More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1855 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1855  integration host factor subunit beta  100 
 
 		 95 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.756472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23340  integration host factor subunit beta  96.81 
 
 		 94 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000116436  hitchhiker  0.00519002 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1968  integration host factor subunit beta  96.81 
 
 		 94 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.943011  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1751  integration host factor, beta subunit  96.81 
 
 		 98 aa  187  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0162553  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3641  integration host factor subunit beta  96.81 
 
 		 98 aa  187  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.222556  normal  0.634422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1773  integration host factor subunit beta  95.74 
 
 		 100 aa  186  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.976325  normal  0.0185498 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4060  integration host factor subunit beta  95.74 
 
 		 98 aa  186  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.343947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15880  integration host factor subunit beta  96.74 
 
 		 92 aa  186  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1380  integration host factor subunit beta  94.68 
 
 		 98 aa  184  4e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1365  integration host factor subunit beta  93.62 
 
 		 98 aa  183  6e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.361598  normal  0.0158973 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3941  integration host factor subunit beta  93.62 
 
 		 98 aa  183  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2135  hypothetical protein  79.35 
 
 		 98 aa  156  7e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00481013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2074  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 		 95 aa  153  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000549511  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2041  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  151  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000705182  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1754  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 		 95 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014676  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2465  integration host factor subunit beta  77.42 
 
 		 96 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000804162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2122  integration host factor subunit beta  78.02 
 
 		 95 aa  151  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000000593472  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2401  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  150  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1978  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  150  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000261968  unclonable  0.000000000047672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1925  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  150  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000515528  unclonable  0.0000000000266845 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2053  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  150  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000159286  unclonable  0.0000244011 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2297  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000102507  unclonable  0.0000000000697895 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1955  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  8.999999999999999e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000468135  unclonable  0.00000320833 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1544  integration host factor, beta subunit  76.92 
 
 		 96 aa  149  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.106384  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2067  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000478736  unclonable  0.0000000000012991 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2395  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000343473  unclonable  0.00000762549 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2071  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000034854  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1737  integration host factor subunit beta  74.73 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000122677  hitchhiker  0.00231326 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2312  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000159711  hitchhiker  0.000000300932 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2278  integration host factor subunit beta  76.92 
 
 		 95 aa  149  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000837765  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0932  integration host factor subunit beta  75.82 
 
 		 100 aa  147  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.802461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2004  integration host factor subunit beta  74.73 
 
 		 94 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.143906  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1736  integration host factor subunit beta  74.73 
 
 		 94 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.060047  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0181  integration host factor, beta subunit  72.63 
 
 		 113 aa  144  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000858176  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2338  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 		 94 aa  144  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0023848  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3223  integration host factor, beta subunit  71.58 
 
 		 102 aa  144  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00795206  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2236  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 		 95 aa  143  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00572513  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00916  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.335745  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2731  integration host factor, beta subunit  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00160452  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02859  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00923  hypothetical protein  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.294308  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2336  integration host factor, beta subunit  72.53 
 
 		 95 aa  142  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00131749  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2684  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.193078  normal  0.358809 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2416  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000431379  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1018  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000522422  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2208  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000105854  normal  0.266842 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1009  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000570398  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1073  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0306564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1095  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.939272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0988  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.165109  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1047  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.788464 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1015  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.613855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003021  integration host factor beta subunit  72.53 
 
 		 93 aa  142  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000932268  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1080  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0899853 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1710  integration host factor subunit beta  73.63 
 
 		 94 aa  142  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000353276  normal  0.984922 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1028  integration host factor subunit beta  71.74 
 
 		 98 aa  141  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.100562  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1431  integration host factor subunit beta  71.43 
 
 		 95 aa  140  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0064808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1504  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 		 92 aa  140  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000278051  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2222  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 93 aa  140  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000109165  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2579  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  139  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000135913  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1956  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  139  9e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000034151  normal  0.296627 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2667  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 94 aa  139  9e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00090839  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00892  integration host factor subunit beta  72.53 
 
 		 103 aa  139  9.999999999999999e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0417223  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1596  integration host factor subunit beta  72.22 
 
 		 111 aa  138  1.9999999999999998e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.878202  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1539  integration host factor subunit beta  72.22 
 
 		 104 aa  138  3e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1213  integration host factor, beta subunit  68.13 
 
 		 98 aa  135  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0453781  normal  0.184792 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1329  integration host factor, beta subunit  65.22 
 
 		 101 aa  135  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0690057  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0562  integration host factor subunit beta  70.33 
 
 		 102 aa  135  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.399271  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3012  integration host factor, beta subunit  69.23 
 
 		 95 aa  135  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1647  integration host factor subunit beta  69.23 
 
 		 101 aa  134  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0979657  normal  0.0681876 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2152  integration host factor, beta subunit  67.03 
 
 		 98 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0462696  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1411  integration host factor, beta subunit  70.33 
 
 		 95 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00234399  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0262  integration host factor beta-subunit  63.44 
 
 		 112 aa  126  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1199  integration host factor, beta subunit  68.13 
 
 		 108 aa  125  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0975  integration host factor subunit beta  63.74 
 
 		 94 aa  126  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000516669  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1931  integration host factor, beta subunit  63.44 
 
 		 112 aa  125  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2068  integration host factor, beta subunit  60.87 
 
 		 94 aa  124  3e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00010112  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1281  integration host factor subunit beta  60.87 
 
 		 94 aa  123  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.218086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0926  integration host factor, beta subunit  62.64 
 
 		 95 aa  121  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00174707  normal  0.404226 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1070  integration host factor, beta subunit  62.64 
 
 		 95 aa  121  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00234309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1007  integration host factor subunit beta  62.64 
 
 		 107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.864933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1048  integration host factor subunit beta  62.64 
 
 		 107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4161  integration host factor subunit beta  62.64 
 
 		 107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0983  integration host factor subunit beta  62.64 
 
 		 107 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.131421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0569  integration host factor subunit beta  62.64 
 
 		 107 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3034  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 95 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0949718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3000  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 107 aa  117  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.125834  hitchhiker  0.00514155 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2256  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 107 aa  117  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0924  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.324388  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0747  integration host factor subunit beta  61.29 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.189639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0928  integration host factor subunit beta  61.54 
 
 		 107 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.950077 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0957  integration host factor, beta subunit  57.14 
 
 		 94 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00640345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2571  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 107 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.444385  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2881  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 107 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0601006  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2944  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 107 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.846703  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0427  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 107 aa  114  5e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.496954  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3026  hypothetical protein  61.54 
 
 		 103 aa  114  5e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2884  hypothetical protein  61.54 
 
 		 103 aa  114  5e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2992  integration host factor subunit beta  60.44 
 
 		 107 aa  114  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0501  integration host factor, beta subunit  59.34 
 
 		 114 aa  114  5e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.525141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>