More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1570 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1570  response regulator receiver protein  100 
 
 
121 aa  245  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.945276 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0915  chemotaxis protein CheY  70.59 
 
 
122 aa  180  5e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0788  response regulator receiver  70.59 
 
 
122 aa  180  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3294  response regulator receiver  69.75 
 
 
120 aa  177  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1315  response regulator receiver protein  68.07 
 
 
121 aa  177  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0517324  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0899  response regulator receiver domain-containing protein  69.17 
 
 
122 aa  174  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2318  chemotaxis protein CheY  65.25 
 
 
121 aa  165  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1289  chemotaxis protein CheY  63.03 
 
 
121 aa  165  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2428  response regulator receiver domain-containing protein  63.87 
 
 
128 aa  164  3e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0310268  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1606  response regulator receiver protein  61.34 
 
 
121 aa  160  8e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2994  response regulator receiver protein  61.34 
 
 
121 aa  156  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0631  response regulator receiver protein  57.98 
 
 
121 aa  154  3e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1739  response regulator receiver protein  59.66 
 
 
121 aa  154  5e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0375564  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1593  response regulator receiver protein  58.82 
 
 
121 aa  151  3e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2575  response regulator receiver protein  55.46 
 
 
122 aa  151  3e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0149684  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2620  response regulator receiver protein  58.82 
 
 
121 aa  151  3e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1378  response regulator receiver domain-containing protein  55.46 
 
 
122 aa  151  3e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.207936  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1417  response regulator receiver protein  57.98 
 
 
120 aa  151  3e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.212789  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2479  response regulator receiver protein  55.46 
 
 
122 aa  151  3e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.591075  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1535  response regulator receiver protein  60.83 
 
 
121 aa  151  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0267991 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2650  response regulator receiver protein  59.66 
 
 
120 aa  150  6e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0468  response regulator receiver protein  58.82 
 
 
120 aa  150  6e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.156981 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1541  response regulator receiver protein  57.98 
 
 
120 aa  148  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0880  response regulator receiver protein  56.3 
 
 
123 aa  147  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3796  response regulator receiver protein  62.62 
 
 
109 aa  146  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3108  response regulator receiver domain-containing protein  61.67 
 
 
120 aa  145  1e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1853  response regulator receiver protein  54.62 
 
 
121 aa  144  4e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00571982  normal  0.853875 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2107  response regulator receiver domain-containing protein  54.62 
 
 
120 aa  143  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00031  chemotaxis response regulator  54.39 
 
 
116 aa  140  7e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.371607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2142  chemotaxis protein cheY  55 
 
 
121 aa  139  2e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0114  response regulator receiver protein  55.56 
 
 
120 aa  135  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0725  response regulator receiver  52.94 
 
 
121 aa  136  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.537285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0278  response regulator receiver protein  47.93 
 
 
121 aa  134  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.143889  normal  0.948049 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2443  putative chemotaxis response regulator, CheY5  53.33 
 
 
122 aa  134  6e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.451762  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1107  response regulator receiver protein  53.33 
 
 
122 aa  134  6e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.91502 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2168  response regulator receiver protein  55.46 
 
 
120 aa  133  8e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.747517  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0167  response regulator receiver protein  55.56 
 
 
120 aa  133  1e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1937  response regulator receiver domain-containing protein  52.94 
 
 
121 aa  132  2e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.644536  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00411  chemotaxis protein CheY  53.1 
 
 
121 aa  132  2e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1787  response regulator receiver protein  52.5 
 
 
122 aa  132  2e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3494  response regulator receiver protein  55.56 
 
 
120 aa  131  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2248  response regulator receiver protein  52.1 
 
 
121 aa  131  3e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2365  response regulator receiver protein  52.1 
 
 
121 aa  131  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00457125  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2097  response regulator receiver protein  52.1 
 
 
121 aa  131  3e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.371893  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1536  response regulator receiver protein  50 
 
 
122 aa  130  4e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0284047 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2111  Fis family transcriptional regulator  50.42 
 
 
121 aa  130  8e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1880  response regulator receiver protein  51.26 
 
 
121 aa  129  1e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.578036 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1398  response regulator receiver domain-containing protein  47.9 
 
 
123 aa  128  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503734  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2094  response regulator receiver protein  50.42 
 
