215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1983 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 118 aa  244  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  94.07 
 
 		 118 aa  232  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28730  putative transcriptional regulator  93.22 
 
 		 118 aa  229  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000134436  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2511  hypothetical protein  93.22 
 
 		 118 aa  229  7.000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  91.53 
 
 		 118 aa  226  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3474  MerR family transcriptional regulator  91.53 
 
 		 118 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2472  hypothetical protein  91.53 
 
 		 118 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3218  MerR family transcriptional regulator  91.53 
 
 		 118 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330484 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2169  regulatory protein, MerR  87.18 
 
 		 118 aa  214  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2385  transcriptional regulator, putative  86.32 
 
 		 118 aa  212  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  81.9 
 
 		 121 aa  207  4e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  78.81 
 
 		 118 aa  197  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  76.07 
 
 		 118 aa  193  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  78.63 
 
 		 118 aa  191  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  76.92 
 
 		 118 aa  189  9e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0434  MerR family transcriptional regulator  70.83 
 
 		 120 aa  179  9.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1457  transcriptional regulator, MerR family  76.19 
 
 		 118 aa  178  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  71.19 
 
 		 118 aa  178  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2798  transcriptional regulator, MerR family  68.64 
 
 		 118 aa  174  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  67.62 
 
 		 120 aa  157  6e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  67.62 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  68.69 
 
 		 143 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  74.16 
 
 		 125 aa  140  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1014  MerR family transcriptional regulator  75 
 
 		 121 aa  139  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986669 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  74.73 
 
 		 141 aa  139  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1167  MerR family transcriptional regulator  79.52 
 
 		 144 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354578  normal  0.670626 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  75.86 
 
 		 143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  71.74 
 
 		 143 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 130 aa  138  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1471  transcriptional regulator domain-containing protein  56.52 
 
 		 126 aa  138  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1408  transcriptional regulator, MerR family  56.52 
 
 		 126 aa  138  3e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00332069  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  81.82 
 
 		 142 aa  137  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  80.52 
 
 		 159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3096  MerR family transcriptional regulator  69.47 
 
 		 140 aa  137  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  73.86 
 
 		 146 aa  137  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 142 aa  137  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  78.05 
 
 		 132 aa  137  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  55.93 
 
 		 126 aa  137  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 134 aa  137  7e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  79.75 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  77.22 
 
 		 149 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1532  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0196  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 134 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 136 aa  136  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  136  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2749  transcriptional regulator, MerR family  79.75 
 
 		 137 aa  136  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  135  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  136  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  79.75 
 
 		 126 aa  135  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 137 aa  135  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1881  putative transcriptional regulator  78.48 
 
 		 157 aa  134  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1752  MerR family transcriptional regulator  77.5 
 
 		 161 aa  134  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0206721 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  58.93 
 
 		 116 aa  134  5e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  80.52 
 
 		 159 aa  133  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  73.26 
 
 		 121 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  79.22 
 
 		 136 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  77.92 
 
 		 162 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  76.62 
 
 		 173 aa  128  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2236  transcriptional regulator, MerR family  70.89 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.039823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2607  transcriptional regulator, MerR family  70.89 
 
 		 150 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1660  MerR family transcriptional regulator  64.56 
 
 		 129 aa  110  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3741  transcriptional regulator, MerR family  42.59 
 
 		 112 aa  99.8  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.274926  normal  0.767741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1425  transcriptional regulator  52.63 
 
 		 116 aa  92.4  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000104332  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20490  transcriptional regulator, MerR family  80 
 
 		 55 aa  91.7  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3922  MerR family transcriptional regulator  49.41 
 
 		 144 aa  91.3  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.856583  normal  0.167239 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1889  transcriptional regulator, MerR family  53.25 
 
 		 116 aa  90.9  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000504717  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2621  MerR family transcriptional regulator  49.35 
 
 		 117 aa  89.4  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361193  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3038  MerR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0025515  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1522  transcriptional regulator, putative  39.81 
 
 		 117 aa  85.5  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0919543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1418  MerR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 116 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000205103  normal  0.491097 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1997  transcriptional regulator, MerR family  49.35 
 
 		 112 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  52.05 
 
 		 130 aa  82.4  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2223  transcriptional regulator, MerR family  49.35 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000299442 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0051  transcriptional regulator, MerR family  36.73 
 
 		 113 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 150 aa  79.7  0.00000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 757 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 151 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0163  MerR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 126 aa  78.6  0.00000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 282 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 241 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 281 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 272 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1705  transcriptional regulator, MerR family  38.39 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000310194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 266 aa  76.3  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0483  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  46.67 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0267  MerR family transcriptional regulator  53.62 
 
 		 196 aa  75.5  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  49.28 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  45.35 
 
 		 165 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1633  hypothetical protein  47.83 
 
 		 181 aa  75.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>