More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1963 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  65.2 
 
 
587 aa  798    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  83.82 
 
 
595 aa  1035    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  74.1 
 
 
587 aa  916    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  76.17 
 
 
588 aa  937    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  68.82 
 
 
602 aa  801    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  62.2 
 
 
588 aa  747    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  64.71 
 
 
597 aa  746    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  66.2 
 
 
593 aa  764    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  64.62 
 
 
580 aa  764    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  53.44 
 
 
631 aa  635    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  65.9 
 
 
584 aa  762    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  65.2 
 
 
587 aa  798    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  63.7 
 
 
579 aa  780    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  65.3 
 
 
582 aa  767    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  75.34 
 
 
587 aa  932    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  53.37 
 
 
623 aa  641    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  66.07 
 
 
584 aa  763    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  69.06 
 
 
579 aa  803    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  100 
 
 
591 aa  1205    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  59.45 
 
 
602 aa  722    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  67.25 
 
 
589 aa  800    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  53.88 
 
 
620 aa  641    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  83.99 
 
 
595 aa  1036    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  83.99 
 
 
595 aa  1035    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  64.99 
 
 
549 aa  719    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  66.95 
 
 
580 aa  789    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  64.86 
 
 
587 aa  792    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  52.71 
 
 
623 aa  633  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  53.09 
 
 
631 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  53.09 
 
 
631 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  52.09 
 
 
618 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  42.98 
 
 
554 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3242  Pyrrolo-quinoline quinone  39.54 
 
 
573 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00434002  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  39.54 
 
 
573 aa  411  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5155  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.54 
 
 
573 aa  412  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.843195 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7192  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  41.23 
 
 
575 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.426546  normal  0.582027 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  40.63 
 
 
575 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  40.46 
 
 
575 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0306  putative alcohol dehydrogenase  39.97 
 
 
575 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100044  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  41.37 
 
 
575 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  41.29 
 
 
562 aa  397  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  39.22 
 
 
570 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2355  Pyrrolo-quinoline quinone  41.28 
 
 
730 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0680369  normal  0.367457 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3639  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.09 
 
 
566 aa  382  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.347084  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1591  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  39.79 
 
 
583 aa  382  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.890828  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.35 
 
 
724 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  40.35 
 
 
726 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2451  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.7 
 
 
576 aa  372  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1461  Pyrrolo-quinoline quinone  39.86 
 
 
718 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.153207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5502  putative alcohol dehydrogenase  37.98 
 
 
712 aa  371  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210225  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0427  Pyrrolo-quinoline quinone  38.93 
 
 
706 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.196079 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  39.12 
 
 
721 aa  366  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  41.62 
 
 
697 aa  366  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3937  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  40.33 
 
 
580 aa  365  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.79845 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  39.07 
 
 
705 aa  365  2e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  37.3 
 
 
615 aa  365  2e-99  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3352  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  39.21 
 
 
707 aa  362  1e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.32899  normal  0.291074 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0363  putative alcohol dehydrogenase precursor  38.84 
 
 
572 aa  361  2e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2017  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  38.25 
 
 
592 aa  360  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.115973  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4160  Pyrrolo-quinoline quinone:cytochrome c, class I  38.82 
 
 
718 aa  360  6e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110436  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.34 
 
 
601 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  38.28 
 
 
601 aa  354  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  37.5 
 
 
619 aa  351  3e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  37.85 
 
 
709 aa  347  4e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.07 
 
 
599 aa  345  2e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  37.59 
 
 
600 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  37.77 
 
 
600 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.04 
 
 
601 aa  342  8e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  36.99 
 
 
605 aa  342  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  38.73 
 
 
720 aa  342  1e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.26 
 
 
601 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.26 
 
 
601 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  38.19 
 
 
702 aa  340  4e-92  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  37.14 
 
 
600 aa  340  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  38.76 
 
 
601 aa  339  5.9999999999999996e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.63 
 
 
606 aa  339  9e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  38.41 
 
 
604 aa  339  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  36.52 
 
 
608 aa  338  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.49 
 
 
726 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  38.1 
 
 
607 aa  337  3.9999999999999995e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.77 
 
 
601 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  34.64 
 
 
600 aa  335  1e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  37.59 
 
 
606 aa  335  1e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.56 
 
 
608 aa  334  2e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.88 
 
 
601 aa  334  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.34 
 
 
606 aa  333  4e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  36.1 
 
 
616 aa  332  9e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  36.92 
 
 
738 aa  331  2e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.7 
 
 
601 aa  332  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0379  Pyrrolo-quinoline quinone  36.41 
 
 
727 aa  331  3e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  35.22 
 
 
601 aa  331  3e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  36.32 
 
 
600 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.44 
 
 
592 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0262  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.16 
 
 
737 aa  329  7e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0206165  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  36.88 
 
 
613 aa  326  8.000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.89 
 
 
600 aa  325  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  35.85 
 
 
599 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.43 
 
 
605 aa  318  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.28 
 
 
611 aa  317  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.48 
 
 
613 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>