284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2068 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  43.88 
 
 		 779 aa  637    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  48.69 
 
 		 760 aa  745    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0975891 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  100 
 
 		 747 aa  1543    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  48.36 
 
 		 759 aa  745    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0493181 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2964  lysine decarboxylase  46.43 
 
 		 871 aa  706    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  48.69 
 
 		 759 aa  740    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1088  Lysine decarboxylase  48.23 
 
 		 753 aa  732    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  48.6 
 
 		 742 aa  738    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  47.01 
 
 		 755 aa  734    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  48.35 
 
 		 756 aa  756    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  47.01 
 
 		 747 aa  728    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  83.09 
 
 		 751 aa  1283    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  48.43 
 
 		 759 aa  740    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  44.63 
 
 		 766 aa  645    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  81.79 
 
 		 749 aa  1278    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.96 
 
 		 759 aa  751    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2126  lysine decarboxylase  44.94 
 
 		 762 aa  674    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  48.16 
 
 		 757 aa  758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0915  lysine decarboxylase  47.81 
 
 		 746 aa  731    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1059  ornithine decarboxylase  47.81 
 
 		 746 aa  731    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2415  ornithine decarboxylase  45.97 
 
 		 764 aa  688    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.413293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  48.83 
 
 		 761 aa  753    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  48.42 
 
 		 754 aa  752    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  48.43 
 
 		 759 aa  739    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  45.42 
 
 		 794 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  47.58 
 
 		 759 aa  740    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  86.42 
 
 		 751 aa  1343    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2738  Lysine decarboxylase  46.22 
 
 		 767 aa  697    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  45.29 
 
 		 766 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1886  lysine decarboxylase  49.07 
 
 		 751 aa  739    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  47.58 
 
 		 759 aa  739    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  47.04 
 
 		 769 aa  688    Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  48.69 
 
 		 759 aa  740    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  43.88 
 
 		 779 aa  637    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  86.02 
 
 		 751 aa  1342    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  48.43 
 
 		 759 aa  736    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  56.26 
 
 		 762 aa  879    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  48.43 
 
 		 759 aa  739    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  80.99 
 
 		 749 aa  1254    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  45.42 
 
 		 794 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6447  lysine decarboxylase  44.47 
 
 		 771 aa  649    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.295731 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5196  lysine decarboxylase  57.97 
 
 		 756 aa  880    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3257  lysine decarboxylase  45.81 
 
 		 793 aa  702    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2020  lysine decarboxylase  45.37 
 
 		 777 aa  687    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.605875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2762  ornithine decarboxylase  46.34 
 
 		 789 aa  705    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3498  lysine decarboxylase  45.74 
 
 		 772 aa  685    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0638037 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  48.7 
 
 		 761 aa  753    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  82.11 
 
 		 746 aa  1210    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1925  ornithine decarboxylase  48.16 
 
 		 753 aa  719    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00506888 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  48.43 
 
 		 759 aa  739    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  81.26 
 
 		 757 aa  1255    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  50 
 
 		 767 aa  739    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  46.61 
 
 		 755 aa  727    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000345453  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2252  Lysine decarboxylase  46.48 
 
 		 789 aa  706    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  48.83 
 
 		 759 aa  748    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1590  Lysine decarboxylase  48.54 
 
 		 747 aa  749    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.334363  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  43.38 
 
 		 779 aa  634  1e-180  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  43.56 
 
 		 780 aa  619  1e-176  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3910  arginine decarboxylase  41.35 
 
 		 756 aa  585  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.143171  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03988  biodegradative arginine decarboxylase  41.08 
 
 		 756 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5631  biodegradative arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 756 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3875  Arginine decarboxylase  41.08 
 
 		 756 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 756 aa  585  1.0000000000000001e-165  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03949  hypothetical protein  41.08 
 
 		 756 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4583  biodegradative arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 756 aa  585  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4671  biodegradative arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 756 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4358  biodegradative arginine decarboxylase  41.22 
 
 		 756 aa  584  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.959174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4691  biodegradative arginine decarboxylase  40.69 
 
 		 756 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4642  biodegradative arginine decarboxylase  40.69 
 
 		 756 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4642  biodegradative arginine decarboxylase  40.69 
 
 		 756 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4551  biodegradative arginine decarboxylase  40.69 
 
 		 756 aa  581  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4560  biodegradative arginine decarboxylase  40.69 
 
 		 756 aa  582  1e-164  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  42.86 
 
 		 712 aa  575  1.0000000000000001e-162  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3773  lysine decarboxylase  45.84 
 
 		 714 aa  573  1.0000000000000001e-162  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.231295  normal  0.03112 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2658  lysine decarboxylase, inducible  43.67 
 
 		 733 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00205  lysine decarboxylase  43.67 
 
 		 724 aa  572  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  45.53 
 
 		 713 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0272  lysine decarboxylase, constitutive  45.53 
 
 		 713 aa  571  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.549018  normal  0.511484 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002189  lysine decarboxylase  43.52 
 
 		 711 aa  571  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000318347  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2860  lysine decarboxylase  39.95 
 
 		 768 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.041352  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0275  lysine decarboxylase, constitutive  45.53 
 
 		 713 aa  565  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  39.95 
 
 		 768 aa  566  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  39.95 
 
 		 768 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  45.21 
 
 		 713 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00184  lysine decarboxylase 2, constitutive  46.03 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3474  lysine decarboxylase  46.03 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.380811 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3417  Lysine decarboxylase  46.03 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0188  lysine decarboxylase, constitutive  46.03 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.587964  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0197  lysine decarboxylase, constitutive  46.19 
 
 		 713 aa  562  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00183  hypothetical protein  46.03 
 
 		 713 aa  560  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0196  lysine decarboxylase, constitutive  46.03 
 
 		 713 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0261  lysine decarboxylase, constitutive  45.21 
 
 		 713 aa  561  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.658449  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0190  lysine decarboxylase, constitutive  45.87 
 
 		 713 aa  556  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0179  lysine decarboxylase, constitutive  45.87 
 
 		 713 aa  558  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>