More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1220 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1220  ABC transporter related  100 
 
 		 309 aa  629  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00788547 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4410  ABC transporter related  76.07 
 
 		 307 aa  481  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.107117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1498  ABC transporter related  72.4 
 
 		 315 aa  455  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.933175  normal  0.212759 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3137  ABC transporter related protein  71.9 
 
 		 316 aa  452  1.0000000000000001e-126  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00124665  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0862  ABC transporter related  70.82 
 
 		 308 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0153083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03054  ABC transporter ATP-binding protein  69.16 
 
 		 314 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5043  ABC transporter related  69.26 
 
 		 314 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2361  ABC transporter, ATPase subunit  69.84 
 
 		 306 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.112898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2740  ABC transporter related  70.16 
 
 		 306 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4520  ABC transporter related  69.26 
 
 		 314 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5174  ABC transporter related  69.26 
 
 		 314 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179652 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4685  ABC transporter related  69.84 
 
 		 315 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0550662 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0541  ABC transporter, ATPase subunit  69.26 
 
 		 314 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2923  ABC transporter, ATP-binding protein  68.75 
 
 		 308 aa  436  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1331  ABC transporter related  68.65 
 
 		 340 aa  437  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3535  ABC transporter related  69.26 
 
 		 314 aa  435  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0703  ABC transporter related  69.18 
 
 		 310 aa  434  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0518791 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5107  ABC transporter related  68.93 
 
 		 316 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0477  ABC transporter related  67.97 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330496  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0809  ABC transporter related  68.4 
 
 		 333 aa  432  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3261  ABC transporter related  69.03 
 
 		 317 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3269  ABC transporter related  67.43 
 
 		 329 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0978  ABC transporter, ATP-binding protein  68.73 
 
 		 309 aa  429  1e-119  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.080297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2277  ABC efflux pump, ATPase subunit  67.87 
 
 		 308 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0775451  normal  0.282727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1715  ABC transporter related  67.97 
 
 		 308 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.409646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0412  ABC transporter related  66.99 
 
 		 308 aa  427  1e-118  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.173041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0380  ABC transporter related  66.99 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1452  ABC transporter related  68.63 
 
 		 306 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6045  ABC transporter related  67.54 
 
 		 308 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.463248  normal  0.338507 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3283  ABC transporter related  68.52 
 
 		 306 aa  425  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.576419 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2648  ABC transporter related  68.4 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0448  ABC transporter related  66.34 
 
 		 308 aa  425  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1927  ABC transporter-related protein  69.84 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.109839 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1657  ABC transporter related  65.37 
 
 		 313 aa  422  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3084  ABC transporter, ATP-binding protein  65.15 
 
 		 308 aa  424  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2019  ABC transporter related  67.54 
 
 		 306 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.778403  normal  0.141952 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6149  putative ABC transporter (ATP binding protein)  67.65 
 
 		 306 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.397223  normal  0.143638 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1911  ABC transporter related  66.56 
 
 		 319 aa  418  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2407  ABC transporter related  69.16 
 
 		 311 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3370  ABC transporter related  65.9 
 
 		 306 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450084 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4024  ABC transporter related  65.57 
 
 		 306 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03370  ABC transporter, ATP binding component  69.74 
 
 		 308 aa  411  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.372663  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1608  ABC transporter related  63.31 
 
 		 308 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.249581  normal  0.149154 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2327  ABC transporter related  64.14 
 
 		 308 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2089  ABC transporter related  63.49 
 
 		 308 aa  394  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0116539  normal  0.492363 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2723  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  62.05 
 
 		 308 aa  387  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2525  ABC transporter related  61.84 
 
 		 309 aa  387  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0748  ABC transporter related  62.58 
 
 		 318 aa  382  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.329889 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3274  ABC multidrug/carbohydrate efflux transporter, ATPase subunit  58.77 
 
 		 308 aa  381  1e-104  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.791052  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4007  ABC transporter related  58.44 
 
 		 308 aa  378  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0746  ABC transporter related  60.46 
 
 		 310 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2014  ABC transporter related  60.13 
 
 		 309 aa  371  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0638  ABC-A-subfamily transporter  59.8 
 
 		 318 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.541118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0835  ABC transporter, ATPase subunit  50 
 
 		 309 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.594095  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0881  ABC transporter-related protein  50 
 
 		 309 aa  273  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0885  ABC transporter related  50 
 
 		 309 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.536039  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0897  ABC transporter related  49.84 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0067  ABC transporter related  42.95 
 
 		 319 aa  255  8e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.269646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1859  ABC transporter related  44.84 
 
 		 307 aa  251  8.000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4181  ABC transporter-like  44.87 
 
 		 310 aa  248  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0069  ABC transporter component  44.85 
 
 		 336 aa  248  9e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1895  ABC transporter ATP-binding protein  44.84 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000838668 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1470  ABC transporter related  44.98 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15500  ABC transporter, ATP binding component  45.31 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3820  ABC transporter related  44.84 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00126  predicted transporter subunit: ATP-binding component of ABC superfamily  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3475  ABC transporter related protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0131  ABC transporter, ATP-binding protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2122  ABC transporter, ATP-binding protein  44.66 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0137  ABC transporter, ATP-binding protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0129  ABC transporter, ATP-binding protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0120  ABC transporter, ATP-binding protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00125  hypothetical protein  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1505  ABC transporter related  44.98 
 
 		 310 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3532  ABC transporter related  44.84 
 
 		 308 aa  247  2e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0135  ABC transporter, ATP-binding protein  44.52 
 
 		 308 aa  245  6e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0772  ABC transporter, ATP-binding protein  44.95 
 
 		 319 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1156  ABC transporter related protein  44.63 
 
 		 312 aa  244  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.165511  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2136  ABC transporter related  43 
 
 		 304 aa  244  9.999999999999999e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00658879  normal  0.0667998 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0191  ABC transporter ATP-binding protein  44.19 
 
 		 308 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.503646 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3122  ABC transporter related  44.95 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1097  ABC transporter related  43.69 
 
 		 316 aa  243  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2832  ABC transporter, ATPase subunit  43.59 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1926  ABC transporter related  42.9 
 
 		 326 aa  242  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0196  ABC transporter ATP-binding protein  43.87 
 
 		 308 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.879775  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3855  ABC transporter, ATP-binding protein  44.34 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.324637  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0188  ABC transporter ATP-binding protein  43.87 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.608048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0204  ABC transporter, ATP-binding protein  43.87 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0880  ABC transporter related protein  42.72 
 
 		 309 aa  241  1e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0187  ABC transporter ATP-binding protein  43.87 
 
 		 308 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0680915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1630  ABC transporter  44.01 
 
 		 310 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0229972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27770  ABC transporter ATP-binding protein  43.27 
 
 		 310 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.109755 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3477  ABC transporter related  43.69 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3349  ABC transporter, ATP-binding protein  43.69 
 
 		 308 aa  239  5.999999999999999e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0209833  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2345  ABC transporter ATP-binding protein  43.27 
 
 		 310 aa  238  8e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0691  ABC transporter related  41.75 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.711895  normal  0.844705 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1778  ABC transporter related  43.51 
 
 		 320 aa  237  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.627055  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0242  ABC transporter related  42.62 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.197006 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0393  ABC multidrug efflux pump, ATPase subunit  41.53 
 
 		 310 aa  236  3e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1919  ABC transporter related  43.87 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00224779  normal  0.302439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>