215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1279 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 270 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  73.9 
 
 		 272 aa  352  5e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  69.49 
 
 		 268 aa  351  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  69.49 
 
 		 268 aa  350  1e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  69.49 
 
 		 268 aa  349  3e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  66.91 
 
 		 271 aa  341  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  78.24 
 
 		 248 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  67.74 
 
 		 279 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  71.32 
 
 		 274 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  71.69 
 
 		 274 aa  316  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  63.31 
 
 		 273 aa  290  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  37.75 
 
 		 262 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  39.52 
 
 		 258 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.000000538849  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  33.33 
 
 		 254 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  37.28 
 
 		 268 aa  130  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.69 
 
 		 322 aa  129  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  29.01 
 
 		 322 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  36.07 
 
 		 271 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  36.09 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  35.62 
 
 		 271 aa  123  2e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  37.02 
 
 		 265 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  35.1 
 
 		 284 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  35.65 
 
 		 243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  34.95 
 
 		 252 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  33.96 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  33.98 
 
 		 254 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000361839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  37.23 
 
 		 255 aa  108  9.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  34.07 
 
 		 272 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  31.53 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000422433  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000329093  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000123566  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000612768  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000973622  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  34.8 
 
 		 263 aa  105  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000128041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  33.02 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  33.02 
 
 		 305 aa  105  9e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  32.04 
 
 		 274 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  32.02 
 
 		 240 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000257088  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  31.07 
 
 		 249 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  33.01 
 
 		 242 aa  102  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  30.77 
 
 		 257 aa  102  7e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  32.52 
 
 		 252 aa  102  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  31.22 
 
 		 263 aa  102  8e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  31.95 
 
 		 269 aa  102  9e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  31.55 
 
 		 249 aa  102  9e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  32.51 
 
 		 242 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000136736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  31.19 
 
 		 278 aa  100  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  31.07 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  31.07 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  33.66 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000691126  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  33.66 
 
 		 262 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  30.33 
 
 		 261 aa  99.4  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000108782  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  30.58 
 
 		 252 aa  99.4  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  30.81 
 
 		 264 aa  99.4  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000229086  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  35.18 
 
 		 188 aa  99.4  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  33.84 
 
 		 258 aa  99  7e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00002995  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  33.17 
 
 		 262 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  33.17 
 
 		 262 aa  98.6  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000180184  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  34.23 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  33.17 
 
 		 254 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  31.19 
 
 		 276 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  32.04 
 
 		 243 aa  96.3  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000699161  hitchhiker  0.0000235132 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 258 aa  95.9  6e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000656344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  32.04 
 
 		 241 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000429972  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  33.01 
 
 		 236 aa  94.4  2e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2746  hypothetical protein  32.02 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003911  TPR repeat-containing protein  34.17 
 
 		 250 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.100041  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  31.25 
 
 		 269 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  30.1 
 
 		 245 aa  93.6  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000013069  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  33 
 
 		 249 aa  93.6  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000616267  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  29.56 
 
 		 249 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  27.89 
 
 		 321 aa  93.2  4e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  29.66 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2529  hypothetical protein  32.51 
 
 		 250 aa  92.4  7e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000104047  normal  0.0224917 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  31.86 
 
 		 262 aa  92  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  29.06 
 
 		 249 aa  92  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  29.06 
 
 		 234 aa  92  9e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  32.51 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000201827  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  32.51 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000911459  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  32.51 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000756054  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2048  TPR repeat-containing protein  29.33 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.400973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1787  tol-pal system protein YbgF  33 
 
 		 249 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000124758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  30.95 
 
 		 269 aa  89.7  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  30.95 
 
 		 269 aa  89.7  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  29.03 
 
 		 249 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  30.95 
 
 		 269 aa  89.7  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  36.73 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  28.57 
 
 		 249 aa  88.6  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0410  hypothetical protein  31.55 
 
 		 222 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000196847  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 		 266 aa  87  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000295525  decreased coverage  0.00000450337 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  28.11 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>