More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1653 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1653  hypothetical protein  100 
 
 		 362 aa  711    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.212682  normal  0.81767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1855  hypothetical protein  66.38 
 
 		 354 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0258165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1830  hypothetical protein  65.54 
 
 		 354 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2207  hypothetical protein  65.54 
 
 		 354 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3717  hypothetical protein  64.31 
 
 		 353 aa  455  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.396811  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3531  hypothetical protein  65.25 
 
 		 354 aa  457  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3210  hypothetical protein  64.31 
 
 		 354 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.212604 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3378  hypothetical protein  63.17 
 
 		 354 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29820  hypothetical protein  61.54 
 
 		 352 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0125581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2549  hypothetical protein  61.78 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.705186  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11000  hypothetical protein  55.78 
 
 		 346 aa  393  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4053  hypothetical protein  59.12 
 
 		 361 aa  379  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.920687 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0737  hypothetical protein  53.39 
 
 		 356 aa  375  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.203827  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2083  hypothetical protein  52.01 
 
 		 356 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.84015  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1226  hypothetical protein  54.47 
 
 		 352 aa  374  1e-102  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0987  hypothetical protein  52.31 
 
 		 394 aa  371  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.89372 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2289  hypothetical protein  53.58 
 
 		 353 aa  369  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.864507  normal  0.333993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3980  hypothetical protein  56.27 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3492  hypothetical protein  53.11 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.705437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0549  protein of unknown function UPF0118  52.27 
 
 		 384 aa  362  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0941477  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5533  hypothetical protein  53.28 
 
 		 355 aa  361  9e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3708  hypothetical protein  52.99 
 
 		 355 aa  360  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.860776  normal  0.168874 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3950  protein of unknown function UPF0118  51.31 
 
 		 360 aa  360  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3807  hypothetical protein  53.43 
 
 		 353 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.911463  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4556  hypothetical protein  53.43 
 
 		 398 aa  359  4e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.173549  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3717  hypothetical protein  53.45 
 
 		 350 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0661403  normal  0.22421 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0937  PerM family permease  53.69 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3427  hypothetical protein  52.41 
 
 		 355 aa  356  2.9999999999999997e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0338  hypothetical protein  52.19 
 
 		 365 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88474  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1633  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1436  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0253  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.077494  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2503  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0289  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.700262  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2642  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00776691  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0529  hypothetical protein  53.58 
 
 		 352 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1821  hypothetical protein  53.12 
 
 		 381 aa  350  2e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.693161 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0540  protein of unknown function UPF0118  53.64 
 
 		 349 aa  349  3e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1907  protein of unknown function UPF0118  53.3 
 
 		 352 aa  348  8e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.492921  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0488  hypothetical protein  52.48 
 
 		 371 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.131577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3249  hypothetical protein  53.16 
 
 		 350 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.691639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4931  hypothetical protein  49.57 
 
 		 351 aa  338  9.999999999999999e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0460  hypothetical protein  50.29 
 
 		 352 aa  334  2e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.353952  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0400  hypothetical protein  50.29 
 
 		 372 aa  333  2e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.413713  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4931  hypothetical protein  53.45 
 
 		 353 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.850306  normal  0.602485 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2998  hypothetical protein  52.75 
 
 		 359 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0020  hypothetical protein  50.14 
 
 		 358 aa  324  1e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2050  hypothetical protein  47.41 
 
 		 373 aa  323  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4130  hypothetical protein  46.75 
 
 		 406 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.189132  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2425  hypothetical protein  47.79 
 
 		 363 aa  319  5e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0826  hypothetical protein  47.2 
 
 		 369 aa  318  7.999999999999999e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.981363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4411  protein of unknown function UPF0118  46.45 
 
 		 389 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7289  hypothetical protein  48.84 
 
 		 353 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.815912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4988  hypothetical protein  41.79 
 
 		 347 aa  309  5e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0901  protein of unknown function UPF0118  48.1 
 
 		 365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2868  hypothetical protein  42.86 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.838475  normal  0.0422213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1267  protein of unknown function UPF0118  45.61 
 
 		 371 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0792338  normal  0.0741439 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2012  protein of unknown function UPF0118  32.45 
 
 		 363 aa  190  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.578603 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0203  hypothetical protein  34.24 
 
 		 362 aa  177  2e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2181  protein of unknown function UPF0118  33.24 
 
 		 376 aa  172  5.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00612132  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0338  protein of unknown function UPF0118  35.89 
 
 		 363 aa  171  2e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1563  hypothetical protein  33.88 
 
 		 398 aa  168  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2238  protein of unknown function UPF0118  34.27 
 
 		 379 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.605073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1154  hypothetical protein  32.44 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000550105  normal  0.0344505 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0491  hypothetical protein  30.46 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0228  hypothetical protein  34.34 
 
 		 356 aa  159  6e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0783  hypothetical protein  32.42 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2311  protein of unknown function UPF0118  32.05 
 
 		 393 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0152  putative lipoprotein  27.75 
 
 		 361 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0854  membrane protein  34.15 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0563046  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0292  hypothetical protein  27.46 
 
 		 391 aa  144  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2369  hypothetical protein  33.81 
 
 		 357 aa  143  5e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00120754  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2573  membrane protein  28.9 
 
 		 361 aa  143  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2709  hypothetical protein  31.25 
 
 		 362 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4731  hypothetical protein  32.69 
 
 		 359 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226742  hitchhiker  0.00240822 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2229  hypothetical protein  32.25 
 
 		 392 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002589  predicted permease  32.01 
 
 		 361 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00334796  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0560  protein of unknown function UPF0118  28.78 
 
 		 339 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2601  hypothetical protein  33.43 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.99204  normal  0.455316 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03420  hypothetical protein  31 
 
 		 361 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4026  hypothetical protein  31.27 
 
 		 360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2679  hypothetical protein  34.84 
 
 		 352 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0689913  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1102  hypothetical protein  30.82 
 
 		 365 aa  129  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00400546  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1950  protein of unknown function UPF0118  29.83 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.863146  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2610  protein of unknown function UPF0118  30.38 
 
 		 370 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2448  hypothetical protein  28.96 
 
 		 415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0466557  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2098  hypothetical protein  32.3 
 
 		 368 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2212  protein of unknown function UPF0118  26.96 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000181482  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2764  hypothetical protein  29.33 
 
 		 346 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.327799  normal  0.0566584 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0940  protein of unknown function UPF0118  30.39 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.726387  normal  0.96935 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3082  protein of unknown function UPF0118  31.33 
 
 		 397 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2413  hypothetical protein  25.75 
 
 		 345 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.480547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0792  protein of unknown function UPF0118  24.3 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.101192 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0810  protein of unknown function UPF0118  30.84 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0661  hypothetical protein  30.84 
 
 		 351 aa  114  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0268  protein of unknown function UPF0118  29 
 
 		 363 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1578  protein of unknown function UPF0118  29.14 
 
 		 373 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.373133  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1111  protein of unknown function UPF0118  31.38 
 
 		 381 aa  110  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0276  protein of unknown function UPF0118  26.98 
 
 		 423 aa  109  7.000000000000001e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.133789  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3189  protein of unknown function UPF0118  29.97 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000846761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>