More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1348 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  80.28 
 
 		 511 aa  803    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  80.4 
 
 		 502 aa  804    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  80.2 
 
 		 502 aa  801    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  79.52 
 
 		 531 aa  796    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3097  putative PAS/PAC sensor protein  70.53 
 
 		 510 aa  686    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  77.82 
 
 		 502 aa  778    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  77.23 
 
 		 502 aa  776    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  78.42 
 
 		 502 aa  793    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  80.59 
 
 		 502 aa  806    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  77.23 
 
 		 505 aa  772    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  80.08 
 
 		 511 aa  801    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000186487 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 506 aa  1015    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1706  sigma-54 dependent transcriptional regulator  41.9 
 
 		 532 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  44.27 
 
 		 517 aa  392  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02829  Transcriptional regulatory protein tyrR  41.75 
 
 		 518 aa  393  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0448077  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  42.05 
 
 		 518 aa  391  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  43.99 
 
 		 520 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  43.69 
 
 		 519 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  43.35 
 
 		 522 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  43.69 
 
 		 519 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  43.88 
 
 		 519 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  43.3 
 
 		 519 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.97 
 
 		 536 aa  370  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.28 
 
 		 523 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  45.16 
 
 		 519 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.36 
 
 		 522 aa  372  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  45.79 
 
 		 515 aa  368  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  42.69 
 
 		 522 aa  366  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.35 
 
 		 525 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.43 
 
 		 525 aa  364  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.35 
 
 		 525 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3764  sigma-54 dependent transcriptional regulator TyrR  39.53 
 
 		 516 aa  357  2.9999999999999997e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.286891  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01919  hypothetical protein  39 
 
 		 514 aa  354  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  40.93 
 
 		 514 aa  353  4e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1823  phenylalanine hydroxylase transcriptional activator PhhR  41.97 
 
 		 521 aa  352  1e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.229512  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3574  helix-turn-helix, Fis-type  40.85 
 
 		 525 aa  351  1e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1450  transcriptional regulator, TyrR  38.1 
 
 		 513 aa  351  1e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.276382  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  39.42 
 
 		 513 aa  352  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.7 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1437  transcriptional regulator, TyrR  40 
 
 		 514 aa  350  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.555586  normal  0.67019 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1808  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  350  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.354235 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1807  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  350  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010497 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1467  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  350  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0744789  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1869  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  350  5e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.148583 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003165  transcriptional repressor protein TyrR  38.61 
 
 		 514 aa  349  8e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2928  transcriptional regulator, TyrR  37.95 
 
 		 512 aa  347  3e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.422498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  37.38 
 
 		 515 aa  345  8e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1968  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.337458 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1799  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  8.999999999999999e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.322981  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01300  DNA-binding transcriptional dual regulator, tyrosine-binding  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0041974  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2323  transcriptional regulator, TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00133165  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1438  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01311  hypothetical protein  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00331968  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1556  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  38.2 
 
 		 512 aa  345  1e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2302  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.51 
 
 		 513 aa  345  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0336241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1717  transcriptional regulator, TyrR  37.92 
 
 		 512 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0924864  normal  0.0289301 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.75 
 
 		 541 aa  341  2e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1534  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  41.31 
 
 		 513 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2220  transcriptional regulatory protein TyrR  38.23 
 
 		 512 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  38.48 
 
 		 512 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  0.000000106827 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  38.48 
 
 		 512 aa  340  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2593  sigma-54 factor, interaction region  38.64 
 
 		 512 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000497691  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2779  transcriptional regulator, TyrR  38.48 
 
 		 512 aa  339  7e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00129727  hitchhiker  0.0000313655 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  38.29 
 
 		 512 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  37.88 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  37.88 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  37.88 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  37.88 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  37.88 
 
 		 512 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  36.49 
 
 		 527 aa  330  5.0000000000000004e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.27 
 
 		 540 aa  302  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000101296  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 525 aa  301  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.28 
 
 		 539 aa  298  1e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.42 
 
 		 532 aa  291  1e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2866  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.44 
 
 		 703 aa  290  3e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  36.26 
 
 		 698 aa  287  4e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  34.91 
 
 		 525 aa  280  4e-74  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  0.0000000147012 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.09 
 
 		 582 aa  279  1e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.17 
 
 		 688 aa  273  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.84 
 
 		 467 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.8 
 
 		 639 aa  273  6e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  47.12 
 
 		 453 aa  273  8.000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  32.76 
 
 		 544 aa  272  1e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000701357  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.18 
 
 		 577 aa  271  2e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  43.63 
 
 		 696 aa  271  2.9999999999999997e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1332  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.25 
 
 		 439 aa  270  5e-71  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  33.12 
 
 		 668 aa  269  8.999999999999999e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.32 
 
 		 636 aa  268  1e-70  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  32.9 
 
 		 668 aa  268  1e-70  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1913  putative sigma54 specific transcriptional regulator  42.64 
 
 		 710 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0899132  normal  0.0546689 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.08 
 
 		 581 aa  267  2.9999999999999995e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.67 
 
 		 687 aa  266  5.999999999999999e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.7 
 
 		 935 aa  266  7e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3934  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.99 
 
 		 501 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.534742  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2683  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.04 
 
 		 566 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1164  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  34.2 
 
 		 501 aa  262  8.999999999999999e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.245431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0306  putative sigma54 specific transcriptional regulator  35.18 
 
 		 455 aa  261  1e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0304  putative PAS/PAC sensor protein  35.71 
 
 		 459 aa  262  1e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1103  transcriptional regulatory protein  44.55 
 
 		 313 aa  261  1e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>