More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1804 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1462  Type I secretion outer membrane protein, TolC  68.58 
 
 
452 aa  639    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1804  TolC family type I secretion outer membrane protein  100 
 
 
451 aa  924    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.894432  normal  0.601876 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3809  TolC family type I secretion outer membrane protein  64.99 
 
 
457 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4025  TolC family type I secretion outer membrane protein  64.16 
 
 
452 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0350176 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4519  TolC family type I secretion outer membrane protein  64.6 
 
 
452 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1392  TolC family type I secretion outer membrane protein  64.6 
 
 
452 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0134  Type I secretion outer membrane protein, TolC  58.65 
 
 
450 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.675891  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5061  TolC family type I secretion outer membrane protein  55.18 
 
 
445 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.447957 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3061  type I secretion outer membrane protein, TolC family  51.94 
 
 
450 aa  457  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1214  type I secretion outer membrane protein, TolC family  50.8 
 
 
450 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.227292  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6370  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.52 
 
 
456 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.668018  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6073  TolC family type I secretion outer membrane protein  43.52 
 
 
457 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.523429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0365  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.5 
 
 
475 aa  290  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0474  TolC family type I secretion outer membrane protein  39.78 
 
 
470 aa  288  1e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0171025  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0310  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.88 
 
 
470 aa  285  9e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.952787  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3261  type I secretion outer membrane protein, TolC  39.49 
 
 
469 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.537181 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4142  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.3 
 
 
472 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00647616  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0381  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.28 
 
 
468 aa  279  9e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.034849  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5970  Type I secretion outer membrane protein, TolC  39.26 
 
 
442 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  37.04 
 
 
445 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3594  TolC family type I secretion outer membrane protein  38.24 
 
 
471 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4320  agglutination protein  38.12 
 
 
471 aa  268  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0433  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  37.05 
 
 
469 aa  268  2e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462048  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0379  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.67 
 
 
471 aa  265  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0019  outer membrane efflux protein  35.92 
 
 
440 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0381  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.91 
 
 
471 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3645  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.91 
 
 
471 aa  265  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003403  agglutination protein  37.08 
 
 
436 aa  264  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000998881  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3985  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.73 
 
 
473 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4101  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.73 
 
 
472 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3908  type I secretion outer membrane protein, TolC family  37.73 
 
 
473 aa  263  6e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4007  TolC family type I secretion outer membrane protein  37.5 
 
 
472 aa  260  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  35.22 
 
 
437 aa  259  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02379  hypothetical protein  36.34 
 
 
436 aa  257  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0858  hypothetical protein  33.86 
 
 
574 aa  256  7e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1293  Poly(R)-hydroxyalkanoic acid synthase, class I  38.81 
 
 
430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0889  hypothetical protein  33.87 
 
 
574 aa  253  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4322  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.84 
 
 
501 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.811491  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  35.85 
 
 
423 aa  246  6e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0204  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.84 
 
 
441 aa  246  6.999999999999999e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02372  hypothetical protein  35.61 
 
 
425 aa  246  8e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0310  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.93 
 
 
607 aa  240  4e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120997  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3762  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.9 
 
 
609 aa  236  8e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.789361  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0706  Type I secretion outer membrane protein, TolC  36.91 
 
 
636 aa  233  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0633  type I secretion outer membrane protein, TolC family  35.11 
 
 
484 aa  232  1e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00458641  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0720  Type I secretion outer membrane protein, TolC  35.98 
 
 
658 aa  231  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  unclonable  0.000000202106  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1664  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.9 
 
 
466 aa  228  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.623373  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0784  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.26 
 
 
491 aa  224  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.649029  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1307  type I secretion outer membrane protein, TolC family  34.4 
 
 
484 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1845  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.65 
 
 
471 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000390204  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4205  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.14 
 
 
431 aa  218  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.668787  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1665  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.09 
 
 
472 aa  215  9.999999999999999e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.104935 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1494  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.27 
 
 
450 aa  208  2e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0562  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.67 
 
 
450 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1978  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.55 
 
 
456 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143142  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2097  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.17 
 
 
633 aa  191  2e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1880  outer membrane protein  34 
 
 
492 aa  191  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0375089 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1415  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.61 
 
 
472 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000596226  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0546  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.57 
 
 
444 aa  181  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0790  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.34 
 
 
440 aa  179  8e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000109355  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2659  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.56 
 
 
451 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1875  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.32 
 
 
476 aa  163  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0888  ComEC/Rec2 family protein  29.79 
 
 
559 aa  157  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00289662  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0010  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.66 
 
 
443 aa  158  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444301  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0160  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.75 
 
 
566 aa  155  2e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.213741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2241  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.76 
 
 
524 aa  154  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417493  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0634  type I secretion outer membrane protein, TolC family  27.29 
 
 
467 aa  149  8e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000541353  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1878  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.42 
 
 
475 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.660542  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1633  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.22 
 
 
519 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.181955  normal  0.716054 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3004  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.09 
 
 
464 aa  127  3e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.599739 
 
 
-
 
NC_004310  BR0945  outer membrane efflux family protein  26.22 
 
 
456 aa  118  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.681331  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0938  outer membrane efflux family protein  25.99 
 
 
452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2243  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.08 
 
 
455 aa  113  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3411  hypothetical protein  27.14 
 
 
425 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.527264  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40250  putative outer membrane protein precursor  26.65 
 
 
425 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311034  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3231  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.12 
 
 
483 aa  109  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1149  TolC family type I secretion outer membrane protein  23.87 
 
 
456 aa  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.435165  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2887  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.83 
 
 
469 aa  103  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.415153  normal  0.13847 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5878  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.67 
 
 
463 aa  102  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.539647  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3018  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.83 
 
 
469 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.384034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2905  type I secretion outer membrane protein TolC family  26.83 
 
 
469 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.488456 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4235  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.47 
 
 
463 aa  102  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902691  normal  0.529157 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2906  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.83 
 
 
469 aa  102  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.140715  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3004  putative outer TolC membrane protein  23.47 
 
 
469 aa  99.4  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2013  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.21 
 
 
472 aa  98.2  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.226354  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  24.21 
 
 
438 aa  97.4  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2299  outer membrane efflux protein  27.32 
 
 
514 aa  95.1  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3558  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.13 
 
 
472 aa  94  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.445028  normal  0.560368 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2686  Outer membrane secretion protein  22.04 
 
 
472 aa  92.8  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.553025  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1907  Type I secretion outer membrane protein, TolC  24.31 
 
 
472 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0580  putative outer membrane transport protein  23.44 
 
 
451 aa  92.4  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0823  Outer membrane efflux protein  24.01 
 
 
432 aa  92  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0383439  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5161  type I secretion outer membrane protein, TolC family  24.44 
 
 
488 aa  92  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.451764  normal  0.264948 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1725  TolC family type I secretion outer membrane protein  25.12 
 
 
489 aa  92  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.736299  normal  0.0102072 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4696  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.44 
 
 
497 aa  92  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1826  Type I secretion outer membrane protein, TolC  22.56 
 
 
487 aa  92.4  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2894  Type I secretion outer membrane protein, TolC  23.42 
 
 
460 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386257  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5239  type I secretion outer membrane protein, TolC family  23.9 
 
 
488 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0652  TolC family type I secretion outer membrane protein  24.42 
 
 
428 aa  90.1  7e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000458305  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6495  type I secretion outer membrane protein, TolC family  25.6 
 
 
518 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>