More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2096 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5894  nitrite reductase large subunit  52.33 
 
 		 815 aa  874    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3525  assimilatory nitrite reductase large subunit  86.36 
 
 		 816 aa  1484    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1667  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  53.07 
 
 		 810 aa  816    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0751233  normal  0.158912 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2317  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  70.66 
 
 		 819 aa  1209    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.551763  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1990  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  47.65 
 
 		 801 aa  778    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0592  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  62.65 
 
 		 820 aa  1070    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1142  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  68.81 
 
 		 825 aa  1171    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.861226  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2302  assimilatory nitrate reductase electron transfer subunit domain protein  78.86 
 
 		 409 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0640092  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3053  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.18 
 
 		 827 aa  638    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.050716  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1997  nitrite reductase  49.38 
 
 		 801 aa  789    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00110354  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1970  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.75 
 
 		 801 aa  795    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.473081  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1949  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.63 
 
 		 801 aa  791    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0412209  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3130  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 		 814 aa  1238    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2100  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  78.75 
 
 		 409 aa  649    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.856464  hitchhiker  0.00707192 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0816  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.22 
 
 		 814 aa  1206    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.359061  normal  0.0137371 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1407  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  68.51 
 
 		 815 aa  1157    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  67.77 
 
 		 821 aa  1153    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1490  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 		 814 aa  1238    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2309  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  71.96 
 
 		 818 aa  1246    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0719  BFD-like (2Fe-2S)-binding region  51.53 
 
 		 820 aa  819    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.825422  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0741  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  71.85 
 
 		 814 aa  1233    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1781  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  87.47 
 
 		 823 aa  1491    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2096  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  100 
 
 		 818 aa  1692    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.115121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  69.16 
 
 		 821 aa  1182    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3242  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.59 
 
 		 819 aa  669    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.838736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3528  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.54 
 
 		 820 aa  1236    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1114  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  58.05 
 
 		 812 aa  976    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2146  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  49.38 
 
 		 801 aa  789    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.243171  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1629  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.82 
 
 		 816 aa  865    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.899619  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0573  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.73 
 
 		 814 aa  1231    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2956  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  55.78 
 
 		 818 aa  881    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.724416 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0464  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  72.72 
 
 		 814 aa  1242    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2245  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  44.57 
 
 		 837 aa  639    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.131347  normal  0.240706 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2424  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.89 
 
 		 801 aa  798    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4525  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  53.8 
 
 		 820 aa  882    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.927735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2968  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  55.56 
 
 		 831 aa  921    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.205655  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3043  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  53 
 
 		 811 aa  832    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.301958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2107  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  68.46 
 
 		 823 aa  1154    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.160475  normal  0.614083 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2557  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  69 
 
 		 823 aa  1177    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323031  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1707  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  57.34 
 
 		 839 aa  920    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.795127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3276  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  70.3 
 
 		 810 aa  1184    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2849  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  72.66 
 
 		 820 aa  1238    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.924378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0099  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 		 814 aa  1238    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2593  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  65.8 
 
 		 825 aa  1113    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.559777  normal  0.140435 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23370  Assimilatory Nitrite reductase,large subunit; NasA  81 
 
 		 816 aa  1378    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2152  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.2 
 
 		 801 aa  792    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.57135  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2965  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  55.5 
 
 		 817 aa  889    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1080  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.5 
 
 		 814 aa  847    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.406718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1266  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  55.87 
 
 		 825 aa  906    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0963412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2839  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  67.89 
 
 		 821 aa  1155    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.184658 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0668  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  60.78 
 
 		 826 aa  1021    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3231  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  46.71 
 
 		 819 aa  672    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.75 
 
 		 814 aa  830    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2919  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 		 814 aa  1238    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3774  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.49 
 
 		 813 aa  665    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.541337 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0208  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  50.62 
 
 		 801 aa  813    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1700  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  62.81 
 
 		 811 aa  1055    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.575793 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.45 
 
 		 816 aa  862    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.116537  normal  0.910407 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3013  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.84 
 
 		 823 aa  647    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.190459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41530  assimilatory nitrite reductase large subunit  87.35 
 
 		 816 aa  1498    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0558  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  71.98 
 
 		 814 aa  1236    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.840641  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0397  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.62 
 
 		 834 aa  657    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.17666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1990  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  49.26 
 
 		 800 aa  786    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1000  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  73.34 
 
 		 816 aa  1243    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4452  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  52.17 
 
 		 810 aa  807    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3162  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.26 
 
 		 801 aa  788    Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00213461  normal  0.298002 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2177  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.51 
 
 		 801 aa  791    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1328  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  45.4 
 
 		 870 aa  644    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0740855  normal  0.335394 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3293  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.71 
 
 		 819 aa  672    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.192884 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2678  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  54.93 
 
 		 808 aa  890    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2472  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  48.89 
 
 		 801 aa  798    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.971864  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3494  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  46.64 
 
 		 822 aa  656    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.742948  normal  0.535106 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2293  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  49.51 
 
 		 801 aa  789    Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.203246  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1392  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43 
 
 		 839 aa  620  1e-176  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.79174  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3275  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  43.41 
 
 		 846 aa  618  1e-175  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2371  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  66.17 
 
 		 426 aa  553  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4278  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  64.48 
 
 		 410 aa  524  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.36357 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4166  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  64.48 
 
 		 410 aa  524  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03164  flavoprotein FAD oxidoreductase  62.88 
 
 		 409 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.229065  normal  0.538178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4862  assimilatory nitrate reductase (NADH) beta subunit  62.37 
 
 		 413 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.500938  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4820  assimilatory nitrate reductase (NADH) small subunit  62.31 
 
 		 413 aa  511  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0713443  normal  0.685908 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1332  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.89 
 
 		 837 aa  490  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0149274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5924  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  37.22 
 
 		 814 aa  488  1e-136  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0194616  normal  0.0886236 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3956  nitrite reductase [NAD(P)H], large subunit  36.17 
 
 		 848 aa  479  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0235  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.04 
 
 		 848 aa  478  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05591  nitrate reductase  35.82 
 
 		 839 aa  473  1e-132  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4276  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.2 
 
 		 851 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160671  normal  0.522332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4046  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  35.93 
 
 		 850 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2384  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  37.87 
 
 		 830 aa  469  9.999999999999999e-131  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312411  normal  0.440122 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4860  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.94 
 
 		 853 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.82 
 
 		 837 aa  466  9.999999999999999e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4164  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.2 
 
 		 851 aa  466  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3869  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  35.68 
 
 		 850 aa  464  1e-129  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.104514  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  35.91 
 
 		 971 aa  463  1e-129  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2355  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit precursor  36.07 
 
 		 851 aa  461  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000467029  normal  0.479007 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3716  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirB  35.85 
 
 		 861 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4595  nitrite reductase (NAD(P)H), large subunit  36.77 
 
 		 849 aa  462  9.999999999999999e-129  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.649797  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1222  nitrite reductase NADPH large subunit  36.22 
 
 		 852 aa  457  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.356268  normal  0.678128 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3779  nitrite reductase [NAD(P)H] large subunit  36.29 
 
 		 847 aa  457  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0245  nitrite reductase large subunit  35.8 
 
 		 858 aa  456  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>