More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1920 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1920  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 264 aa  521  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00135758  normal  0.376856 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27780  putative ABC transporter, permease protein  89.19 
 
 		 259 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.235012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2346  ABC transporter  89.19 
 
 		 259 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0982615  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1471  ABC-2 type transporter  86.43 
 
 		 259 aa  450  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1896  ABC transporter  86.05 
 
 		 259 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.312969  hitchhiker  0.0000781572 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4180  hypothetical protein  87.6 
 
 		 259 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.806427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1631  hypothetical protein  81.78 
 
 		 262 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000356157  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3854  ABC transporter, permease protein  81.4 
 
 		 262 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.605289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15510  ABC-2 type transporter, permease component  85.55 
 
 		 259 aa  425  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1506  ABC-2 type transporter  87.21 
 
 		 259 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3819  ABC-2 type transporter  86.05 
 
 		 259 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.728867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2137  ABC-2 type transporter  67.83 
 
 		 257 aa  345  5e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0672016  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1098  ABC-2 type transporter  66.67 
 
 		 257 aa  339  2.9999999999999998e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03555  ABC-type multidrug transport system, permease component  61.36 
 
 		 271 aa  337  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1171  16S rRNA processing protein RimM  63.53 
 
 		 257 aa  334  7e-91  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.730617  hitchhiker  0.000000152208 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1984  ABC-2 type transporter  66.28 
 
 		 260 aa  334  9e-91  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0219123  normal  0.0104118 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0461  hypothetical protein  63.14 
 
 		 257 aa  332  3e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0612935  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1779  ABC-2 type transporter  62.6 
 
 		 275 aa  330  2e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0121  putative permease  63.86 
 
 		 256 aa  328  4e-89  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0427  ABC transporter, inner membrane subunit  62.35 
 
 		 257 aa  328  6e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03454  hypothetical protein  65.06 
 
 		 256 aa  328  6e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1352  hypothetical protein  63.6 
 
 		 257 aa  324  8.000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000725132  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3519  ABC-2 type transporter  62.55 
 
 		 256 aa  323  1e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.238751  normal  0.0167423 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3588  ABC-2 type transporter  62.55 
 
 		 256 aa  323  1e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0782802  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0690  ABC-2 type transporter  61.04 
 
 		 258 aa  323  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3711  ABC-2 type transporter  62.55 
 
 		 256 aa  323  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0723  ABC-2 type transporter  62.55 
 
 		 256 aa  323  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0189  ABC transporter permease protein  62.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0192  ABC transporter permease  62.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.201983  normal  0.333926 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0197  ABC transporter permease  62.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.737997  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0188  ABC transporter permease  62.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.137921  normal  0.864827 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002558  ABC-type multidrug transport system permease component  63.45 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0205  ABC transporter, permease protein  62.8 
 
 		 256 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3801  ABC transporter, permease protein  60.8 
 
 		 256 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0607  ABC-2 type transporter  62.06 
 
 		 271 aa  320  9.999999999999999e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.837549  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0795  ABC-2 type transporter  61.2 
 
 		 256 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0652  hypothetical protein  60.56 
 
 		 256 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3143  ABC-2 type transporter  60.8 
 
 		 256 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00127  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3474  ABC-2 type transporter  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0138  ABC transporter, permease protein  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2833  ABC transporter, inner membrane subunit  64.2 
 
 		 258 aa  319  3e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0132  ABC transporter, permease protein  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00126  hypothetical protein  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3531  ABC-2 type transporter  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0136  ABC transporter, permease protein  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0824  ABC-2 type transporter  60.4 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0130  ABC transporter, permease protein  61.6 
 
 		 256 aa  319  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0121  ABC transporter, permease protein  61.2 
 
 		 256 aa  318  3.9999999999999996e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1016  ABC transporter permease  60.64 
 
 		 256 aa  318  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.875005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0773  ABC-type polysaccharide/polyol phosphate export systems permease component  61.02 
 
 		 256 aa  318  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0831  ABC-2 type transporter  60.4 
 
