238  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  37.01 
 
 
445 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  37.28 
 
 
448 aa  236  5e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  36.21 
 
 
417 aa  235  1e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  37.19 
 
 
427 aa  234  2e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  37.3 
 
 
416 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  36.28 
 
 
418 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0234  outer membrane porin  35.75 
 
 
444 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0151017  decreased coverage  0.000172994 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  36.55 
 
 
445 aa  230  4e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  37.07 
 
 
417 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  35.42 
 
 
416 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  36.1 
 
 
426 aa  229  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  35.21 
 
 
412 aa  229  8e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  37.12 
 
 
418 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  36.7 
 
 
427 aa  229  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  34.72 
 
 
422 aa  229  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  35.59 
 
 
424 aa  228  2e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  36.98 
 
 
417 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  35.87 
 
 
428 aa  227  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.95 
 
 
417 aa  226  5e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  34.97 
 
 
422 aa  225  9e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  35.38 
 
 
415 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  38.36 
 
 
420 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  35.85 
 
 
417 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  36.02 
 
 
417 aa  223  5e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  34.66 
 
 
410 aa  222  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  37.67 
 
 
420 aa  222  1e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  35.07 
 
 
410 aa  222  1e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  35.06 
 
 
412 aa  221  2e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  35.18 
 
 
417 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  34.98 
 
 
412 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  35.52 
 
 
410 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0258  outer membrane porin  34.15 
 
 
442 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.103273  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  34.38 
 
 
429 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0249  outer membrane porin  34.96 
 
 
446 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00208088  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  34.79 
 
 
417 aa  219  8e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  36.7 
 
 
420 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  34.38 
 
 
429 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  34.38 
 
 
429 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  35.5 
 
 
413 aa  217  3e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  36.17 
 
 
417 aa  217  3e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  38.21 
 
 
418 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  34.31 
 
 
422 aa  217  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  36.97 
 
 
418 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>