More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2009 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  100 
 
 		 265 aa  529  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  69.43 
 
 		 265 aa  378  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  68.28 
 
 		 268 aa  366  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  66.54 
 
 		 266 aa  363  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  66.17 
 
 		 266 aa  361  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  66.17 
 
 		 266 aa  361  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  66.17 
 
 		 266 aa  361  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  65.79 
 
 		 266 aa  361  8e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  65.15 
 
 		 265 aa  359  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  63.53 
 
 		 266 aa  358  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  63.53 
 
 		 266 aa  358  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  63.53 
 
 		 266 aa  358  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  65.41 
 
 		 266 aa  357  9.999999999999999e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  63.91 
 
 		 285 aa  356  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  63.91 
 
 		 285 aa  355  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  63.91 
 
 		 266 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  63.91 
 
 		 266 aa  355  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  63.53 
 
 		 266 aa  355  5.999999999999999e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  63.53 
 
 		 266 aa  354  7.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  63.16 
 
 		 266 aa  352  4e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  69.29 
 
 		 266 aa  349  3e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  64.91 
 
 		 264 aa  341  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  70.54 
 
 		 264 aa  341  9e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  70.54 
 
 		 264 aa  340  1e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  69.71 
 
 		 264 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  56.22 
 
 		 265 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  44.91 
 
 		 264 aa  225  7e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.77 
 
 		 264 aa  225  7e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 		 266 aa  224  9e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  46.85 
 
 		 270 aa  224  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.77 
 
 		 264 aa  224  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 		 266 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 		 266 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 		 266 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  48.74 
 
 		 266 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  48.74 
 
 		 266 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  44.91 
 
 		 264 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  48.32 
 
 		 266 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 		 264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 		 264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  44.36 
 
 		 264 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  43.4 
 
 		 264 aa  222  6e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  44.53 
 
 		 264 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  43.77 
 
 		 264 aa  218  7e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 284 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  45.96 
 
 		 264 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  46.28 
 
 		 266 aa  215  7e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  46.12 
 
 		 266 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.73 
 
 		 267 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  42.91 
 
 		 266 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  46.97 
 
 		 256 aa  211  7.999999999999999e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  45.08 
 
 		 266 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  46.21 
 
 		 256 aa  209  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  46.21 
 
 		 290 aa  208  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  45.23 
 
 		 270 aa  205  7e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.75 
 
 		 266 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  42 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 315 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  42.98 
 
 		 266 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1377  extracellular solute-binding protein  39.32 
 
 		 277 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000115158  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 313 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 313 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 264 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  42.98 
 
 		 313 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  42.48 
 
 		 253 aa  186  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6491  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.53 
 
 		 260 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353302  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  42.74 
 
 		 260 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  41.6 
 
 		 257 aa  178  9e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3808  extracellular solute-binding protein  40.56 
 
 		 257 aa  176  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902335  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3156  extracellular solute-binding protein  41.98 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2527  extracellular solute-binding protein  41.98 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.97926  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3140  extracellular solute-binding protein  41.98 
 
 		 260 aa  176  3e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.36 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3835  extracellular solute-binding protein family 3  42.02 
 
 		 257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  39.36 
 
 		 257 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4163  extracellular solute-binding protein family 3  41.6 
 
 		 257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  40.08 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 		 489 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.09 
 
 		 489 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  40.09 
 
 		 489 aa  170  3e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3698  extracellular solute-binding protein family 3  40.16 
 
 		 256 aa  169  5e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7224  ABC transporter substrate binding protein (nopaline)  41.56 
 
 		 257 aa  168  8e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2345  extracellular solute-binding protein  40.24 
 
 		 273 aa  168  8e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.949438  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0207  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.22 
 
 		 260 aa  167  1e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.670956  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  41.1 
 
 		 261 aa  167  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  34.11 
 
 		 264 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.64 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2686  extracellular solute-binding protein family 3  40.17 
 
 		 260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  34.11 
 
 		 264 aa  165  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.83 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  39.83 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.83 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  39.83 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  39.83 
 
 		 265 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>