62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1317 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  209  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1673  XRE family transcriptional regulator  62.39 
 
 		 113 aa  123  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000189543  normal  0.0572625 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3888  hypothetical protein  60.55 
 
 		 113 aa  122  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000176936  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  55.96 
 
 		 112 aa  122  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1596  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  59.26 
 
 		 112 aa  121  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000735944  normal  0.0306402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1716  Cro/CI family transcriptional regulator  57.8 
 
 		 112 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000130124  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4003  XRE family transcriptional regulator  57.8 
 
 		 112 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00000134059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1308  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 112 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000019995  normal  0.279059 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21850  putative transcriptional regulator  57.28 
 
 		 103 aa  103  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000342125  hitchhiker  0.00251437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1864  putative transcriptional regulator  55.45 
 
 		 103 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0233232  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35190  DNA-binding protein  62.07 
 
 		 65 aa  71.6  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  31.09 
 
 		 124 aa  52  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 165 aa  51.2  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1778  transcriptional regulator, XRE family  49.02 
 
 		 88 aa  48.9  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.815074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  31.93 
 
 		 124 aa  47  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 474 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 		 503 aa  45.1  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  30 
 
 		 138 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 69 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1714  XRE family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 67 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000253714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  43.14 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1033  transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 255 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 197 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0019  transcriptional regulator, XRE family  47.83 
 
 		 144 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0401744  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0127  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 193 aa  42.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.116873  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 477 aa  42.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2734  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 178 aa  42.7  0.002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00297691  normal  0.0817302 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1076  XRE family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 161 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  26.85 
 
 		 115 aa  42  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3781  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 279 aa  41.6  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 490 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03443  transcriptional regulator, HTH_3 family protein  39.68 
 
 		 208 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 99 aa  42  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 255 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0504  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 75 aa  41.2  0.004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 77 aa  41.6  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 60 aa  41.6  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0099  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 194 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798061 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4180  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 199 aa  41.2  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 490 aa  41.2  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 84 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  37.31 
 
 		 143 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 117 aa  41.2  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3771  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 198 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.471902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 194 aa  41.2  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 207 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4848  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 198 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 488 aa  40.8  0.006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 212 aa  40.4  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 252 aa  40.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  42 
 
 		 57 aa  40.4  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 474 aa  40.4  0.009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 176 aa  40.4  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 131 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  47.62 
 
 		 133 aa  40  0.01  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>