More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1714 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1714  cytochrome B561  100 
 
 
182 aa  363  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00452879  normal  0.140891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52380  cytochrome b561  75.69 
 
 
182 aa  267  5e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.583912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4593  cytochrome b561  75.69 
 
 
182 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1570  cytochrome B561  68.16 
 
 
181 aa  222  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2023  cytochrome B561  62.01 
 
 
186 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.971591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1542  cytochrome B561  68.16 
 
 
181 aa  213  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.662748  normal  0.360468 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3732  cytochrome B561  67.42 
 
 
181 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1491  cytochrome b561  60.92 
 
 
192 aa  213  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.336708  normal  0.0588061 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3123  cytochrome B561  61.45 
 
 
178 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2010  cytochrome B561  68.39 
 
 
181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00709418  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1333  cytochrome B561  61.67 
 
 
183 aa  207  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.666388  normal  0.933151 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3685  cytochrome B561  56.59 
 
 
184 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3930  cytochrome b561 family protein  50.55 
 
 
184 aa  191  4e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2711  cytochrome B561  51.37 
 
 
183 aa  187  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3013  cytochrome B561  51.91 
 
 
183 aa  187  9e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00637618 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3348  cytochrome B561  54.6 
 
 
183 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.696433  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3307  cytochrome B561  52.51 
 
 
180 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1513  cytochrome b561  49.17 
 
 
181 aa  164  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.141112 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2205  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40 
 
 
176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.202008  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01889  predicted cytochrome  40 
 
 
176 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000869737  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1677  cytochrome B561  40 
 
 
176 aa  145  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00102602  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1211  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40 
 
 
176 aa  145  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0465638  normal  0.30426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2075  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40 
 
 
176 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.22561e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01879  hypothetical protein  40 
 
 
176 aa  145  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000505037  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1671  cytochrome B561  40 
 
 
176 aa  144  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00739522  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2753  nickel-dependent hydrogenase, b-type cytochrome subunit  40 
 
 
176 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000856955  normal  0.186819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0977  cytochrome B561  38.29 
 
 
177 aa  137  7.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0993  cytochrome B561  39.43 
 
 
177 aa  135  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0823  cytochrome b561  43.27 
 
 
225 aa  128  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.945704  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1521  cytochrome B561  39.89 
 
 
182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0425  putative cytochrome b561  43.27 
 
 
178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2370  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  43.27 
 
 
178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.530217  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1804  putative cytochrome b561  43.27 
 
 
178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2509  putative [Ni] hydrogenase, b-type cytochrome subunit  43.27 
 
 
178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0475  putative cytochrome b561  43.27 
 
 
178 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.369041  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0636  cytochrome b561, putative  43.27 
 
 
229 aa  127  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.215518  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1373  cytochrome B561  41.95 
 
 
180 aa  122  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.219895  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1956  cytochrome b561  36.78 
 
 
176 aa  122  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2725  cytochrome b561 family protein  34.48 
 
 
174 aa  121  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1447  cytochrome B561  34.48 
 
 
174 aa  121  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1335  cytochrome b561 family protein  34.48 
 
 
174 aa  121  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0697  cytochrome B561  37.36 
 
 
178 aa  121  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1341  cytochrome B561  42.86 
 
 
176 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.134025 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4671  cytochrome B561  42.44 
 
 
178 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.098632  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2111  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  42.86 
 
 
176 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.533814  hitchhiker  0.00078066 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1357  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  42.86 
 
 
176 aa  119  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0540712 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1928  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  42.86 
 
 
176 aa  119  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1372  nickel-dependent hydrogenase, B-type cytochrome subunit  42.86 
 
 
176 aa  118  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.646761  normal  0.219339 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1517  cytochrome b561  37.14 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.39069  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1819  cytochrome b561  37.14 
 
 
176 aa  114  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1756  cytochrome b561  37.14 
 
 
176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.408301  normal  0.0664837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1700  cytochrome b561  37.14 
 