 
121 aa  127  4e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.911812 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0147  chemotaxis protein CheY  51.26 
 
 
119 aa  127  4e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2219  response regulator receiver protein  50.42 
 
 
121 aa  127  6e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4812  response regulator receiver protein  49.14 
 
 
121 aa  127  7e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00197217 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3791  response regulator receiver protein  48.72 
 
 
120 aa  126  1e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3065  response regulator receiver protein  48.72 
 
 
120 aa  126  1e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0187  response regulator receiver protein  53.85 
 
 
120 aa  126  1e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1625  response regulator receiver domain-containing protein  52.14 
 
 
120 aa  126  1e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.608115 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1598  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
120 aa  125  2e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00129925 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0584  chemotaxis signal transduction protein CheY  50.86 
 
 
120 aa  125  2e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2177  response regulator receiver protein  48.28 
 
 
120 aa  125  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0654  response regulator receiver protein  49.57 
 
 
120 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.54464 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4379  response regulator receiver protein  48.72 
 
 
120 aa  124  4e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0566  response regulator receiver domain-containing protein  49.57 
 
 
120 aa  124  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1447  response regulator receiver protein  47.93 
 
 
121 aa  123  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0754  response regulator receiver domain-containing protein  50 
 
 
120 aa  122  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0092  response regulator receiver protein  50 
 
 
122 aa  122  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02260  putative two-component response regulator  47.06 
 
 
121 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.797803  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0146  response regulator receiver protein  50 
 
 
121 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0259  putative two-component response regulator  47.06 
 
 
121 aa  121  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.40567  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2120  chemotaxis protein CheY  47.9 
 
 
121 aa  121  3e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3298  response regulator receiver protein  47.9 
 
 
121 aa  121  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3302  chemotaxis response regulator, CheY4  50.42 
 
 
121 aa  119  1e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.930651  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4035  response regulator receiver protein  49.58 
 
 
121 aa  118  2e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.52498  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22620  response regulator receiver protein  45.9 
 
 
124 aa  117  5e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0235  response regulator receiver protein  46.22 
 
 
121 aa  115  2e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1583  chemotaxis response regulator, CheY3  46.22 
 
 
121 aa  115  2e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00144899  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0234  response regulator receiver protein  42.98 
 
 
121 aa  114  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.695764  normal  0.176079 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3622  response regulator receiver protein  44.63 
 
 
121 aa  113  7e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00707081 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0263  response regulator receiver protein  46.22 
 
 
121 aa  113  8e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.419062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0611  response regulator receiver protein  46.09 
 
 
121 aa  113  9e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3298  hypothetical protein  47.06 
 
 
121 aa  113  1e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.765394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6738  response regulator receiver, CheY1  46.96 
 
 
121 aa  112  2e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.079904  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4079  chemotaxis receiver protein  42.15 
 
 
121 aa  111  4e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0297  response regulator receiver protein  42.15 
 
 
121 aa  111  4e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127858  normal  0.448356 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0329  response regulator receiver protein  42.15 
 
 
121 aa  110  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.629137 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1853  response regulator receiver protein  48.72 
 
 
122 aa  110  7e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.955028  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3265  response regulator receiver protein  43.7 
 
 
122 aa  109  1e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571434  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1007  chemotaxis protein CheY  47.5 
 
 
126 aa  109  2e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3187  response regulator receiver protein  46.22 
 
 
136 aa  108  2e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4677  response regulator receiver domain-containing protein  48.28 
 
 
121 aa  108  2e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3564  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
122 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0923704 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1793  response regulator receiver protein  42.98 
 
 
122 aa  107  4e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2437  chemotaxis response regulator, CheY1  42.5 
 
 
122 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.365798  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1101  response regulator receiver protein  42.5 
 
 
122 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.956043  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4317  chemotaxis receiver protein  43.36 
 
 
122 aa  107  7e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.257676  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0581  chemotaxis response regulator  44.8 
 
 
124 aa  106  1e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1139  response regulator receiver  45.22 
 
 
121 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03239  Response regulator receiver domain protein (CheY)  45.22 
 
 
122 aa  104  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.354242  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2330  response regulator receiver domain-containing protein  42.5 
 
 
124 aa  102  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2707  response regulator receiver protein  45.45 
 
 
121 aa  102  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0776  response regulator receiver protein  40.5 
 
 
121 aa  102  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.428997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>