More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1921 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 340 aa  672    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.64 
 
 		 388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  43.77 
 
 		 434 aa  231  2e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0776882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0779  RND family efflux transporter MFP subunit  44.41 
 
 		 415 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.521132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  39.29 
 
 		 390 aa  222  8e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  39.8 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2282  secretion protein HlyD  40.44 
 
 		 467 aa  209  8e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.8 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  37.72 
 
 		 374 aa  198  1.0000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  37.16 
 
 		 376 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  35.95 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  34.9 
 
 		 365 aa  187  3e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  37.94 
 
 		 364 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.8 
 
 		 362 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  37.93 
 
 		 366 aa  179  7e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.97 
 
 		 380 aa  177  2e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1969  RND family efflux transporter MFP subunit  36.04 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.728278 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  33.11 
 
 		 380 aa  177  3e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  31.11 
 
 		 357 aa  176  6e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0946  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  35.84 
 
 		 358 aa  173  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  35.22 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0907  RND efflux membrane fusion protein-related protein  34.91 
 
 		 406 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0975  RND family efflux transporter MFP subunit  35.44 
 
 		 382 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0109715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  34.54 
 
 		 382 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.07 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  32.46 
 
 		 351 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 361 aa  170  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  32.13 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  169  8e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  35.28 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.48 
 
 		 390 aa  168  1e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.92 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  34.84 
 
 		 381 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  31.74 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  35.41 
 
 		 361 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 360 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  33.92 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  34.75 
 
 		 361 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 360 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.74 
 
 		 360 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 360 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  31.74 
 
 		 360 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  33.55 
 
 		 381 aa  161  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  34.36 
 
 		 353 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  32.58 
 
 		 371 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  33.12 
 
 		 361 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 366 aa  159  6e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 		 385 aa  159  7e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.41 
 
 		 370 aa  159  7e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  29.71 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1057  RND family efflux transporter MFP subunit  32.32 
 
 		 373 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.347653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  38.18 
 
 		 377 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  31.35 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  34.62 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 397 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.05 
 
 		 368 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  34.18 
 
 		 372 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  31.73 
 
 		 397 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  33.88 
 
 		 376 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  30.56 
 
 		 348 aa  154  2.9999999999999998e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2243  RND family efflux transporter MFP subunit  34.9 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  29.79 
 
 		 368 aa  153  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  35.2 
 
 		 372 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 363 aa  153  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  31.33 
 
 		 397 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 		 363 aa  153  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  31.03 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  32.78 
 
 		 365 aa  153  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 417 aa  153  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  32.38 
 
 		 403 aa  152  5.9999999999999996e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.97 
 
 		 397 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  31.75 
 
 		 403 aa  151  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 		 367 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  28.21 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  31.12 
 
 		 366 aa  150  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 376 aa  150  4e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.02 
 
 		 368 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1119  RND family efflux transporter MFP subunit  30.43 
 
 		 369 aa  149  5e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000371819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  33.44 
 
 		 396 aa  149  6e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  34.06 
 
 		 372 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 376 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1023  RND family efflux transporter MFP subunit  36.7 
 
 		 378 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.866452  normal  0.121232 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  34.3 
 
 		 375 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  33.22 
 
 		 375 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  32.66 
 
 		 360 aa  147  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  29.21 
 
 		 368 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0358  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 372 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 		 352 aa  145  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>