 
176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0149402  hitchhiker  0.00199396 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3505  cytochrome b561, putative  38.86 
 
 
179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1759  cytochrome b561  37.14 
 
 
176 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.485438  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3806  cytochrome B561  40.34 
 
 
178 aa  112  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.131783  normal  0.748231 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2612  cytochrome B561  41.01 
 
 
191 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3290  cytochrome B561  39.77 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.363067  normal  0.604346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0932  cytochrome B561  37.91 
 
 
178 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3279  cytochrome B561  37.5 
 
 
179 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5657  cytochrome B561  39.11 
 
 
190 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.998703 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3912  cytochrome B561  39.31 
 
 
178 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.373387  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3615  cytochrome B561  39.31 
 
 
178 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4454  cytochrome B561  39.31 
 
 
178 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106952  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0972  cytochrome B561  41.32 
 
 
174 aa  105  5e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1636  hypothetical protein  38.33 
 
 
184 aa  104  6e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0965469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0199  cytochrome B561 cytochrome transmembrane protein  39.63 
 
 
174 aa  104  6e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.313091 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0603  cytochrome B561  38.46 
 
 
188 aa  102  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5858  cytochrome B561  34.68 
 
 
184 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2176  cytochrome B561  38.73 
 
 
178 aa  102  4e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0739024  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0923  cytochrome B561  34.09 
 
 
196 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.651214  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4505  cytochrome B561  42.35 
 
 
174 aa  101  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.265021 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4185  cytochrome B561  35.06 
 
 
189 aa  101  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0918  cytochrome b561  37.99 
 
 
187 aa  100  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.974416  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4373  cytochrome B561  42.35 
 
 
174 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.454062  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2064  putative cytochrome b-561 membrane protein  34.68 
 
 
184 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.913396  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3256  cytochrome b561  38.29 
 
 
176 aa  99.8  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3802  cytochrome B561  36.21 
 
 
186 aa  99.8  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0459  cytochrome B561  38.92 
 
 
189 aa  99.8  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0681  cytochrome B561  36 
 
 
186 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.400799  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0714  cytochrome B561  36.21 
 
 
186 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.657411  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3997  putative cytochrome b-561 membrane protein  37.43 
 
 
186 aa  99  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.50922  normal  0.334764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5571  putative cytochrome b561  36.46 
 
 
182 aa  99  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.620506 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0230  cytochrome B561  36.21 
 
 
186 aa  99  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0706  cytochrome B561  37.57 
 
 
186 aa  98.2  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.404491  normal  0.794115 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3390  cytochrome b561  37.71 
 
 
176 aa  98.2  6e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0605  cytochrome B561  35.63 
 
 
186 aa  98.2  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0629  cytochrome B561  35.63 
 
 
186 aa  97.8  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1755  cytochrome b561  38.51 
 
 
188 aa  97.1  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000553481 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3044  cytochrome B561  38.71 
 
 
190 aa  96.7  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0483  cytochrome B561  36.51 
 
 
183 aa  95.9  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2719  putative cytochrome B-561 transmembrane protein  37.43 
 
 
195 aa  95.5  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.12151 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2963  cytochrome B561  35.09 
 
 
193 aa  95.1  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2671  cytochrome B561  36.21 
 
 
186 aa  94.7  6e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.107362  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2358  cytochrome B561  35.75 
 
 
178 aa  94.4  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289419  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0252  cytochrome B561  35.39 
 
 
180 aa  92.4  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0173258  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3652  putative cytochrome B561  34.57 
 
 
195 aa  90.9  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3921  cytochrome B561  43.82 
 
 
178 aa  90.9  9e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0127513  normal  0.0741318 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2553  cytochrome B561  34.5 
 
 
193 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.411403 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1306  cytochrome B561  34.48 
 
 
208 aa  90.1  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1026  cytochrome B561  37.02 
 
 
188 aa  90.1  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>