More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1961 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1961  beta-lactamase domain-containing protein  100 
 
 		 309 aa  626  1e-178  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.141309  normal  0.452196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3125  beta-lactamase domain-containing protein  72.64 
 
 		 313 aa  447  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265077  normal  0.697397 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2678  beta-lactamase domain protein  72.22 
 
 		 307 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.304007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3085  beta-lactamase domain-containing protein  71.9 
 
 		 307 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1026  Beta-lactamase-like  50.51 
 
 		 312 aa  298  1e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2819  beta-lactamase domain protein  50.52 
 
 		 342 aa  288  7e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2733  beta-lactamase domain-containing protein  48.48 
 
 		 325 aa  278  9e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49685 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4154  beta-lactamase domain-containing protein  46.56 
 
 		 317 aa  262  6e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0686  beta-lactamase domain-containing protein  45.67 
 
 		 597 aa  260  2e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0472  hydrolase, putative  45.27 
 
 		 298 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0389397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0725  beta-lactamase domain-containing protein  44.29 
 
 		 334 aa  248  6e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0290049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1824  beta-lactamase domain-containing protein  44.03 
 
 		 342 aa  231  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00672926 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2106  beta-lactamase domain protein  40.75 
 
 		 315 aa  223  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.105061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2500  beta-lactamase domain protein  40.75 
 
 		 315 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.397877 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2305  beta-lactamase-like protein  34.23 
 
 		 314 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0142167 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2189  hypothetical protein  34.72 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.887609  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5952  putative metallo-beta-lactamase family protein  35.14 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.229311 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1965  beta-lactamase domain-containing protein  34.92 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.995598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1776  beta-lactamase domain-containing protein  36.51 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.639229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0471  beta-lactamase domain protein  34.78 
 
 		 346 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1735  beta-lactamase domain protein  34.07 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.593356  normal  0.313323 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2112  beta-lactamase domain protein  36.6 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0582  beta-lactamase domain protein  31.76 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0298  metallo-beta-lactamase family protein  34.82 
 
 		 349 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0185877  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1782  beta-lactamase domain-containing protein  39.09 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.378951 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3399  hypothetical protein  34.81 
 
 		 327 aa  116  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0521141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5751  beta-lactamase domain-containing protein  38.64 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0502881 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5976  beta-lactamase domain protein  35.37 
 
 		 315 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.133077  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2257  metallo-beta-lactamase family protein  31.44 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.36851 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2363  beta-lactamase domain-containing protein  33.46 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1673  beta-lactamase domain protein  32.59 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0244  beta-lactamase domain protein  32.23 
 
 		 315 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0816903 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3948  beta-lactamase domain-containing protein  34.12 
 
 		 352 aa  108  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.288018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1819  metallo-beta-lactamase family protein  32.19 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2278  Beta-lactamase-like  32.23 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1247  beta-lactamase domain-containing protein  32.39 
 
 		 364 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.352248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1597  beta-lactamase domain protein  32.35 
 
 		 318 aa  105  8e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.789295  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1512  Beta-lactamase-like  31.16 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000011498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2589  hypothetical protein  33.46 
 
 		 364 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0926452  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1041  beta lactamase precursor  30.54 
 
 		 318 aa  99.8  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.215964  normal  0.327704 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0095  beta-lactamase domain-containing protein  34.03 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.631738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0911  beta-lactamase domain protein  31.37 
 
 		 330 aa  99.8  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.289048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1934  beta-lactamase domain-containing protein  32.27 
 
 		 347 aa  99.4  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2056  Beta-lactamase-like  25.93 
 
 		 340 aa  99.4  7e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000527783  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2427  beta lactamase precursor  32.47 
 
 		 287 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.662224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3115  hypothetical protein  32.65 
 
 		 351 aa  92.8  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3167  beta-lactamase domain protein  28.16 
 
 		 302 aa  92.4  8e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0150  beta-lactamase domain-containing protein  33.2 
 
 		 332 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1621  Beta-lactamase-like  33.33 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.683443  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2858  beta-lactamase domain protein  30.77 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1656  Rhodanese domain protein  29.28 
 
 		 438 aa  91.3  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.613289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3516  beta-lactamase domain-containing protein  27.59 
 
 		 299 aa  89.4  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0323096  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0543  beta-lactamase domain protein  30.63 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0255834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1231  beta-lactamase domain protein  29.2 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0606732 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2531  beta-lactamase domain protein  25.68 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0734  beta-lactamase domain-containing protein  29.22 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0713703  normal  0.0589281 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4039  Beta-lactamase-like  29.73 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1103  putative hydrolase  28.27 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0197828  normal  0.352936 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1940  beta-lactamase domain-containing protein  29.66 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.386829  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3770  beta-lactamase domain-containing protein  29.96 
 
 		 312 aa  78.6  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11942  hypothetical protein  28.43 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0565  putative metallo-beta-lactamase family protein  26.07 
 
 		 318 aa  77.4  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.612107  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0505  beta-lactamase domain protein  22.22 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0555  beta-lactamase domain protein  31.05 
 
 		 316 aa  77  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000575755  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1871  Beta-lactamase-like  26.55 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01746  hypothetical protein  28.85 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.286797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2501  beta-lactamase domain protein  27.69 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.541242 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2107  beta-lactamase domain protein  28.09 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1711  Beta-lactamase-like  27.31 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1197  beta-lactamase domain protein  30.97 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0890  beta-lactamase-like  25.68 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.434485  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5107  beta-lactamase domain protein  31.44 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4051  beta-lactamase domain-containing protein  27.69 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00000219811  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1920  beta-lactamase domain protein  31.78 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.274405  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7214  beta-lactamase domain protein  27.69 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1300  beta-lactamase domain-containing protein  32.19 
 
 		 264 aa  73.6  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.862456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4063  beta-lactamase-like  27.2 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.528155  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3215  beta-lactamase domain-containing protein  27.2 
 
 		 319 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.906038  normal  0.814855 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0809  beta-lactamase domain-containing protein  28.77 
 
 		 318 aa  73.2  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.951581  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4303  beta-lactamase domain-containing protein  27.2 
 
 		 336 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.71602  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0427  hypothetical protein  27.31 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000673109  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04774  hypothetical protein  27.54 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05663  hypothetical protein  27.54 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3350  metallo-beta-lactamase family protein  23.02 
 
 		 342 aa  72.4  0.000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0775  beta-lactamase domain-containing protein  26.04 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.366597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0338  beta-lactamase-like protein  27.21 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.549324 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1577  beta-lactamase domain protein  29.03 
 
 		 272 aa  72  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1017  beta-lactamase-like  25.29 
 
 		 316 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.751913  normal  0.383116 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4217  Beta-lactamase-like  26.32 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0666  beta-lactamase-like  27.17 
 
 		 329 aa  71.6  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.257894  normal  0.323841 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4303  beta-lactamase domain-containing protein  26.92 
 
 		 319 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.491104 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0080  beta-lactamase domain protein  27.35 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3306  beta-lactamase domain protein  30.63 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2765  beta-lactamase domain protein  30.2 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00567584  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3131  beta-lactamase domain-containing protein  32.08 
 
 		 230 aa  70.9  0.00000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.833456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1030  beta-lactamase domain protein  30.58 
 
 		 312 aa  70.9  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.932178  normal  0.324338 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1394  metallo-beta-lactamase family protein  27.5 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0906  Beta-lactamase-like  25.29 
 
 		 316 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0922  beta-lactamase-like  25.1 
 
 		 318 aa  70.5  0.00000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4197  beta-lactamase domain-containing protein  26.92 
 
 		 339 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.216632  normal  0.10176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>