More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2006 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  577  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  59.72 
 
 		 292 aa  359  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  58.19 
 
 		 291 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0474  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 294 aa  347  9e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 291 aa  346  3e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 291 aa  345  5e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 293 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  53.82 
 
 		 289 aa  326  3e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5263  LysR family transcriptional regulator  51.12 
 
 		 228 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 		 343 aa  218  7e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.31 
 
 		 307 aa  218  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.1 
 
 		 305 aa  214  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4339  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 322 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.411983 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  37.72 
 
 		 300 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.78 
 
 		 289 aa  209  5e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.32 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3526  LysR substrate-binding  38.97 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.772607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1392  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000534606  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 292 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 292 aa  202  5e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 292 aa  202  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  39.07 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 294 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 295 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 293 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 291 aa  199  6e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 293 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2115  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 302 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.477701  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 299 aa  196  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 555 aa  195  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 325 aa  195  7e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 293 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  39.19 
 
 		 305 aa  195  1e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1103  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1730  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0208  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00341225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1545  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1883  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0921981  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  39.59 
 
 		 304 aa  191  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 313 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 305 aa  190  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 304 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000050  transcriptional regulator LysR family  39.1 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.385466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  36.71 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 301 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  36.46 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 304 aa  189  7e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  38.89 
 
 		 298 aa  188  8e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  188  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 313 aa  188  9e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3680  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 302 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 324 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  39.04 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 328 aa  187  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.46 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  39.04 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  38.7 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>