 		 256 aa  318  7e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1078  ABC-2 type transporter  60.98 
 
 		 260 aa  317  9e-86  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3995  ABC-2 type transporter  62.25 
 
 		 256 aa  317  9e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3348  ABC transporter, permease protein  60.64 
 
 		 256 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0192428  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3476  ABC-2 type transporter  60.64 
 
 		 256 aa  317  1e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1860  ABC-2 type transporter  62.3 
 
 		 257 aa  317  1e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3140  ABC-2 type transporter  60.08 
 
 		 262 aa  315  7e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.432553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1025  ABC-2 type transporter  62.4 
 
 		 256 aa  314  9e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0880893  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1005  ABC transporter, permease protein  60.71 
 
 		 254 aa  312  2.9999999999999996e-84  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0849  ABC-type multidrug transport system, permease component  59.2 
 
 		 254 aa  312  3.9999999999999997e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.227676  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3231  ABC-2 type transporter  58.4 
 
 		 256 aa  311  4.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0574  ABC-2 type transporter permease protein  65.38 
 
 		 257 aa  311  7.999999999999999e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2614  ABC transporter, integral membrane protein  65.46 
 
 		 256 aa  310  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.838377  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3121  ABC-2 type transporter  61.45 
 
 		 256 aa  310  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3816  ABC-2 type transporter  57.83 
 
 		 258 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.791577 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02790  permease  61.51 
 
 		 263 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3881  ABC-2 type transporter  61.51 
 
 		 263 aa  306  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.574088  normal  0.697417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3908  ABC-2 type transporter  57.43 
 
 		 258 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0676  ABC-2 type transporter  61.04 
 
 		 256 aa  300  2e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.655554 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0495  ABC-2 type transporter  59.84 
 
 		 259 aa  291  1e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0559  ABC transporter permease protein  59.44 
 
 		 259 aa  289  4e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1142  ABC transporter permease protein  54.12 
 
 		 257 aa  287  1e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0101435  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1012  ABC transporter, permease protein  54.12 
 
 		 257 aa  287  1e-76  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000447992  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2121  ABC transporter, permease protein  57.43 
 
 		 254 aa  286  2e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0881  ABC-2 type transporter  56.85 
 
 		 276 aa  285  5e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3928  ABC-2 type transporter  63.47 
 
 		 256 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1157  ABC-2 type transporter  60.24 
 
 		 256 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0839963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2826  ABC-2 type transporter  60.8 
 
 		 256 aa  280  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.525501  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0454  hypothetical protein  54.51 
 
 		 257 aa  274  9e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0430  hypothetical protein  54.51 
 
 		 257 aa  274  9e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0800  ABC-2 type transporter  44.71 
 
 		 257 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0251444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0097  ABC type transport system, integral membrane protein  38.78 
 
 		 264 aa  192  4e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0749  ABC-2 type transporter  37.3 
 
 		 253 aa  181  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.41583 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0447  ABC-2 type transporter  38.52 
 
 		 259 aa  180  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2645  ABC-2 type transporter  38.58 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3036  ABC-2 type transporter  38.58 
 
 		 268 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0379  ABC-2 type transporter  38.11 
 
 		 259 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0411  ABC-2 type transporter  38.11 
 
 		 259 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.164581 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0836  ABC transporter, inner membrane subunit  41.77 
 
 		 253 aa  178  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0808  hypothetical protein  40.27 
 
 		 253 aa  178  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2886  ABC-2 type transporter  35.6 
 
 		 262 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0831309 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3233  ABC-2 type transporter  35.6 
 
 		 262 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0977  ABC transporter permease protein  39.21 
 
 		 255 aa  177  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.024266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1926  ABC-2 type transporter  39.65 
 
 		 255 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.14437 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1332  ABC-2 type transporter  37.85 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.993972  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0704  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 		 259 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0516518 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0639  ABC-2 type transporter  36.65 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0886  ABC-2 type transporter  44.24 
 
 		 253 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.301364  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2276  ABC efflux pump, inner membrane subunit  35.71 
 
 		 253 aa  175  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0123592  normal  0.410533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>