185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1288 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
565 aa  1165    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.69 
 
 
450 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.34 
 
 
442 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.65 
 
 
450 aa  181  2.9999999999999997e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.88 
 
 
450 aa  179  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.86 
 
 
423 aa  176  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.88 
 
 
364 aa  173  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.74 
 
 
427 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  24.73 
 
 
464 aa  163  1e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.71 
 
 
417 aa  161  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  26.31 
 
 
437 aa  160  7e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.96 
 
 
459 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.33 
 
 
442 aa  158  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  26.61 
 
 
445 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
449 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.69 
 
 
449 aa  155  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
449 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
449 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.06 
 
 
449 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.57 
 
 
488 aa  155  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  26.94 
 
 
442 aa  155  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.97 
 
 
450 aa  154  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.89 
 
 
448 aa  150  7e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.89 
 
 
448 aa  149  9e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.54 
 
 
451 aa  147  5e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.68 
 
 
415 aa  145  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.17 
 
 
420 aa  144  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  23.85 
 
 
438 aa  143  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.77 
 
 
440 aa  141  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  25.92 
 
 
453 aa  140  7.999999999999999e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  24.72 
 
 
432 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 
452 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  25.46 
 
 
419 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  26.35 
 
 
422 aa  137  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.53 
 
 
450 aa  137  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.8 
 
 
432 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.06 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.99 
 
 
436 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.81 
 
 
404 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.11 
 
 
451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  24.85 
 
 
432 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5229  outer membrane protein  27.12 
 
 
482 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  32.82 
 
 
429 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.33 
 
 
435 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.14 
 
 
437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.06 
 
 
422 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.33 
 
 
437 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.14 
 
 
435 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.14 
 
 
435 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  25.2 
 
 
446 aa  130  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.25 
 
 
413 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.27 
 
 
446 aa  128  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  22.72 
 
 
448 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.19 
 
 
446 aa  127  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  22.72 
 
 
448 aa  127  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.08 
 
 
446 aa  127  7e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  23.08 
 
 
446 aa  126  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.27 
 
 
446 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.27 
 
 
446 aa  127  8.000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.54 
 
 
419 aa  125  1e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.6 
 
 
412 aa  125  1e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.17 
 
 
446 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1774  hypothetical protein  25.53 
 
 
480 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.98 
 
 
444 aa  125  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  24 
 
 
414 aa  125  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.04 
 
 
426 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60730  putative outer membrane protein  25.29 
 
 
463 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.27 
 
 
449 aa  122  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1773  hypothetical protein  27.18 
 
 
478 aa  121  3.9999999999999996e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.4 
 
 
407 aa  120  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.58 
 
 
439 aa  120  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.91 
 
 
430 aa  120  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.26 
 
 
428 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.77 
 
 
423 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  24 
 
 
429 aa  117  6.9999999999999995e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.76 
 
 
453 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  22.89 
 
 
414 aa  116  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  30.22 
 
 
424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.64 
 
 
424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.87 
 
 
427 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.48 
 
 
447 aa  111  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.45 
 
 
406 aa  110  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.39 
 
 
421 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.6 
 
 
421 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.6 
 
 
421 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.57 
 
 
458 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  19.85 
 
 
407 aa  107  4e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.51 
 
 
450 aa  107  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  33.93 
 
 
401 aa  106  9e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.86 
 
 
400 aa  106  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  22.86 
 
 
412 aa  105  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  28.33 
 
 
405 aa  104  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.02 
 
 
443 aa  103  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.41 
 
 
416 aa  102  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.84 
 
 
428 aa  101  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.08 
 
 
429 aa  100  5e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.66 
 
 
410 aa  100  7e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.59 
 
 
430 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4009  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.29 
 
 
441 aa  99.4  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.97 
 
 
427 aa  98.6  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>