More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1275 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1275  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
150 aa  303  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.146064  normal  0.370968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3995  protein TolR  80 
 
 
150 aa  253  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36660  TolR protein  81.33 
 
 
150 aa  252  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0583237  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1220  biopolymer transport protein TolR  80 
 
 
150 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.336788  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1249  biopolymer transport, TolR  80 
 
 
150 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369438  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4198  protein TolR  80 
 
 
150 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.843588  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4404  biopolymer transport protein ExbD/TolR  77.33 
 
 
153 aa  243  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0822226  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  78.77 
 
 
154 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.77 
 
 
154 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  71.33 
 
 
146 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  71.33 
 
 
146 aa  219  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04990  TolR-like protein  54.67 
 
 
147 aa  169  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0118688  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.61 
 
 
149 aa  167  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.603451  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  52 
 
 
148 aa  163  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.95 
 
 
148 aa  131  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
145 aa  130  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  47.65 
 
 
142 aa  127  7.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.7 
 
 
144 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.89 
 
 
148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.98 
 
 
144 aa  124  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.3 
 
 
144 aa  122  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.3 
 
 
142 aa  122  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.3 
 
 
144 aa  122  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  49.66 
 
 
144 aa  121  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.23 
 
 
154 aa  120  4e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  47.89 
 
 
150 aa  120  5e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.62 
 
 
142 aa  120  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  48.98 
 
 
145 aa  120  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  46.58 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  46.58 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.58 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.98 
 
 
144 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  45.89 
 
 
144 aa  118  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.26 
 
 
144 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.22 
 
 
140 aa  117  6e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  47.62 
 
 
145 aa  116  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  47.62 
 
 
145 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1531  hypothetical protein  43.75 
 
 
151 aa  114  3e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1452  hypothetical protein  43.75 
 
 
151 aa  114  3e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.58 
 
 
149 aa  115  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  43.75 
 
 
148 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1762  protein TolR  43.97 
 
 
147 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0412  TolR  43.97 
 
 
147 aa  111  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.127174  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2192  biopolymer transport TolR  44.6 
 
 
142 aa  110  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0164726  normal  0.458286 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02686  Biopolymer transport protein  42.07 
 
 
139 aa  110  7.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00153637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  45.45 
 
 
146 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  45.71 
 
 
151 aa  107  5e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0725  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.15 
 
 
145 aa  105  3e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.154388  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1567  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.18 
 
 
149 aa  105  3e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00086349 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  43.66 
 
 
167 aa  104  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.36 
 
 
166 aa  103  6e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.07 
 
 
141 aa  103  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  40.82 
 
 
152 aa  101  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.2 
 
 
149 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 
149 aa  100  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0065  TolR protein  41.26 
 
 
136 aa  99.8  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0122118  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0066  protein TolR  41.26 
 
 
136 aa  99.8  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.659052  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.41 
 
 
147 aa  100  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1135  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.24 
 
 
152 aa  99.4  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1251  biopolymer transport protein TolR  42.57 
 
 
152 aa  98.6  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.134636  normal  0.986212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1729  tolR protein  44.52 
 
 
141 aa  97.1  7e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  37.23 
 
 
150 aa  95.5  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  37.23 
 
 
150 aa  95.5  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.13 
 
 
144 aa  95.9  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  41.38 
 
 
142 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.59 
 
 
143 aa  95.1  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  35.46 
 
 
150 aa  94.7  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
151 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  42.03 
 
 
134 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  36.36 
 
 
139 aa  93.6  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  38.3 
 
 
147 aa  93.6  8e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  36 
 
 
152 aa  93.6  9e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  40.58 
 
 
152 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.17 
 
 
143 aa  93.2  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  39.13 
 
 
152 aa  93.2  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  37.86 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 
152 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0857  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.86 
 
 
139 aa  91.3  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.345374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  42.65 
 
 
141 aa  91.3  4e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.86 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  34.46 
 
 
139 aa  91.3  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  37.86 
 
 
150 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 
158 aa  90.9  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  35.66 
 
 
139 aa  91.3  5e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.81 
 
 
139 aa  90.5  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.17 
 
 
154 aa  90.9  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  36.17 
 
 
140 aa  89.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 
159 aa  89.7  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  38.06 
 
 
142 aa  89.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  39.55 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40 
 
 
158 aa  89  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.29 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.37 
 
 
144 aa  88.6  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.72 
 
 
176 aa  87.8  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.72 
 
 
176 aa  87.8  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.72 
 
 
176 aa  87.8  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.57 
 
 
151 aa  88.2  4e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.72 
 
 
176 aa  87.8  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 
173 aa  88.2  4e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  36.96 
 
 
151 aa  87.8  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>